To aplikacja linuksowa o nazwie clusterProfiler, której najnowszą wersję można pobrać jako clusterProfilersourcecode.tar.gz. Można ją uruchomić online w darmowym hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom bezpłatnie aplikację clusterProfiler z OnWorks.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
clusterProfiler
OPIS
clusterProfiler to pakiet R/Bioconductor, który zapewnia ujednolicony przepływ pracy dla analizy wzbogacania funkcjonalnego w celu interpretacji wyników omiki wysokoprzepustowej. Obsługuje on zarówno analizę nadreprezentacji, jak i analizę wzbogacania zestawów genów, umożliwiając pracę z nierankingowymi listami genów lub statystykami rankingowymi z potoków różnicowych. Pakiet łączy się z wieloma bazami wiedzy – takimi jak Gene Ontology, KEGG, Reactome, Disease Ontology, MeSH i innymi – poprzez spójny interfejs, co pozwala na wykonywanie zapytań w różnych obszarach biologicznych bez konieczności przepisywania kodu. Został zaprojektowany z myślą o szerokim zakresie, obejmując cechy kodujące i niekodujące oraz tysiące organizmów dzięki wykorzystaniu stale aktualizowanych adnotacji. Wyniki są zwracane w przejrzystych, łatwych do manipulacji strukturach i naturalnie łączą się z bogatymi funkcjami wizualizacji (za pośrednictwem narzędzi towarzyszących), aby podsumować ścieżki, terminy i relacje między zestawami genów.
Funkcjonalności
- Zunifikowane przepływy pracy ORA i GSEA w wielu źródłach adnotacji
- Szerokie wsparcie gatunków przy użyciu aktualnych adnotacji genów
- Uporządkowane wyniki, które można łatwo zintegrować z dalszymi potokami danych R
- Wbudowana wizualizacja wyników wzbogacania za pomocą narzędzi towarzyszących do tworzenia wykresów
- Narzędzia do porównywania wielu grup (np. compareCluster) do analizy krzyżowej warunków
- Szczegółowe opisy i instrukcje dotyczące powtarzalnych, kompleksowych badań wzbogacania
Język programowania
R
Kategorie
Tę aplikację można również pobrać ze strony https://sourceforge.net/projects/clusterprofiler.mirror/. Została ona umieszczona w OnWorks, aby można ją było najłatwiej uruchomić online z poziomu jednego z naszych darmowych systemów operacyjnych.
