Jest to aplikacja dla systemu Linux o nazwie HSRA do działania w systemie Linux online, której najnowszą wersję można pobrać jako HSRA-v1.1.tar.gz. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie HSRA, która będzie działać bezpłatnie w systemie Linux online z OnWorks.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
HSRA do uruchomienia w systemie Linux online
Ad
OPIS
HSRA to równoległe narzędzie oparte na MapReduce, służące do mapowania odczytów z eksperymentów sekwencjonowania RNA (RNA-seq). Analizy RNA-seq zwykle rozpoczynają się od mapowania odczytów do genomu referencyjnego w celu określenia lokalizacji, z której pochodzą odczyty, co jest bardzo czasochłonnym krokiem. To narzędzie pozwala badaczom zajmującym się bioinformatyką wydajnie rozdzielać zadania mapowania na węzły klastra, łącząc szybki wielowątkowy spliced aligner (HISAT2) z Apache Hadoop, który jest rozproszoną strukturą obliczeniową do skalowalnego przetwarzania Big Data.HSRA obsługuje obecnie wyrównania odczytu pojedynczego i sparowanego końca ze zbiorów danych FASTQ/FASTA. Ponadto nasze narzędzie wykorzystuje bibliotekę Hadoop Sequence Parser (HSP) (link powyżej) do wydajnego odczytywania wejściowych zestawów danych przechowywanych w Hadoop Distributed File System (HDFS), będąc w stanie przetwarzać zestawy danych skompresowane za pomocą kodeków Gzip i BZip2.
Publiczność
Technologie informacyjne, przemysł opieki zdrowotnej, nauka/badania
Interfejs użytkownika
Konsola/Terminal, wiersz poleceń
Język programowania
Java
Jest to aplikacja, którą można również pobrać ze strony https://sourceforge.net/projects/hsra/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
