To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie iMSAT, działająca w systemie Linux online, której najnowszą wersję można pobrać w formacie SSRs.zip. Można go uruchomić online w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie iMSAT, która będzie działać bezpłatnie w systemie Linux online z OnWorks.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
iMSAT do działania w systemie Linux online
OPIS
iMSAT reprezentuje pełną aktualizację programu vcf2MSAT. Ten program wiersza poleceń Pythona pozwala użytkownikowi na wykorzystanie danych polimorfizmu wygenerowanych za pomocą narzędzi SAM i BAM oraz pliku wyrównania .fasta do wyszukiwania polimorficznych znaczników mikrosatelitarnych (MSAT lub STR). Identyfikując twórców polimorficznych, zamiast prostych powtarzalnych regionów, jak robiły to poprzednie programy, iMSAT znacznie zwiększa szybkość, z jaką można zidentyfikować polimorficzne MSAT, oszczędzając badaczom cenny czas i pieniądze. Odwiedzać http://www.biomedcentral.com/1471-2164/15/858/abstract aby zapoznać się z artykułem pdf opisującym użyteczność iMSAT, a jeśli korzystasz z programu, zacytuj ten artykuł jako: Andersen and Mills: iMSAT: nowatorskie podejście do rozwoju loci mikrosatelitarnych przy użyciu bibliotek Illumina z kodami kreskowymi. Genomika BMC 2014 15:858.Korzyści
- Polimorficzna identyfikacja mikrosatelitarna
- Sekwencjonowanie Iluminy
- Analiza genomowa
Publiczność
Nauka/Badania
Interfejs użytkownika
Wiersz poleceń
Język programowania
Python
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/imsat/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
