To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie kSNP do uruchamiania w systemie Linux online, której najnowszą wersję można pobrać jako kSNP3.1_Linux_package.zip. Można go uruchomić online w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie kSNP, aby działać w systemie Linux online z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
kSNP do uruchomienia w systemie Linux online
Ad
OPIS
kSNP identyfikuje SNP pangenomowe w zestawie sekwencji genomowych i szacuje drzewa filogenetyczne na podstawie tych SNP. Odkrycie SNP opiera się na analizie k-mer i nie wymaga dopasowania wielu sekwencji ani wyboru genomu referencyjnego, więc kSNP może pobrać jako dane wejściowe setki genomów drobnoustrojów. Locus SNP jest zdefiniowany przez oligo o długości k otaczające centralny allel SNP. kSNP może analizować zarówno kompletne (skończone) genomy, jak i niedokończone genomy w połączonych kontigach lub surowych, niezmontowanych odczytach. Gotowe i niedokończone genomy mogą być analizowane razem, a kSNP może automatycznie pobierać pliki Genbank gotowych genomów i włączać informacje z tych plików do adnotacji SNP.Gardner, SN i Hall, BG 2013. Kiedy dopasowanie całego genomu po prostu nie zadziała: oprogramowanie kSNP v2 do odkrywania SNP bez dopasowania i filogenetyki setek genomów drobnoustrojów. PLoS ONE, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/ksnp/. Jest hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
