To aplikacja dla systemu Linux o nazwie „misc genomics tools”, której najnowszą wersję można pobrać jako „misc_genomics_tools_v0.2.zip”. Można ją uruchomić online w darmowym hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie misc genomics tools z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
różne narzędzia genomiczne
OPIS
Jest to zbiór różnych programów opracowanych w ramach projektu genomiki, obejmującego szczep Pseudomonas NCIMB10586
Należą do nich
* identyfikowanie i korygowanie błędów w (np.) sekwencji genomu pacbio przy użyciu odczytów illumina
* adnotacja sekwencji/genomu prokariotycznego
* Analiza RNAseq - normalizacja i zestawienie wielu próbek jako grupy
* Wizualizacja RNAseq
Wszystkie skrypty są dostarczane na zasadzie „dołożenia wszelkich starań”, jednak ze względu na różne zmiany systemowe nie gwarantuję, że wszystkie pliki są wersjami używanymi w analizie.
Należy również pamiętać, że zostały one opracowane z myślą o korzyściach — to znaczy oczekiwano, że proces zostanie przeprowadzony w ostatecznej formie raz; niewiele uwagi poświęcono optymalizacji środowiska uruchomieniowego lub łączeniu skryptów razem, a czasami dostęp do zasobów zewnętrznych uzyskuje się ręcznie.
Funkcjonalności
- Korekcja błędów sekwencji genomu
- Adnotacja sekwencji prokariotycznej
- Normalizacja RNAseq wielu próbek jako grupy
- Seria próbek RNAseq / wizualizacja przebiegu w czasie
Publiczność
Nauka/Badania
Język programowania
Perl
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/misc-genomics-tools/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
