To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie MyOrfeome, której najnowszą wersję można pobrać jako myorfeome-v2.1.tar.gz. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie MyOrfeome z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
MójOrfeome
Ad
OPIS
Narzędzia bioinformatyczne do analizy orfeomu przy użyciu przetłumaczonych ORF i porównania każdej ORF z dostarczonym Orfeomem/Proteomem. Nasz skrypt wykorzystuje lokalnie uruchamiany NCBI BLAST i MySQL jako główne silniki w nowy i interaktywny sposób.
Został zaprojektowany specjalnie dla genomów wirusa ospy i zapewnia nomenklaturę VACV-COP i grupy ortologii ospy krowiej dla każdej ORF. Statystyki BLAST są generowane w porównaniu z dostarczonym Proteomem. Można go łatwo dostosować do innych genomów.
Korzyści
- Wersja 2.1: Przed uruchomieniem sprawdź, czy gdzieś na ścieżce znajduje się NCBI BLAST.
- ____________________________________________________________________
- Napisane w bashu, perlu
- Można uruchomić w środowisku Linux, Mac OS lub Cygwin (Windows).
- Używa bazy danych MySQL do generowania tabel.
- Open Source, na licencji BSD
- Napisane dla porównawczej genomiki wirusa ospy, ale można je dostosować do innych gatunków.
- Wymagane oprogramowanie: Pearl, Mysql, Linux, BLAST.
- Przyszła wersja: wygeneruj tabelę funkcji do przesłania do Genbank
- Odwiedź naszą stronę internetową, aby uzyskać najnowszą wersję.
- Wersja 2.0: Poprawiono kilka błędów. Skrypt kopiuje domyślne obiekty proteomu do twojego katalogu roboczego. Tworzy katalog roboczy i sprawdza, czy wejściowe pliki Fasta istnieją. Znane błędy: deskryptor plików fasta nie powinien zawierać znaków specjalnych takich jak: !@#$%^&*()_
- Wersja 1.2 - Nowości w tej wersji: - Naprawiono niektóre błędy. - Utwórz automatycznie folder wyjściowy. - Sprawdź użytkownika i hasło bazy danych. - Dodaj kilka komentarzy podczas uruchamiania skryptu. - Zawiera proteom MOCV.
- Znane błędy: Mysql w Cygwin nie znajduje plików. Nie sprawdza, czy pliki fasta zawierają tylko sekw. białka.
Publiczność
Nauka/Badania
Interfejs użytkownika
Wiersz poleceń
Język programowania
Powłoka uniksowa, Perl
Środowisko bazy danych
MySQL
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać ze strony https://sourceforge.net/projects/myorfeome/. Został on hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
