To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie P3BSseq, której najnowszą wersję można pobrać jako P3BSseq_v2.1.zip. Można go uruchomić online w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie P3BSseq z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
P3BSekw
OPIS
Przetwarzanie sekwencjonowania wodorosiarczynem (BSseq) jest jednym z najbardziej kłopotliwych zastosowań sekwencjonowania nowej generacji (NGS). Chociaż niektóre narzędzia przetwarzania BSseq są dostępne, są one rozproszone, wymagają zagadkowych parametrów i wymagają czasu działania i użycia pamięci. Opracowaliśmy P3BSseq, równoległy potok przetwarzania do szybkiej, dokładnej i automatycznej analizy odczytów BSseq, który przycina, wyrównuje, opatruje, rejestruje wyniki pośrednie, przeprowadza ocenę jakości konwersji wodorosiarczynu, generuje metylom BED i pliki raportów zgodnie ze standardami NIH. P3BSseq przewyższa znane mapery BSseq pod względem czasu pracy i wymagań sprzętowych. Zoptymalizowaliśmy parametry P3BSseq zarówno dla bibliotek kierunkowych, jak i niekierunkowych, a także dla odczytów pojedynczego i sparowanego końca całego genomu i zmniejszonej reprezentacji BSseq. P3BSseq to przyjazne dla użytkownika, uproszczone rozwiązanie do analizy BSSeq upstream, wymagające jedynie podstawowej wiedzy na temat komputera i NGS.
Korzyści
- Przetwarzanie danych sekwencjonowania nowej generacji (NGS)
- Analiza metylomiki DNA
- Równoległe przetwarzanie
- Zmniejszona reprezentacja sekwencjonowania wodorosiarczynów (RRBS)
Publiczność
Nauka/Badania
Interfejs użytkownika
Konsola/Terminal
Język programowania
Python
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/p3bsseq/. Jest hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.