To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie ParaSim do uruchamiania w systemie Linux online, której najnowszą wersję można pobrać jako parasim-v0.05.zip. Można go uruchomić online w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie ParaSim, aby działać w systemie Linux online z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
ParaSim do uruchomienia w Linuksie online
OPIS
Oceny różnorodności i porównania dużych baz danych związków wymagają obliczenia podobieństw milionów związków w przystępnym czasie. ParaSim odpowiada na to wyzwanie poprzez zrównoleglanie obliczeń w zależności od liczby rdzeni obliczeniowych dostępnych na pojedynczej maszynie. Jest zoptymalizowany pod kątem przepustowości bardzo dużej liczby struktur zapytań w stosunku do bardzo dużej liczby struktur referencyjnych. Jako specjalną funkcję ParaSim umożliwia przechowywanie i dostęp do często wyszukiwanych zestawów danych jako trwałych obiektów w pamięci dla krótkich czasów odpowiedzi.ParaSim oblicza podobieństwa chemiczne na podstawie binarnych strukturalnych odcisków palców. Nie oblicza samodzielnie odcisków palców, ale polega na oprogramowaniu innych firm. Zasadniczo ParaSim może używać wszystkich typów strukturalnych odcisków palców, które mogą być przechowywane w tablicy bitów (zbiorze bitów).
Zobacz Wiki (https://sourceforge.net/p/parasim/wiki/Documentation/) w celu uzyskania szczegółowej dokumentacji.
OPINIE BARDZO DOCENIONE!
Korzyści
- Wykorzystuje wiele rdzeni obliczeniowych
- Może trwale przechowywać i uzyskiwać dostęp do odcisków palców w pamięci
- Zgłoszone wyniki: zapytanie o identyfikator cząsteczki, identyfikator cząsteczki odniesienia, współczynnik podobieństwa i opcjonalnie dodatkowe dane, takie jak uśmiechy/klucz InChi/ciąg dzwonków itp.
- Umożliwia zdefiniowaną przez użytkownika liczbę trafień na zapytanie i progi podobieństwa
- Umożliwia różne rozmiary zestawów bitów linii papilarnych
- Zapewnia szczegółowe informacje o postępach na żądanie
- Nie wymaga instalacji
- Odczytuje odciski palców jako zestawy bitów zakodowane w standardzie Base64 z plików .txt lub .txt.gz
- Dołączone aplikacje demonstracyjne dla RDKit, PipelinePilot(TM) i Knime
- Dołączone skrypty do wyszukiwania bezpośrednio z plików SDF lub Smiles
Publiczność
Deweloperzy, użytkownicy końcowi/komputery stacjonarne, testerzy, nauka/badania
Interfejs użytkownika
Wiersz poleceń, konsola/terminal
Język programowania
C, Perla, Pythona
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/parasim/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
