To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie ParDRe, której najnowszą wersję można pobrać jako ParDRe-rel2.2.5.tar.gz. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie ParDRe z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ParDRe
Ad
OPIS
ParDRe to równoległe narzędzie do usuwania zduplikowanych odczytów. Zduplikowane odczyty mogą być postrzegane jako identyczne
lub prawie identyczne sekwencje z pewnymi niedopasowaniami. Narzędzie to pozwoli użytkownikom uniknąć analizy niepotrzebnych odczytów, skracając czas kolejnych procedur ze zbiorem danych (np. złożenia, mapowania itp.).
Narzędzie zostało zaimplementowane za pomocą MPI w celu wykorzystania równoległych możliwości wielordzeniowych
klastry. Jest szybszy od wielowątkowych odpowiedników (koniec 2015 r.) przy tej samej liczbie rdzeni, a dzięki technologii przesyłania komunikatów może być wykonywany w klastrach.
Istnieje również odpowiednik ParDRe MapReduce, zwany MarDRe (patrz link powyżej).
AKTUALIZACJA: Od wersji 2.0.5 ParDRe zapewnia także obsługę usuwania tylko duplikatów optycznych (i pozostawiania duplikatów interesujących biologicznie), a także pracę ze skompresowanym wejściem/wyjściem w formacie .gz.
Publiczność
Technologie informacyjne, przemysł opieki zdrowotnej, nauka/badania
Interfejs użytkownika
Konsola/Terminal, wiersz poleceń
Język programowania
C + +
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać ze strony https://sourceforge.net/projects/pardre/. Został on hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
