Jest to aplikacja dla systemu Linux o nazwie PASHA: Parallelized Short Read Assembly, której najnowszą wersję można pobrać jako Pasha-1.0.10.tar.bz2. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie PASHA: Parallelized Short Read Assembly z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
PASHA: Równoległy montaż krótkiego odczytu
Ad
OPIS
PASHA to równoległy asembler z krótkim odczytem dla dużych genomów wykorzystujący wykresy de Bruijna. Wykorzystując zarówno wielordzeniowe procesory z pamięcią współdzieloną, jak i klastry obliczeniowe z pamięcią rozproszoną, projekt PASHA wykazał swój potencjał w zakresie wykonywania wysokiej jakości składania dużych genomów od nowa w rozsądnym czasie przy skromnych zasobach obliczeniowych. Nasza ocena przy użyciu trzech małych, rzeczywistych zestawów danych o sparowanych końcach pokazuje, że PASHA jest w stanie wytworzyć lepsze zespoły z porównywalnym pokryciem genomu i wskaźnikami nieprawidłowego składania w porównaniu z trzema wiodącymi asemblerami: Velvet, ABySS i SOAPdenovo. Co więcej, PASHA osiąga największą prędkość dla wszystkich trzech zestawów danych na jednym procesorze. W przypadku ludzkiego genomu PASHA osiąga konkurencyjną jakość składania dzięki ABySS i jest w stanie ukończyć składanie w około 21 godzin, czyli około 2.38 razy szybciej niż ABySS na tych samych konfiguracjach sprzętowych.
Interfejs użytkownika
Konsola/Terminal
Język programowania
C + +
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać ze strony https://sourceforge.net/projects/pasha/. Został on hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
