To jest aplikacja dla systemu Linux o nazwie Pathoscope, której najnowszą wersję można pobrać jako pathoscope_2.0.6_clinical_pathoscope_1.0.3.tar.gz. Można go uruchomić online w darmowym dostawcy usług hostingowych OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie Pathoscope with OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
Patoskop
Ad
OPIS
Ta strona służy celom archiwalnym. Odwiedź github, aby uzyskać najnowszą wersję oprogramowania: https://github.com/pathoscopePathoScope pobiera odczyty sekwencjonowania nowej generacji z próbki mieszaniny i przewiduje, które genomy są obecne. Używamy struktury Bayesa w połączeniu z początkowym dopasowaniem opartym na referencjach, aby przypisać odczyty do prawidłowego genomu pochodzenia.
Patoskop 2.0:
Wiki:
http://sourceforge.net/p/pathoscope/wiki/Home/
Poradnik:
http://sourceforge.net/projects/pathoscope/files/pathoscope2.0_v0.02_tutorial.pdf
Wersja patoskopu klinicznego: http://sourceforge.net/p/pathoscope/wiki/clinical_pathoscope/
Pobieranie PathoQC: http://sourceforge.net/projects/pathoscope/files/pathoqc_v0.1.4.tar.gz/download
Publikacje: http://www.microbiomejournal.com/content/2/1/33
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/15/262
http://genome.cshlp.org/content/23/10/1721
Wsparcie:
PS: Jeśli masz jakiekolwiek pytania, wyślij wiadomość e-mail na adres mani2012 na adres bu dot edu.
Korzyści
- PathoQC: PathoQC to samodzielny program do kontroli jakości i wstępnego przetwarzania zestawów danych o dużej przepustowości. Proszę pobrać PathoQC z http://sourceforge.net/projects/pathoscope/files/pathoqc_v0.1.4.tar.gz/download
- Publikacja PathoQC: http://la-press.com/article.php?article_id=4828
- Wsparcie: https://groups.google.com/d/forum/pathoscope
- Strona laboratorium: http://jlab.bu.edu/software/
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/pathoscope/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
