Jest to aplikacja dla systemu Linux o nazwie VarScan, której najnowszą wersję można pobrać jako VarScan.v2.3.9.jar. Można go uruchomić online w darmowym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie VarScan z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
VarScan
OPIS
Wykrywanie wariantów w sekwencjonowaniu masowo równoległym. Dla jednej próbki nazywa SNP, indele i genotypy konsensusowe. W przypadku par z prawidłowym nowotworem dodatkowo klasyfikuje każdy wariant jako linia zarodkowa, somatyczną lub LOH, a także wykrywa zmiany liczby kopii somatycznych. NAJNOWSZA WERSJA JEST DOSTĘPNA NA GITHUbie
Korzyści
- Wywołuje SNP i Indel z plików pileup SAMtools
- Filtruje warianty według zasięgu, głębokości odczytu, częstotliwości wariantu i jakości podstawowej
- Określa stan somatyczny (Somatic, Germline, LOH) dla par nowotwór-normalny
- Porównuje, łączy i przecina dwie listy wariantów
- Ogranicza wywołania wariantów do zbioru pozycji docelowych lub regionów docelowych
- Bezpłatnie do użytku niekomercyjnego.
Publiczność
Nauka/Badania
Interfejs użytkownika
Wiersz poleceń
Język programowania
Java
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/varscan/. Jest hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.