Jest to aplikacja dla systemu Windows o nazwie BBMap, której najnowszą wersję można pobrać jako BBMap_39.33.tar.gz. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie BBMap z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom dowolny emulator online systemu operacyjnego OnWorks z tej witryny, ale lepszy emulator online systemu Windows.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Windows, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację i zainstaluj ją.
- 7. Pobierz Wine z repozytoriów oprogramowania dystrybucji Linuksa. Po zainstalowaniu możesz dwukrotnie kliknąć aplikację, aby uruchomić ją za pomocą Wine. Możesz także wypróbować PlayOnLinux, fantazyjny interfejs w Wine, który pomoże Ci zainstalować popularne programy i gry Windows.
Wine to sposób na uruchamianie oprogramowania Windows w systemie Linux, ale bez systemu Windows. Wine to warstwa kompatybilności z systemem Windows typu open source, która może uruchamiać programy systemu Windows bezpośrednio na dowolnym pulpicie systemu Linux. Zasadniczo Wine próbuje ponownie zaimplementować system Windows od podstaw, aby mógł uruchamiać wszystkie te aplikacje Windows bez faktycznego korzystania z systemu Windows.
ZRZUTY EKRANU
Ad
BBMapa
OPIS
Ten pakiet zawiera BBMap, narzędzie do wyrównywania krótkich odczytów, a także różne inne narzędzia bioinformatyczne. Jest napisany w czystej Javie, może działać na dowolnej platformie i nie ma żadnych zależności innych niż instalowana Java (skompilowana dla Java 6 i nowszych). Wszystkie narzędzia są wydajne i wielowątkowe.
BBMap: Wyrównywanie krótkich odczytów dla danych DNA i RNA-seq. Zdolne do obsługi dowolnie dużych genomów z milionami rusztowań. Obsługuje Illumina, PacBio, 454 i inne odczyty; bardzo wysoka czułość i tolerancja błędów oraz liczne duże indele. Bardzo szybki.
BBNorm: narzędzie do korekcji błędów i normalizacji oparte na Kmer.
Deduplikacja: Upraszcza zespoły, usuwając zduplikowane lub zawarte podsekwencje, które mają wspólną procentową tożsamość docelową.
Ponowne formatowanie: Ponowne formatowanie odczytów między fasta/fastq/scarf/fasta+qual/sam, przeplotem/sparowanymi i ASCII-33/64, z szybkością ponad 500 MB/s.
BBDuk: Filtruje, przycina lub maskuje odczyty z dopasowaniami kmer do pliku artefaktów/zanieczyszczeń.
...i więcej!
Funkcjonalności
- Czysta Java, działa na dowolnej platformie; już skompilowany, po prostu rozpakuj i uruchom.
- Szybki, wydajny i wielowątkowy.
- Informacje o użyciu wyświetlane podczas uruchamiania skryptu powłoki bez parametrów.
- Najwyższa czułość ze wszystkich alignerów z krótkim odczytem.
- Łatwy w instalacji - wystarczy rozpakować/rozpakować.
- Łatwy w użyciu. Przykład: bbmap.sh ref=ecoli.fa in=reads.fq out=mapped.sam
- Obsługuje wszystkie popularne formaty: fasta, fastq, sam, szalik, fasta+qual, ASCII-33, ASCII-64, gzip.
- Używany przez Joint Genome Institute.
- BB oznacza Bestus Bioinformaticus.
- Tutaj jest przydatne FAQ: http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=58221
Publiczność
Nauka/Badania
Interfejs użytkownika
Konsola/Terminal
Język programowania
Java
Kategorie
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/bbmap/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
