Jest to aplikacja dla systemu Windows o nazwie BLAST Ring Image Generator, której najnowszą wersję można pobrać jako BRIG-0.95-dist.zip. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie BLAST Ring Image Generator z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom dowolny emulator online systemu operacyjnego OnWorks z tej witryny, ale lepszy emulator online systemu Windows.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Windows, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację i zainstaluj ją.
- 7. Pobierz Wine z repozytoriów oprogramowania dystrybucji Linuksa. Po zainstalowaniu możesz dwukrotnie kliknąć aplikację, aby uruchomić ją za pomocą Wine. Możesz także wypróbować PlayOnLinux, fantazyjny interfejs w Wine, który pomoże Ci zainstalować popularne programy i gry Windows.
Wine to sposób na uruchamianie oprogramowania Windows w systemie Linux, ale bez systemu Windows. Wine to warstwa kompatybilności z systemem Windows typu open source, która może uruchamiać programy systemu Windows bezpośrednio na dowolnym pulpicie systemu Linux. Zasadniczo Wine próbuje ponownie zaimplementować system Windows od podstaw, aby mógł uruchamiać wszystkie te aplikacje Windows bez faktycznego korzystania z systemu Windows.
ZRZUTY EKRANU
Ad
Generator obrazu pierścienia BLAST
OPIS
BRIG to wieloplatformowa aplikacja (Windows/Mac/Unix), która może wyświetlać cykliczne porównania dużej liczby genomów, z naciskiem na obsługę danych składania genomu.Proszę zacytować artykuł BRIG, jeśli BRIG jest używany do generowania danych do publikacji: NF Alikhan, NK Petty, NL Ben Zakour, SA Beatson (2011) BLAST Ring Image Generator (BRIG): simple prokaryote genome Compares, BMC Genomics, 12:402. PMID: 21824423
Korzyści
- Obrazy pokazują podobieństwo między centralną sekwencją odniesienia a innymi sekwencjami jako koncentrycznymi pierścieniami.
- BRIG wykona wszystkie porównania BLAST i parsowanie plików automatycznie za pomocą prostego GUI.
- Granice kontigów i zasięg odczytu mogą być wyświetlane dla szkiców genomów; można wyświetlać dostosowane wykresy i adnotacje.
- Wykorzystując zdefiniowany przez użytkownika zestaw genów jako dane wejściowe, BRIG może wyświetlać obecność genów, ich brak, skrócenie lub zmienność sekwencji w zestawie kompletnych genomów, szkicach genomów, a nawet surowych, niezmontowanych danych sekwencji.
- BRIG akceptuje również pliki mapowania odczytu w formacie SAM, umożliwiające jednoczesne porównanie regionów genomowych obecnych w niezmontowanych danych sekwencji z wielu próbek
Publiczność
Nauka/Badania
Język programowania
Java
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/brig/. Został umieszczony w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
