Jest to aplikacja dla systemu Windows o nazwie fcGENE: konwerter formatu Genotype do uruchamiania w systemie Windows online w systemie Linux online, której najnowszą wersję można pobrać jako fcgene-1.0.7.zip. Można go uruchomić online w darmowym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie fcGENE: Konwerter formatu genotypów do uruchamiania w systemie Windows online przez Linux online z OnWorks za darmo.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom dowolny emulator online systemu operacyjnego OnWorks z tej witryny, ale lepszy emulator online systemu Windows.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Windows, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację i zainstaluj ją.
- 7. Pobierz Wine z repozytoriów oprogramowania dystrybucji Linuksa. Po zainstalowaniu możesz dwukrotnie kliknąć aplikację, aby uruchomić ją za pomocą Wine. Możesz także wypróbować PlayOnLinux, fantazyjny interfejs w Wine, który pomoże Ci zainstalować popularne programy i gry Windows.
Wine to sposób na uruchamianie oprogramowania Windows w systemie Linux, ale bez systemu Windows. Wine to warstwa kompatybilności z systemem Windows typu open source, która może uruchamiać programy systemu Windows bezpośrednio na dowolnym pulpicie systemu Linux. Zasadniczo Wine próbuje ponownie zaimplementować system Windows od podstaw, aby mógł uruchamiać wszystkie te aplikacje Windows bez faktycznego korzystania z systemu Windows.
ZRZUTY EKRANU
Ad
fcGENE: Konwerter formatu genotypowania do uruchomienia w systemie Windows online przez Linux online
OPIS
Główne zastosowanie jest dwojakie: po pierwsze do konwersji danych genotypowych SNP do formatów różnych narzędzi imputacyjnych, takich jak PLINK MACH, IMPUTE, BEAGLE i BIMBBAM, po drugie do przekształcania danych imputowanych do różnych formatów plików, takich jak PLINK, HAPLOVIEW, EIGENSOFT i SNPTEST.Czytelne formaty plików: plink-pedigree (ped i map), plink-raw, plink-dosage, mach , minimac, impute, snptest, beagle i bimbam. Podobnie wszystkie rodzaje imputacji wyników są również akceptowane.
Formaty, które mogą być generowane przez fcGENE: plink-pedigree, plink-raw, plink-dosage, mach-inputs, minimac-input, impute-input, beagle-input i bimbam-input, HAPLOVIEW, EIGENSOFT.
Dalsze zastosowanie:
-?uzyskanie szablonów niezbędnych poleceń imputacji i poleceń innego narzędzia imputacji?
- Kontrola jakości według MAF, HWE i CALLRATE.
słowa kluczowe: transformacja genotypu, format konwersji genotypu, dane wyjściowe imputacji, PLINK, IMPUTE, MACH, minimac, HAPLOVIEW, BEAGLE, BIMBAM,EIGENSOFT.
Funkcjonalności
- może przeprowadzać kontrolę jakości pod kątem SNP i indywidualną oraz może filtrować zdyskwalifikowane SNP i osoby podczas przekształcania danych
- potrafi wykonać dwukierunkową konwersję formatu danych SNP genotypu (np. PLINK -> narzędzie imputacyjne i narzędzia imputacyjne -> PLINK). Może odczytywać i zapisywać zarówno pliki rodowodowe w formacie Plink, jak i pliki binarne
- może filtrować zakwestionowane SNP na podstawie wyniku jakości imputacji
- potrafi generować szablony poleceń narzędzia do analizy GWA
- konwertuje dane genotypu z formatu jednego narzędzia imputacji na inne.
- Przekształcenie referencji imputacyjnych na format plink. Pomaga to porównać dane genotypowe z panelem referencyjnym.
- może tworzyć dane snp w formacie GenABEL z danych pierwotnie podanych w różnych innych formatach
- może generować różnie sformatowane pliki zawierające oczekiwaną dawkę mniejszej częstotliwości alleli
- bardzo pomocne dla badaczy zajmujących się genetyką statystyczną.
- napisany w c++, użycie kontenerów STL
- potrafi czytać i zapisywać pliki skompresowane gezip
- może obliczyć FST za pomocą polecenia --fst
- potrafi odczytywać i zapisywać standardowe dane genotypu z liczbą alleli i dawkami alleli
- może tworzyć pliki w formacie vcf używane przez BEAGLE4
Język programowania
C + +
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/fcgene/. Jest hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
