abyss-pe - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

abyss-pe - reúna leituras em contigs

SINOPSE

abismo [OPÇÃO] ... [PARÂMETRO=VALOR] ... [MAKE_TARGET] ...

DESCRIÇÃO

Reúna as leituras dos arquivos de entrada em contigs. As leituras podem estar em FASTA, FASTQ,
formato qseq, export, SRA, SAM ou BAM e pode ser compactado com gz, bz2 ou xz e pode ser
alcatroado.

abyss-pe é um script Makefile. Quaisquer opções de make também podem ser usadas com abyss-pe.

parâmetros of abismo
nome, JOB_NAME
O nome desta montagem. Os andaimes resultantes serão armazenados em
$ {name} -scaffolds.fa.

in arquivos de entrada. Use esta variável ao reunir dados de uma única biblioteca.

lib uma lista entre aspas de nomes de bibliotecas emparelhados separados por espaços em branco. Use esta variável
ao reunir dados de várias bibliotecas emparelhadas. Para cada nome de biblioteca em
lib, o usuário deve definir uma variável na linha de comando com o mesmo nome, que
indica os arquivos lidos para essa biblioteca. Ver EXEMPLOS abaixo para um concreto
exemplo de uso.

pe lista de bibliotecas emparelhadas que serão usadas apenas para mesclar unidades em
contigs e não contribuirá para a sequência de consenso.

mp lista de bibliotecas de pares de pares que serão usadas para o scaffolding. Bibliotecas de pares
não contribua para a sequência de consenso.

longo lista de bibliotecas de sequência longa que serão usadas para recolocação. seqüência longa
as bibliotecas não contribuem para a sequência de consenso.

se arquivos contendo leituras de extremidade única

a número máximo de ramos de uma bolha [2]

b comprimento máximo de uma bolha (bp) [10000]

c cobertura média mínima de k-mer de uma unidade [sqrt(mediana)]

d erro admissível de uma estimativa de distância (bp) [6]

e cobertura mínima de erosão k-mer [sqrt(mediana)]

E cobertura mínima de erosão k-mer por vertente [1]

j número de tópicos [2]

k tamanho de um k-mer (quando K não é definido) ou a extensão de um par k-mer (quando K é definido)

K tamanho de um único k-mer em um par k-mer (bp)

l comprimento mínimo de alinhamento de uma leitura (bp) [k]

m sobreposição mínima de duas unidades (bp) [30]

n número mínimo de pares necessário para construir contigs [10]

N número mínimo de pares necessários para a construção de andaimes [n]

p identidade de sequência mínima de uma bolha [0.9]

q qualidade de base mínima ao aparar [3]
Apare as bases dos finais de leituras cuja qualidade é menor q.

Q qualidade de base mínima [0]
Mascare todas as bases de leituras cuja qualidade seja inferior a Q como `N '.

s tamanho unitário mínimo necessário para construir contigs (bp) [200]
O comprimento da semente deve ser pelo menos duas vezes o valor de k. Se mais sequência for
montado do que o tamanho do genoma esperado, tente aumentar s.

S tamanho mínimo de contig necessário para a construção de andaimes (bp) [s]

SS SS = - SS para montar no modo específico do fio
Requer que todas as bibliotecas sejam bibliotecas de RNA-Seq específicas de fita. Assume que
a primeira leitura em um par de leitura é reverenciada WRT as transcrições sequenciadas.

t tamanho mínimo da ponta (bp) [2k]

v v = -v para habilitar o registro verboso

np, NSLOTS
o número de processos de uma montagem MPI

mpirun o caminho para mpirun

alinhar
O programa a ser usado para alinhar as leituras aos contigs [mapa].
Os valores permitidos são: map, kaligner, bwa, bwasw, bowtie, bowtie2, dida. Veja o
DIDA seção abaixo para mais informações sobre a opção dida.

cs converter contigs de espaço de cores em contigs de nucleotídeos após a montagem

Opções of fazer
-n, --funcionamento a seco
Imprime os comandos que seriam executados, mas não os execute.

Realizar tem como alvo para abismo
omissão
Equivalente a `scaffolds scaffolds-dot stats '.

unidades
Monte unidades.

pontos unitários
Produza o gráfico de sobreposição unitig.

pe-sam Mapeie leituras emparelhadas para os unitigs e produza um arquivo SAM. Arquivo SAM irá apenas
contêm o mapeamento de leituras para diferentes contigs, e o ID de leitura, sequência e qualidade
as strings serão substituídas por caracteres '*'.

pe-bam Mapeie leituras emparelhadas para os unitigs e produza um arquivo BAM. Arquivo BAM irá apenas
contêm o mapeamento de leituras para diferentes contigs, e o ID de leitura, sequência e qualidade
as strings serão substituídas por caracteres '*'.

índice pe
Gere um índice dos unitigs usados ​​pelo abyss-map.

contigs
Monte contigs.

ponto contigs
Produza o gráfico de sobreposição de contig.

mp-sam O par de companheiros do mapa lê para os contigs e produz um arquivo SAM. Arquivo SAM irá apenas
contêm o mapeamento de leituras para diferentes contigs, e o ID de leitura, sequência e qualidade
as strings serão substituídas por caracteres '*'.

mp-bam O par de mate do mapa lê para os contigs e produz um arquivo BAM. Arquivo BAM irá apenas
contêm o mapeamento de leituras para diferentes contigs, e o ID de leitura, sequência e qualidade
as strings serão substituídas por caracteres '*'.

índice mp
Gere um índice dos contigs usados ​​pelo abyss-map.

andaimes
Monte andaimes.

andaimes-ponto
Produza o gráfico de sobreposição de andaime.

patifes
Quebre os andaimes e gere o arquivo AGP.

andaimes longos
Rescaffold usando contigs montados em RNA-Seq.

ponto-de-scaffs-longo
Produza o gráfico de sobreposição de andaime de RNA.

stats Exibir estatísticas de contiguidade da montagem.

limpar Remova os arquivos intermediários.

versão
Mostra a versão do abyss-pe.

versões
Mostra as versões de todos os programas usados ​​pelo abyss-pe.

ajudar Mostre uma mensagem útil.

DIDA

ABySS suporta o uso de DIDA (Distributed Indexing Dispatched Alignment), um MPI baseado
estrutura de alinhamento para calcular alinhamentos de sequência em várias máquinas. Usar
DIDA com ABySS, primeiro baixe e instale o DIDA de
http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/dida, em seguida, especifique `dida` como o valor de
que o alinhar parâmetro para abismo.

Relacionado com DIDA abismo parâmetros
DIDA_MPIRUN
O comando `mpirun` usado para executar trabalhos DIDA.

DIDA_RUN_OPTIONS
Opções de tempo de execução, como número de threads por classificação MPI e valores para o ambiente
variáveis ​​(por exemplo, PATH, LD_LIBRARY_PATH). Execute `abyss-dida --help` para uma lista de
Opções disponíveis.

DIDA_OPTIONS
Opções que são passadas diretamente para o binário DIDA. Por exemplo, isso pode ser usado
para controlar o limite mínimo de comprimento de alinhamento. Execute `dida-wrapper --help` para um
lista de opções disponíveis.

MPI COMPATIBILIDADE
Devido ao uso de multi-threading, a DIDA tem problemas de deadlocking conhecidos com OpenMPI. Usando
a biblioteca MPICH MPI é fortemente recomendada ao executar assemblies com DIDA. Testando
foi feito com MPICH 3.1.3, compilado com --enable-threads = funneled.

EXEMPLO
A configuração de tempo de execução recomendada para DIDA é de 1 classificação MPI por máquina e 1 thread por
Núcleo da CPU. Por exemplo, para executar uma montagem em 3 nós do cluster com 12 núcleos cada, faça:

abyss-pe k = 64 name = ecoli in = 'read1.fa read2.fa' aligner = dida
DIDA_RUN_OPTIONS = '- j12' DIDA_MPIRUN = 'mpirun -np 3 -ppn 1 -ligar ao tabuleiro'

Este exemplo usa as opções de linha de comando MPICH para `mpirun`. Aqui, `-np 3` indica
o número de classificações MPI, `-ppn 1` indica o número de classificações MPI por" nó ", e
`-bind-to board` define um" nó "como uma placa-mãe (ou seja, uma máquina completa).

MEIO AMBIENTE VARIÁVEIS

Qualquer parâmetro que possa ser especificado na linha de comando também pode ser especificado em um
variável de ambiente.

PATH deve conter o diretório onde os executáveis ​​ABySS estão instalados. Use `abyss-
pe version` para verificar se o PATH está configurado corretamente.

TMPDIR especifica um diretório a ser usado para arquivos temporários

Scheduler integração
ABySS integra-se bem com agendadores de trabalho de cluster, como:
* SGE (motor de grade solar)
* Sistema de lote portátil (PBS)
* Instalação de Compartilhamento de Carga (LSF)
*IBM LoadLeveler

As variáveis ​​de ambiente SGE JOB_NAME, SGE_TASK_ID e NSLOTS podem ser usadas para especificar o
parâmetros name, k e np, respectivamente, e da mesma forma para outros planejadores.

EXEMPLOS

completa emparelhado biblioteca
abyss-pe k = 64 name = ecoli in = 'read1.fa read2.fa'

Múltiplo emparelhado bibliotecas
abyss-pe k = 64 name = ecoli lib = 'lib1 lib2' \
lib1='lib1_1.fa lib1_2.fa' lib2='lib2_1.fa lib2_2.fa' \
se = 'se1.fa se2.fa'

Extremidade emparelhada e par bibliotecas
abyss-pe k = 64 name = ecoli lib = 'pe1 pe2' mp = 'mp1 mp2' \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' pe2='pe2_1.fa pe2_2.fa' \
mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' mp2='mp2_1.fa mp2_2.fa' \
se = 'se1.fa se2.fa'

Incluindo RNA-Seq assembléias
abyss-pe k = 64 nome = ecoli lib = pe1 mp = mp1 long = long1 \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' \
long1 = long1.fa

MPI
abyss-pe np = 8 k = 64 nome = ecoli in = 'lê1.fa lê2.fa'

SGE
qsub -N ecoli -t 64 -pe openmpi 8\
abyss-pe n = 10 in = 'read1.fa read2.fa'

Use abyss-pe online usando serviços onworks.net