alien_hunter - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

alien_hunter - Motivos de ordem variável interpolada para identificação de horizontalmente
DNA adquirido

SINOPSE

caçador_alienígena [Opções]

DESCRIÇÃO

Alien_hunter é um aplicativo para a previsão de transferência horizontal de genes putativa.
(HGT) eventos com a implementação de Interpolated Variable Order Motifs (IVOMs). Um
A abordagem IVOM explora vieses de composição usando distribuições de motivos de ordem variável e
captura de forma mais confiável a composição local de uma sequência em comparação com a ordem fixa
métodos. Opcionalmente, as previsões podem ser analisadas em um Markov Oculto de 2ª ordem de 2 estados
Modelo (HMM), em uma estrutura de detecção de ponto de mudança, para otimizar a localização do
limites das regiões previstas. As previsões (formato embl) podem ser automaticamente
carregado no visualizador do genoma Artemis, disponível gratuitamente em:
http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.

ENTRADA: sequência genômica bruta PREDIÇÃO: regiões HGT com base na ordem de variável interpolada
Argumentos de motivos (IVOMs):


sequência genômica bruta


nome do arquivo para dados de saída

Argumentos opcionais:

-a para carregar o arquivo de previsão no Artemis

-c otimiza os limites previstos com um HMM de 2ª ordem de 2 estados de detecção de ponto de mudança

Arquivos de saída:


previsões (arquivo de guia) em formato embl

.optar
previsões otimizadas (HMM) (arquivo de guia) no formato embl

.enredo
previsões no formato Artemis User Plot para serem carregadas manualmente usando Gráfico -> Adicionar
Plotagem do usuário ...

.opt.plot
previsões otimizadas (HMM) no formato Artemis User Plot para serem carregadas manualmente usando
Gráfico -> Adicionar gráfico do usuário ...

.sco
as pontuações em todas as janelas deslizantes - para verificar a distribuição da pontuação

Nota: As previsões que se sobrepõem ao operon rRNA são mencionadas no qualificador de nota

Use alien_hunter online usando serviços onworks.net