ampliconnoise - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

AmpliconNoise - remove o ruído de dados de sequência de nucleotídeos de alto rendimento

VERSÃO

Esta documentação se refere à versão 1.22

SINOPSE

See /usr/share/doc/ampliconnoise/Doc.pdf.gz para obter detalhes sobre como executar.

DESCRIÇÃO

As seguintes ferramentas estão incluídas. A maioria deles tem um equivalente MPI, por exemplo
SeqNoise tem um SeqNoiseM equivalente que pode ser usado com mpirun.

FastaÚnico - desreplica o arquivo fasta
-in string nome do arquivo de entrada
opções:

FCluster
- em distância da string nome do arquivo de entrada
-out string de saída de arquivo stub
opções:
-r resolução
-uma ligação média
-usamos pesos
-i identificadores de leitura
-s escala dist.

NDist - matriz de distância de sequência Needleman-Wunsch em pares de um arquivo fasta
-em string nome do arquivo fata
opções:
-i identificadores de saída

Perseu - mata monstros
-sin string seq nome do arquivo
opções:
arquivo de sequência de referência de string -tin
-a alinhamentos de saída
-d usar desequilíbrio
-rin string lookup nome do arquivo

PyroDist - matriz de distância de pares de fluxogramas
-em nome do arquivo de fluxo de string
-out stub out stub de arquivo
opções:
-ni nenhum índice no arquivo dat
-rin string lookup nome do arquivo

Piroruído - fluxogramas de clusters sem alinhamentos
-din nome do arquivo de fluxo de string
-out string nome do arquivo de entrada do cluster
-lin arquivo de lista de strings
opções:
-v verboso
-c corte inicial duplo
-ni nenhum índice no arquivo dat
-s dupla precisão
-rin nome do arquivo de pesquisa de arquivo

SeqDistName - matriz de distância em pares de um arquivo fasta
-in string fasta nome do arquivo
opções:
-i identificadores de saída
-rin string lookup nome do arquivo

SeqNoise - sequências de clusters
-em string nome do arquivo de sequência
-din string nome do arquivo de matriz de distância
-out string nome do arquivo de entrada do cluster
-lin arquivo de lista de strings
opções:
-min arquivo de mapeamento
-v verboso
-c corte inicial duplo
-s dupla precisão
-rin string lookup nome do arquivo

SplitClusterEven
-din string dat nome do arquivo
-min nome do arquivo de mapa de string
-tin string árvore de nome de arquivo
-s tamanho dividido
-m tamanho mínimo

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