babel - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

babel, obabel - um conversor para arquivos de dados de modelagem molecular e química

SINOPSE

babel [-H opções de ajuda]
babel [OPÇÕES] [-i tipo de entrada] no arquivo [-o tipo de saída] arquivo de saída

obabel [-H opções de ajuda]
obabel [OPÇÕES] [-i tipo de entrada | -"Cadeia de caracteres SMILES"] no arquivo [-o tipo de saída] -O arquivo de saída

DESCRIÇÃO

babel é um programa de plataforma cruzada projetado para interconverter entre muitos formatos de arquivo usados ​​em
modelagem molecular e química computacional e áreas afins.

obabel e babel são ligeiramente diferentes. O primeiro está mais próximo da convenção normal do Unix
para programas de linha de comando e mais flexível quando o usuário precisa especificar valores de parâmetro
nas opções. Com babel isso só funciona quando a opção é a última da linha; com obabel
nenhuma restrição se aplica. Além disso, possui um atalho para inserir strings SMILES, que
pode ser usado no lugar de um arquivo de entrada.

O Open Babel também é um kit de ferramentas completo para programadores para o desenvolvimento de software de química. Para
mais informações, veja as páginas da web do Open Babelhttp://openbabel.org/>.

OPÇÕES

Se apenas os arquivos de entrada e saída forem fornecidos, o Open Babel adivinhará o tipo de arquivo do
extensão de nome de arquivo.

-"Cadeia de caracteres SMILES"
Insira a string SMILES e use-a no lugar de um arquivo de entrada. A string SMILES deve ser
colocado entre aspas. Mais de um pode ser usado, e um título de molécula pode ser
incluído se estiver entre aspas.

-a opções
Opções de entrada específicas do formato. Ver -H formato-ID para opções permitidas por um determinado
formato

--addtotitle
Anexar texto ao título da molécula atual

--addfórmula
Anexe a fórmula molecular após o título da molécula atual

-b Converta ligações dativas: por exemplo, [N +] ([O -]) = O em N (= O) = O

-c Coordenadas atômicas centrais em (0,0,0)

-C Combine moléculas no primeiro arquivo com outras de mesmo nome

-e Continue após os erros

-d Excluir hidrogênios

--- nível de erro 2
Filtre o nível de erros e avisos exibidos:
1 = erros críticos apenas
2 = incluir avisos também (padrão)
3 = inclui mensagens informativas também
4 = incluir mensagens de "registro de auditoria" de mudanças nos dados
5 = inclui mensagens de depuração também

-f # Para entrada de entrada múltipla, comece a importação com a molécula # como a primeira entrada

-F Produza os tipos de impressão digital disponíveis

-h Adicionar hidrogênios

-H Informações de uso de saída

-H formato-ID
Informações de formatação de saída e opções para o formato especificado

-Corredor
Informações de formatação de saída e opções para todos os formatos

-eu
Especifica o formato de entrada, veja abaixo os formatos disponíveis

-j

--Junte
Junte todas as moléculas de entrada em uma única entrada de molécula de saída

-k Traduzir palavras-chave de modelagem de química computacional (por exemplo, GAMESS e Gaussian)

-m Produza vários arquivos de saída, para permitir:
- Dividindo um arquivo de entrada - coloque cada molécula numerada consecutivamente
arquivos de saída
- Conversão em lote - converte cada um dos vários arquivos de entrada em um determinado
Formato de saída

-l # Para entrada de entrada múltipla, pare a importação com a molécula # como a última entrada

-o formato-ID
Especifica o formato de saída, veja abaixo os formatos disponíveis

-O arquivo de saída
Especifique o arquivo de saída. Esta opção se aplica a obabel só.

-p Adicione hidrogênios apropriados para pH (use transformações em phmodel.txt)

--propriedade
Adicionar ou substituir uma propriedade (por exemplo, em um arquivo MDL SD)

-s INTELIGENTES
Converta apenas moléculas que correspondam ao padrão SMARTS especificado

--separado
Separe os fragmentos desconectados em registros moleculares individuais

-t Todos os arquivos de entrada descrevem uma única molécula

--título título
Adicionar ou substituir o título molecular

-x opções
Opções de saída específicas do formato. Ver -H formato-ID para opções permitidas por um determinado
formato

-v INTELIGENTES
Converta apenas moléculas NÃO padrão SMARTS correspondente especificado

-V Número da versão de saída e saída

-z Comprimir a saída com gzip

ARQUIVO FORMATOS

Os seguintes formatos são atualmente suportados pelo Open Babel:
acr - Cristal Carine ASCI
alc - formato de alquimia
arc - formato Accelrys / MSI Biosym / Insight II CAR [somente leitura]
bgf - formato MSI BGF
box - formato Dock 3.5 Box
bs - formato de bola e taco
c3d1 - formato cartesiano 3 de Chem1D
c3d2 - formato cartesiano 3 de Chem2D
caccrt - formato cartesiano do cacau
cache - formato CAChe MolStruct [somente gravação]
cacint - formato interno do cacau [somente gravação]
can - formato SMILES canônico
carro - formato Accelrys / MSI Biosym / Insight II CAR [somente leitura]
ccc - formato CCC [somente leitura]
cdx - formato binário ChemDraw [somente leitura]
cdxml - formato ChemDraw CDXML
cht - formato Chemtool [somente gravação]
cif - Arquivo de Informação Cristalográfica
cml - linguagem de marcação química
cmlr - formato de reação CML
com - Entrada cartesiana gaussiana 98/03 [somente gravação]
cópia - copia o texto bruto [somente gravação]
crk2d - formato de diagrama 2D do Chemical Resource Kit
crk3d - formato 3D do Chemical Resource Kit
csr - formato Accelrys / MSI Quanta CSR [somente gravação]
cssr - formato CSD CSSR [somente gravação]
ct - formato da tabela de conexão ChemDraw
dmol - formato de coordenadas DMol3
ent - formato de banco de dados de proteínas
fa - formato FASTA [somente gravação]
fasta - formato FASTA [somente gravação]
fch - formato de arquivo de ponto de verificação em formato gaussiano [somente leitura]
fchk - formato de arquivo de checkpoint formatado gaussiano [somente leitura]
fck - formato de arquivo de ponto de verificação formatado gaussiano [somente leitura]
feat - formato de recurso
fh - formato Fenske-Hall Z-Matrix [somente gravação]
correção - formato SMILES FIX [somente gravação]
fpt - formato de impressão digital [somente gravação]
fract - formato fracionário de forma livre
fs - banco de dados Babel FastSearching aberto
fsa - formato FASTA [somente gravação]
g03 - Saída gaussiana 98/03 [somente leitura]
g98 - Saída gaussiana 98/03 [somente leitura]
gam - Saída GAMESS [somente leitura]
gamin - entrada GAMESS [somente gravação]
gamout - GAMESS Output [somente leitura]
gau - entrada cartesiana gaussiana 98/03 [somente gravação]
gjc - entrada cartesiana gaussiana 98/03 [somente gravação]
gjf - Gaussian 98/03 Cartesian Input [Write-only]
gpr - formato Ghemical
gr96 - formato GROMOS96 [somente gravação]
hin - formato HyperChem HIN
inchi - IUPAC InChI [somente gravação]
inp - entrada GAMESS [somente gravação]
ins - formato ShelX [somente leitura]
jin - formato de entrada Jaguar [somente gravação]
jout - formato de saída Jaguar [somente leitura]
mdl - formato MDL MOL
mmd - formato MacroModel
mmod - formato MacroModel
mol - formato MDL MOL
mol2 - formato Sybyl Mol2
molreport - Relatório de molécula Open Babel [somente gravação]
moo - formato de saída MOPAC [somente leitura]
esfregona - formato cartesiano MOPAC
mopcrt - formato cartesiano MOPAC
mopin - MOPAC interno
mopout - formato de saída MOPAC [somente leitura]
mpc - formato cartesiano MOPAC
mpd - formato do descritor Sybyl [somente gravação]
mpqc - formato de saída MPQC [somente leitura]
mpqcin - formato de entrada simplificado MPQC [somente gravação]
nw - formato de entrada NWChem [somente gravação]
nwo - formato de saída NWChem [somente leitura]
pc - formato PubChem [somente leitura]
pcm - formato PCModel
pdb - formato do banco de dados de proteínas
pov - Formato de entrada POV-Ray [somente gravação]
pqs - formato Parallel Quantum Solutions
prep - formato Amber Prep [somente leitura]
qcin - formato de entrada Q-Chem [somente gravação]
qcout - formato de saída Q-Chem [somente leitura]
relatório - formato de relatório do Open Babel [somente gravação]
res - formato ShelX [somente leitura]
rxn - formato MDL RXN
sd - formato MDL MOL
sdf - formato MDL MOL
smi - formato SMILES
sy2 - formato Sybyl Mol2
tdd - formato Thermo
teste - formato de teste [somente gravação]
therm - formato Thermo
tmol - formato TurboMole Coordinate
txyz - formato Tinker MM2 [somente gravação]
unixyz - formato UniChem XYZ
vmol - formato ViewMol
xed - formato XED [somente gravação]
xml - formato XML geral [somente leitura]
xyz - formato de coordenadas cartesianas XYZ
yob - formato YASARA.org YOB
zin - formato de entrada ZINDO [somente gravação]

FORMATO OPÇÕES

Os formatos de arquivo individuais podem ter opções de formatação adicionais.

As opções de formato de entrada são precedidas por 'a', por exemplo, -as

As opções de formato de saída são precedidas por 'x', por exemplo, -xn

Para obter mais informações e opções específicas, use -H
por exemplo, -Hcml

EXEMPLOS

Conversão padrão:
babel -ixyz etanol.xyz -opdb etanol.pdb
Conversão de um arquivo SMI em STDIN para um arquivo Mol2 gravado em STDOUT:
babel -ismi -omol2
Divida um arquivo de várias moléculas em new1.smi, new2.smi, etc .:
babel arquivo in.mol new.smi -m

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