Este é o comando bio-rainbow que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
rainbow - página de manual para rainbow 2.0.4 -[email protegido], [email protegido]>
SINOPSE
arco-íris [opções]
DESCRIÇÃO
arco-íris 2.0.4 -- <[email protegido], [email protegido]>
cacho
Formato de arquivo de entrada: arquivo (s) fasta / fastq emparelhado (s) Formato de arquivo de saída:
\ t \ t \ t
-1 Arquivo fasta / fastq de entrada, suporta múltiplos '-1'
-2 Arquivo fasta / fastq de entrada, suporta múltiplos '-2' [null]
-l
Comprimento de leitura, padrão: 0 variável
-m
Máximo de incompatibilidades [4]
-e
Limite de correspondência exata [2000]
-L Baixo nível de polimorfismo
div
Formato de arquivo de entrada: \ t \ t \ t Saída
Formato de arquivo:
\ t \ t \ t [\ t ]
-i Arquivo de entrada [stdin]
-o Arquivo de saída [stdout]
-k
K_allele, variantes mínimas para criar um novo grupo [2]
-K
K_allele, divida independentemente da frequência quando o número de variantes exceder este valor
[50]
-f
Frequência, frequência variante mínima para criar um novo grupo [0.2]
fundir
Formato de arquivo de entrada:
\ t \ t \ t [\ t ]
-i Arquivo de saída rbasm de entrada [stdin]
-a conjunto de saída
-o Arquivo de saída para contigs mesclados, uma linha por cluster [stdout]
-N
Número máximo de clusters divididos para mesclar [300]
-l
Sobreposição mínima ao montar duas leituras (válido apenas quando '-a' é aberto) [5]
-f
Fração mínima de similaridade quando a montagem (válido apenas quando '-a' é aberto)
[0.90]
-r
Número mínimo de leituras para montar (válido apenas quando '-a' é aberto) [5]
-R
Número máximo de leituras para montar (válido apenas quando '-a' é aberto) [300]
Uso: arco-íris [opções]
cacho
Formato de arquivo de entrada: arquivo (s) fasta / fastq emparelhado (s) Formato de arquivo de saída:
\ t \ t \ t
-1 Arquivo fasta / fastq de entrada, suporta múltiplos '-1'
-2 Arquivo fasta / fastq de entrada, suporta múltiplos '-2' [null]
-l
Comprimento de leitura, padrão: 0 variável
-m
Máximo de incompatibilidades [4]
-e
Limite de correspondência exata [2000]
-L Baixo nível de polimorfismo
div
Formato de arquivo de entrada: \ t \ t \ t Saída
Formato de arquivo:
\ t \ t \ t [\ t ]
-i Arquivo de entrada [stdin]
-o Arquivo de saída [stdout]
-k
K_allele, variantes mínimas para criar um novo grupo [2]
-K
K_allele, divida independentemente da frequência quando o número de variantes exceder este valor
[50]
-f
Frequência, frequência variante mínima para criar um novo grupo [0.2]
fundir
Formato de arquivo de entrada:
\ t \ t \ t [\ t ]
-i Arquivo de saída rbasm de entrada [stdin]
-a conjunto de saída
-o Arquivo de saída para contigs mesclados, uma linha por cluster [stdout]
-N
Número máximo de clusters divididos para mesclar [300]
-l
Sobreposição mínima ao montar duas leituras (válido apenas quando '-a' é aberto) [5]
-f
Fração mínima de similaridade quando a montagem (válido apenas quando '-a' é aberto)
[0.90]
-r
Número mínimo de leituras para montar (válido apenas quando '-a' é aberto) [5]
-R
Número máximo de leituras para montar (válido apenas quando '-a' é aberto) [300]
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