bowtie-build - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

bowtie-build - construção de um índice de espaço de cores para a gravata borboleta

SINOPSE

gravata borboleta [opções]*

DESCRIÇÃO

referência_in
lista de arquivos separados por vírgula com sequências ref

ebwt_outfile_base
gravar dados Ebwt em arquivos com este diretório / nome de base

OPÇÕES

-f arquivos de referência são Fasta (padrão)

-c sequências de referência fornecidas na linha cmd (como )

--grande-índice
índice gerado pela força para ser 'grande', mesmo se ref tiver menos de 4 bilhões
nucleótidos

-C/--cor
construir um índice de espaço de cores

-a/ - noauto
desabilitar automático -p/ - bmax / - ajuste de memória dcv

-p/ - embalado
use strings compactadas internamente; mais lento, usa menos mem

--bmax
max bucket sz para construtor de array de sufixo blockwise

--bmaxdivn
intervalo máximo sz como divisor de len ref (padrão: 4)

--dcv
período de cobertura diferencial para bloco (padrão: 1024)

--nodc desative a cobertura de diferenças (o algoritmo torna-se quadrático)

-r/ - noref
não construa parte .3 / .4.ebwt (referência compactada)

-3/ - justref
basta construir a parte .3 / .4.ebwt (referência compactada)

-o/ - offrate
SA é amostrado a cada 2 ^ offRate BWT chars (padrão: 5)

-t/ - ftabchars
Nº de caracteres consumidos na pesquisa inicial (padrão: 10)

--ntoa converter Ns em referência a As

--semente
semente para gerador de número aleatório

-q/--quieto
saída detalhada (para depuração)

-h/--ajuda
imprimir descrição detalhada da ferramenta e suas opções

--uso
imprimir esta mensagem de uso

--versão
imprimir informações da versão e sair

64 bits construído em lgw01-11 Thu Nov 26 11:11:03 UTC 2015 Compiler: gcc versão 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) Opções: -O3 -Wl, - estilo hash = ambos -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
-fstack-protetor-forte -Wformato -Erro=formato-segurança -g -O2 -fstack-protetor-forte
-Wformato -Erro=formato-segurança -Wl, -Bsymbolic-functions -Wl, -z, relro Sizeof {int, long,
long long, void *, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}

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