bowtie2-align-s - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

bowtie2-align-s - ferramenta de back-end ultrarrápida e com uso eficiente de memória para alinhamento de sequenciamento
lê para longas sequências de referência

DESCRIÇÃO

Bowtie 2 versão 2.2.6 por Ben Langmead ([email protegido], www.cs.jhu.edu/~langmea)

USO

bowtie2-align [opções] * -x {-2 -2 | -U } [-S ]


Prefixo do nome do arquivo de índice (menos .X.bt2 à direita). NOTA: índices Bowtie 1 e Bowtie 2
não são compatíveis.

Arquivos com # 1 companheiros, emparelhados com arquivos em .

Arquivos com # 2 companheiros, emparelhados com arquivos em .

Arquivos com leituras desemparelhadas.

Arquivo para saída de SAM (padrão: stdout)

, , podem ser listas separadas por vírgulas (sem espaço em branco) e podem ser especificadas
muitas vezes. Por exemplo, '-U arquivo1.fq, arquivo2.fq -U file3.fq '.

OPÇÕES (padrões in parênteses)

Entrada:
-q os arquivos de entrada de consulta são FASTQ .fq / .fastq (padrão)

--qseq os arquivos de entrada de consulta estão no formato qseq da Illumina

-f os arquivos de entrada de consulta são (multi-) FASTA .fa / .mfa

-r arquivos de entrada de consulta são uma sequência bruta por linha

-c , , são sequências em si, não arquivos

-s/--pular
pule o primeiro lê / pares na entrada (nenhum)

-u/--até
pare depois de primeiro leituras / pares (sem limite)

-5/ - trim5
aparar bases de 5 '/ extremidade esquerda das leituras (0)

-3/ - trim3
aparar bases de 3 '/ extremidade direita de leituras (0)

--phred33
qualidades são Phred + 33 (padrão)

--phred64
qualidades são Phred + 64

--int-quals
qualidades codificadas como inteiros delimitados por espaço

Predefinições:
Igual a:

Escolha --de ponta a ponta:

--muito rápido -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i S, 0,2.50

--velozes -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S, 0,2.50

--confidencial -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S, 1,1.15 (padrão)

--muito sensível -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S, 1,0.50

Escolha --local:

--muito-rápido-local -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i S, 1,2.00

--fast-local -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S, 1,1.75

--sensitivo-local -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S, 1,0.75 (padrão)

--muito-sensível-local -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S, 1,0.50

Alinhamento:
-N
máx # incompatibilidades no alinhamento da semente; pode ser 0 ou 1 (0)

-L
comprimento de substrings de sementes; deve ser> 3, <32 (22)

-i
intervalo entre substrings de sementes w / r / t ler len (S, 1,1.15)

--n-teto
função para max # não-A / C / G / Ts permitido em aln (L, 0,0.15)

--dpad
incluir caracteres de referência extras nas laterais da mesa DP (15)

--gbar
não permitir lacunas dentro nucs de extremos de leitura (4)

--ignore-quals
trate todos os valores de qualidade como 30 na escala de Phred (desligado)

--agora não alinhar versão direta (original) de leitura (desativada)

--norc não alinhar versão de complemento reverso de leitura (desligado)

--não-1mm-upfront
não permita 1 alinhamentos incompatíveis antes de tentar fazer a varredura para o semeado ideal
alinhamentos

--de ponta a ponta
toda a leitura deve estar alinhada; sem recorte (ligado)

OR

--local
alinhamento local; as extremidades podem ser cortadas suavemente (desligado)

Pontuação:
--ma
bônus de correspondência (0 para --de ponta a ponta, 2 para --local)

--mp
penalidade máxima para incompatibilidade; qual inferior = penalidade inferior (6)

--np
penalidade para não-A / C / G / Ts em leitura / ref (1)

--rdg ,
ler lacuna aberta, estender penalidades (5,3)

--rfg ,
lacuna de referência aberta, estender penalidades (5,3)

--pontuação-min pontuação mínima de alinhamento aceitável w / r / t comprimento de leitura
(G, 20,8 para local, L, -0.6, -0.6 para ponta a ponta)

Relatório:
(Padrão)
procurar alinhamentos múltiplos, relatar melhor, com MAPQ

OR

-k
relatar até alns por leitura; MAPQ não significativo

OR

-a/--tudo
relatar todos os alinhamentos; muito lento, MAPQ não significativo

Esforço:
-D
desista de estender depois falhou estende em uma linha (15)

-R
para leituras com sementes repetitivas, tente conjuntos de sementes (2)

Extremidade emparelhada:

-I/ - minins
comprimento mínimo do fragmento (0)

-X/ - maxins
comprimento máximo do fragmento (500)

--fr/ - rf / - ff -1, -2 mates alinham fw / rev, rev / fw, fw / fw (--fr)

- não misturado
suprimir alinhamentos não emparelhados para leituras emparelhadas

--não-discordante
suprimir alinhamentos discordantes para leituras emparelhadas

--sem rabo de andorinha
não concordante quando os companheiros se estendem um após o outro

--não contém
não concordante quando um alinhamento de mate contém outro

- sem sobreposição
não concordante quando os companheiros se sobrepõem

Saída:
-t/--Tempo
imprimir o tempo gasto nas fases de pesquisa

--quieto
imprima nada para stderr exceto erros graves

--met-arquivo
enviar métricas para arquivo em (desligado)

--met-stderr
enviar métricas para stderr (desligado)

--conheceu
relatar contadores e métricas internos a cada segs (1)

--não-unal
suprimir registros SAM para leituras não alinhadas

--Sem cabeça
suprimir linhas de cabeçalho, ou seja, linhas que começam com @

--sem quadrado
suprimir linhas de cabeçalho @SQ

--rg-id
definir id do grupo de leitura, refletido na linha @RG e RG: Z: campo opt

--rg
adicionar ("lab: value") para a linha @RG do cabeçalho SAM. Nota: linha @RG apenas impressa
quando --rg-id é definido.

--omit-sec-seq
coloque '*' nos campos SEQ e QUAL para alinhamentos secundários.

Atuação:
-p/--tópicos número de threads de alinhamento para lançar (1)

--reordenar
forçar a ordem de saída do SAM para corresponder à ordem das leituras de entrada

--milímetros use E / S mapeada em memória para índice; muitos 'gravatas-borboleta podem compartilhar

De outros:
--qc-filtro
filtrar leituras que são ruins de acordo com o filtro QSEQ

--semente
semente para gerador de número aleatório (0)

--não-determinístico semente rand. gen. arbitrariamente em vez de usar atributos de leitura

--versão
imprimir informações da versão e sair

-h/--ajuda
imprimir esta mensagem de uso

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