Este é o comando bp_unflatten_seqp que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
bp_unflatten_seq - unflatten um genbank ou arquivo de característica do estilo genbank em um aninhado
Hierarquia de SeqFeature
SINOPSE
bp_unflatten_seq.PLS -e 3 -gff ~ / cvs / bioperl-live / t / data / AE003644_Adh-genomic.gb
bp_unflatten_seq.PLS --detalhe ~ / cvs / bioperl-live / t / data / AE003644_Adh-genomic.gb
bp_unflatten_seq.PLS -i foo.embl --de embl --to chadoxml -o out.chado.xml
bp_unflatten_seq.PLS --notypemap --detail --to asciitree -ethresh 2 AE003644_Adh-genomic.gb
DESCRIÇÃO
Este script vai pouco plano um genbank ou arquivo de estilo genbank de SeqFeatures em um aninhado
hierarquia.
Veja Bio :: SeqFeature :: Tools :: Unflattener
Em uma representação GenBank / EMBL, os recursos são 'planos' - por exemplo, não há link
entre um mRNA e um CDS, exceto links implícitos (por exemplo, por meio de tags ou via site de emenda
coordenadas) que podem ser difíceis de codificar.
Isso é mais facilmente ilustrado com o formato de saída padrão, árvore ascii
Um conjunto de recursos genbank não nivelado pode ser semelhante a este (AB077698)
Seq: AB077698
databank_entry 1..2701 [+]
gene
mRNA
CDS hCHCR-G 80..1144 [+]
exon 80..1144 [+]
five_prime_UTR 1..79 [+]
location_sequence_feature 137..196 [+]
location_sequence_feature 239..292 [+]
location_sequence_feature 617..676 [+]
location_sequence_feature 725..778 [+]
three_prime_UTR 1145..2659 [+]
polyA_site 1606..1606 [+]
polyA_site 2660..2660 [+]
Ou assim (parte de AE003734)
gene
mRNA CG3320-RA
CDS CG3320-PA 53126..54971 [-]
exon 52204..53323 [-]
exon 53404..53631 [-]
exon 53688..53735 [-]
exon 53798..53918 [-]
exon 54949..55287 [-]
mRNA CG3320-RB
CDS CG3320-PB 53383..54971 [-]
exon 52204..53631 [-]
exon 53688..53735 [-]
exon 53798..53918 [-]
exon 54949..55287 [-]
O não achatado também irá 'normalizar' a hierarquia de contenção (no sentido de
padronizando-o - por exemplo, certificando-se de que sempre há um registro de transcrição, mesmo se o genbank
apenas especifica CDS e gene)
Por padrão, os tipos GenBank serão mapeados para tipos SO
Consulte Bio :: SeqFeature :: Tools :: TypeMapper
COMANDO LINHA ARGUMENTOS
-i | input FILE
arquivo de entrada (também pode ser especificado como último argumento)
-de FORMAT
formato de entrada (o padrão é genbank)
provavelmente não faz muito sentido usar isso para formatos não planos; ou seja, diferente de
embl / genbank
-formatar
formato de saída (o padrão é asciitree)
deve realmente ser um formato que esteja ciente de SeqFeature aninhado; Eu acho que isso é só
asciitree, chadoxml e gff3
-gff
com exportação para o formato GFF3 (pré-3 GFFs não fazem sentido com sequências não planas, como
eles não têm uma forma definida de representar gráficos de características)
-o | output FILE
arquivo de saída padrão para STDOUT
-detalhe
mostrar detalhes extras sobre recursos (somente modo asciitree)
-e | ethresh INT
define o limite de erro para não acertar
por padrão, este script irá lançar um trémulo se encontrar coisas estranhas no genbank
arquivo - aumenta o limite de erro para sinalizar que eles devem ser ignorados (e relatados
STDERR)
-nomágico
suprimir use_magic em unflattening (consulte Bio :: SeqFeature :: Tools :: Unflattener
-notypemap
suprimir o mapeamento de tipo (consulte Bio :: SeqFeature :: Tools :: TypeMapper
TUDO
Bio :: SeqFeature :: Tools :: Unflattener permite um controle refinado sobre o unflattener
processo - é necessário adicionar mais opções para permitir esse controle na linha de comando
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