chemtool - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

chemtool - editor de estruturas químicas

SINOPSE

quimtool [nome do arquivo]

DESCRIÇÃO

quimtool é um programa para desenhar moléculas orgânicas e exportá-las como um bitmap X, PNG,
Arquivo PicTeX, Xfig, SVG, SXD, MDL ou EPS. Ele roda no X Window System usando o GTK
conjunto de widgets.

O programa oferece desfazer / refazer essencialmente ilimitado, duas fontes de texto mais símbolos, sete
cores, desenho em várias escalas de zoom e grades de fundo quadradas e hexagonais para mais fácil
alinhamento.

EXEMPLOS

Em todos os modos de desenho e edição, o botão um do mouse (geralmente o botão esquerdo) é usado para
marcar ou desenhar objetos, enquanto o botão três (o botão direito) pode ser usado para excluir objetos
do tipo atual. O botão do meio é usado principalmente nos modos de desenho bond, onde
permite a mudança rápida dos tipos de ligação. A partir da versão 1.5, o armazenamento padrão
diretório para arquivos de dados, e a extensão de nome de arquivo a ser usada, podem ser salvos por meio de um
diálogo de configuração.

desenho of títulos:
As ligações podem ser feitas em 4 configurações de ângulos diferentes (hexágono com intervalos de 30 °, dois
pentágonos com intervalos de 72 ° (orientação diferente) e um octógono de 45 ° i). (Intermediário
os ângulos também são possíveis em todos esses modos - apenas ignore os pontos do marcador neste
caso).

O seletor de estilo de ligação no centro da barra de botões determina o tipo de ligação que é
desenhada - inicialmente, é uma ligação simples. Se você quiser alterar o tipo de vínculo mais tarde,
Clique nele com o botão do meio do mouse para avançar para o (s) próximo (s) tipo (s), ou
selecione o tipo apropriado no seletor e, em seguida, mude para o modo bondtype e escolha todos
vínculos que você deseja alterar para o novo tipo. (A cor usada para o vínculo é
atualizado ao mesmo tempo, se necessário.) Pressionar o botão do meio do mouse em um título quando em
O modo 'Bondtype' inverte a direção dessa ligação.

Usar o terceiro botão do mouse (geralmente o direito) exclui o vínculo próximo ao cursor
posição.

Os tipos de títulos disponíveis são:

· Ligação simples

· ligação dupla

· Ligação dupla (linha mais curta do outro lado)

· Dupla ligação centrada

· Ligação tripla (linhas de flanco mais curtas do que centrais)

· Ligação tripla (com comprimentos de linha iguais)

· Ligação quádrupla

· Ligação em forma de cunha

· Ligação em forma de cunha tracejada

· Linha ondulada

· Meia flecha

· Seta regular

· Vínculo amplo

· Círculo

· linha pontilhada

· Sobreposição de ligação simples (que corta um segmento de qualquer ligação que cruze)

· Lobo orbital leve pi

· Lobo orbital pi escuro

Semiautomático desenho of argolas:
Anéis de 3 a 12 membros podem ser desenhados facilmente, mantendo pressionada a tecla Ctrl enquanto desenha um
linha. Esta linha se tornará o primeiro segmento de um anel que é desenhado automaticamente
no sentido horário. O tamanho do anel é padronizado para aquele apropriado para o selecionado
modo de desenho (ou seja, 5, 6 ou 8 lados), mas pode ser definido por anel pressionando
Ctlr- antes de desenhar o anel, onde os números 3-9 correspondem a 3 a 9 membros
anéis, enquanto 0 a 2 seleciona anéis de 10, 11 e 12 membros, respectivamente.

Os anéis recém-desenhados podem ser excluídos pressionando Ctrl e o botão 3 do mouse juntos.

desenho of curvo linhas:
Linhas curvas para objetos como setas ou lobos orbitais podem ser desenhadas no modo de curva spline por
especificando quatro pontos de controle que formam um polígono delimitador (ponto inicial, dois pontos em
ambos os lados do pico, ponto final). Dos tipos de títulos regulares disponíveis no menu Estilo,
a 'linha única', 'semiarrow', seta e 'linha tracejada' mantêm sua função usual, enquanto
o tipo 'linha larga' é usado para denotar um polígono preenchido. Os pontos de controle são apenas
visível em Mover modo, onde eles podem ser arrastados para alterar a forma de uma curva após
está desenhado.

Configuração vínculo estilo
No modo de estilo de vínculo, clicar em qualquer vínculo no diagrama muda sua representação para o
tipo selecionado no menu suspenso próximo ao Formato botão.

O tipo de título adicional disponível no menu suspenso,

flecha curva

só está disponível para desenho. Na verdade, é um atalho para um dos desenhos de curva
funções descritas acima, com o segundo e terceiro pontos de controle automaticamente
gerado. Como tal, não pode ser convertido para ou de qualquer um dos tipos de ligação convencionais.

(Pode-se, no entanto, convertê-lo para qualquer um dos outros tipos de curva, por exemplo, para alterar o tipo de
ponta de seta). A forma da seta geralmente precisa ser ajustada mudando o
ponto de controle que aparece ao lado dele no modo 'Mover'.

inserindo texto
O texto escrito na caixa de texto pode ser posicionado com o cursor e pode aparecer à esquerda,
alinhado ao meio ou à direita no desenho. O tamanho e a cor do texto são selecionáveis ​​a partir de um
lista de opções. Existem dois caracteres especiais a serem usados ​​para sub e sobrescrito
o seguinte personagem:

'^' para deslocar para cima (por exemplo, N ^ +)

'_' para deslocar para baixo (por exemplo, CH_3)

O caractere de controle '|' é usado para colocar o seguinte caractere em itálico, como em | t-Bu.

Um tipo de fonte em negrito, normalmente usado para numerar compostos, pode ser selecionado precedendo o
caractere com um '#'.

O caractere especial '@' muda para o modo de símbolo, que usa o símbolo X11 padrão
Fonte. Todas as teclas alfabéticas produzem os caracteres gregos correspondentes neste modo, e
vários outros símbolos estão disponíveis se seus equivalentes Latin1 padrão já estiverem
mapeado no teclado:

iene -> infinito

hífen -> uparrow

macron -> downarrow

Os símbolos 'plusminus' e 'registrado' (marca registrada) já estão na fonte padrão,
embora eles não estejam normalmente disponíveis no teclado. Use os seguintes comandos (ou
adicione as declarações ao seu .xmodmaprc ) para disponibilizá-los por meio de +
( + ):

xmodmap -e 'keysym r = r R registrado' \
-e 'keysym o = o O yen' \
-e 'keysym p = p P plusminus' \
-e 'keysym u = u U hífen' \
-e 'keysym d = d D macron'

(isso leva a AltGr-P = plusminus, AltGr-R = registrado no modo normal e AltGr-O =
infinito, AltGr-U = seta para cima, AltGr-D = seta para baixo na fonte do símbolo).

Para diagramas de 'pontos e cruzes', os seguintes mapeamentos para a fonte do símbolo podem ser
útil: agudo -> cruz (ex. keysym x = x X agudo) ponto do meio -> ponto preenchido (por exemplo, keysym
d = d D centrado no período) (usando o sinal de grau para o ponto aberto).

Versões circuladas dos sinais de mais e menos para denotar a carga iônica estão disponíveis como @ +
e @- .

Quando você quiser usar símbolos como sub ou sobrescritos, coloque os sub ou sobrescritos
caractere antes do caractere '@', por exemplo, K_ @ a.

No modo de texto, o botão direito do mouse exclui o rótulo na posição do cursor. Mudando
o tamanho, fonte ou cor de um rótulo pode ser feito clicando com o botão esquerdo sobre ele após escolher o
combinação desejada de configurações. Quando a caixa de entrada de texto acima da área de desenho está vazia,
apenas as configurações são atualizadas sem alterar o conteúdo do rótulo, caso contrário, o
o texto do rótulo também é substituído. Se você deseja copiar o texto de uma etiqueta existente para o
caixa de entrada de texto, clique nela com o botão do meio do mouse.

Marcando atalhos
Em todos os modos de desenho de títulos, vários atalhos de teclado estão disponíveis para adicionar símbolos de átomo
sem ter que sair do modo de desenho. A etiqueta é colocada na posição de desenho atual
(o ponto final da última linha desenhada, ou o último local clicado).

As teclas 'c', 'h', 'n', 'o', 's', 'p' e 'r' inserem a letra maiúscula correspondente, 'l'
(L minúsculo) insere 'Cl', enquanto '1', '2', '3' insere CH, CH_2 e CH_3, respectivamente. o
a chave de asterisco (*) insere um círculo preenchido.

Pressionar a barra de espaço uma vez permite inserir rótulos arbitrários, que serão colocados em
a posição atual quando você pressiona a tecla Voltar.

desenho elétron pares
As teclas do teclado numérico podem ser usadas para desenhar linhas curtas de 'par de elétrons' ao lado de um
símbolo do elemento - se alguém imaginar que o símbolo do elemento está situado na tecla '5' central,
cada chave desenha o par de elétrons apropriado para sua posição. Quando usado junto com o
Tecla Shift, dois pontos são desenhados em vez de uma linha - simplesmente exclua um dos pontos novamente se
você precisa de um número ímpar de elétrons.

numeração átomos
Para uma rápida numeração dos átomos em uma molécula, mude para um dos modos de texto, mantenha pressionado
a tecla Control e escolha cada átomo em sucessão com o botão esquerdo do mouse. Numeração
começa em 1 e a sequência pode ser redefinida a qualquer momento clicando com o botão direito do mouse.
Se você precisar usar seu próprio esquema de numeração, clicando no botão do meio (enquanto ainda
manter pressionada a tecla Control) faz com que ele pegue qualquer número que esteja no campo de entrada de texto.

Centralização
Se não houver espaço suficiente para sua molécula, você pode colocá-la no meio da folha
com o botão central.

Exportando para estrangeiro formatos:
Você pode exportar suas moléculas como um bitmap X, uma imagem PNG ou EMF, uma imagem encapsulada
arquivo postscript, um arquivo de entrada para Brian Smith ' xfig(1) programa, um MDL ver. 2000 molfile
para troca de dados com pacotes comerciais, um arquivo SVG para páginas da web XHTML, ou no
Formato PicTeX para inclusão direta em documentos LaTeX. O PicTeX, PNG, EMF e
As funções de saída do PostScript dependem do fig2dev81) programa do transfigurar(1) pacote
e estão disponíveis apenas quando este programa foi detectado na inicialização. Se o fig2sxd(1)
programa está instalado, uma opção de exportação adicional está disponível para o formato OpenOffice SXD.
Da mesma forma, se o programa (aberto) babel estiver instalado, um menu Exportar adicional fornecendo
o acesso a todos os tipos de arquivos suportados por esta ferramenta torna-se disponível.

Você pode criar as saídas em tamanhos diferentes de acordo com a escala de zoom atual.
Arquivos Postscript e PicTeX também podem ser criados em escalas arbitrárias selecionáveis ​​no
menu de exportação de arquivo.

Uma opção no menu de configuração pode ser definida para chamar fig2dev em linguagem internacional
modo, que irá renderizar automaticamente qualquer texto escrito na fonte alternativa (Times) usando
a fonte postscript apropriada para o local atual (atualmente croata, cirílico,
Tcheco, húngaro, japonês, coreano, polonês). Veja o fig2dev documentação para detalhes.

Para incluir o arquivo PicTeX em seu documento LaTeX, você precisará do pacote de macros pictex.
Dependendo das versões que você usa, você também pode ter que carregar o pacote 'color' no
preâmbulo do seu arquivo LaTeX. Se você receber mensagens de erro 'Capacidade de TeX excedida',
aumente o parâmetro extra_mem_bot em seu texmf.cnf arquivo (geralmente em
/ usr / share / texmf / web2c, / usr / local / texmf or / etc / texmf) Pictex é conhecido por seu incomum
(pelos padrões do tex) requisitos de memória, e as configurações padrão não levam em consideração isso
(embora você possa encontrar um comentário sobre 'mude isso se você usar o pictex' no texmf.cnf
Arquivo). Algo como extra_mem_bot = 400000 não deve prejudicar em nenhum moderadamente moderno
sistema.

Impressão desenhos
Desde a versão 1.5, impressão direta de diagramas para um dispositivo de impressão compatível com Postscript (ou
mais comumente, uma fila de impressão executando o ghostscript) é possível. O tamanho do papel,
ampliação, nome da impressora e o comando de impressão a usar (atualmente lp(1) lpr(1)
or kprinter(1)) podem ser armazenados na caixa de diálogo de configuração.

Selecionando todos os or peças of a desenho para transformações:
Usando o botão 'Marcar', você pode selecionar facilmente partes do desenho atual, incluindo
com um retângulo 'elástico'.

Se você precisar adicionar átomos fora da área retangular à sua seleção, basta desenhar
outro elástico ao redor deles enquanto mantém pressionada a tecla Ctrl.

As partes selecionadas aparecerão destacadas em azul e estão imediatamente disponíveis para

em movimento simplesmente arraste o fragmento para a posição desejada com o mouse enquanto segura
com o botão esquerdo do mouse. (Se você só precisa mover átomos individuais ou
títulos, você pode simplesmente selecioná-los e arrastá-los no modo 'Mover' sem ter que marcar
eles primeiro).

rotativo o movimento horizontal do mouse se traduz em rotação suave ao redor do
ponto pivô selecionado ao pressionar o botão do mouse

lançando (espelhando) o fragmento sobre um plano de espelho horizontal ou vertical através
seu centro: isso é feito clicando no botão de menu apropriado

copiando clicar no botão de menu 'Copiar' cria uma cópia exata do
fragmento ligeiramente deslocado para o original. A marca é automaticamente
transferido para a nova cópia.

reescalonamento o movimento horizontal do mouse é traduzido em um aumento ou diminuição suave de
tamanho do fragmento marcado

eliminando para excluir o fragmento marcado, basta clicar no terceiro (geralmente o direito)
botão do mouse após ser destacado.

enquadramento escolhendo um dos ícones da lista suspensa de estilos de moldura e colchete
desenha o objeto correspondente, por exemplo, um par de parênteses arredondados, em torno do
fragmento destacado.

otimizando clicar no símbolo 'balde e vassoura' invoca uma função que remove
sobrepor (duplicar) ligações e etiquetas do desenho e endireitar
linhas quase horizontais ou verticais.

Adicionando anteriormente salvo figuras:
Para adicionar outra molécula de um desenho de chemtool salvo anteriormente, selecione-a no arquivo
janela de seleção que aparece quando você pressiona o botão 'Adicionar'. Um único clique em qualquer
nome do arquivo na lista exibe uma pequena visualização da molécula para ajudar na seleção. o
a molécula recém-adicionada é automaticamente tornada ativa para que possa ser reposicionada como
desejado.

Se você quiser adicioná-lo a uma posição predefinida em outra molécula, você pode marcar isso
site de anexo clicando com o botão esquerdo nele em vez de arrastar o retângulo marcador. Um pequeno
um ponto verde aparecerá onde agora é a posição de referência para a nova peça. Se você salvar
moléculas com tal conjunto de marcadores, por sua vez, definirá seu local de fixação quando
são adicionados a outro desenho.

Adicionando um of que o predefinido modelos:
Selecionar 'Modelos' no menu 'Ferramentas' abre uma segunda janela com uma pequena coleção
de estruturas predefinidas. Basta clicar na imagem da molécula desejada para adicioná-la ao
seu desenho. A janela do modelo pode ser mantida aberta durante uma sessão de quimiool - se
está oculto por outra janela, você pode movê-lo para a frente selecionando o menu 'Modelo'
no chemtool novamente.

Os dados no sistema de modelo diferem dos desenhos de chemtool normais apenas pelo fato de que
eles são armazenados dentro do programa, e em um formato um pouco estranho (coordenadas xey
listados separadamente no arquivo de origem templates.h). O objetivo é fornecer um
conjunto de base conveniente disponível para todos os usuários, mas não extensível individualmente (você pode usar
a função 'Adicionar' para suas próprias estruturas). Por favor, deixe-nos saber se você quiser algo específico
moléculas adicionadas aos modelos - seu nome ou, de preferência, um arquivo de desenho de chemtool regular
é tudo que precisamos. (enviar um email a [email protegido])

Importador estrangeiro lima formatos:
Chemtool fornece funções para importar arquivos no formato PDB usado pelo Protein
Banco de dados (e pela maioria dos pacotes de modelagem molecular) e o formato MDL molfile proprietário
usado por ISISdraw e compreendido por outros pacotes de desenho de estrutura e banco de dados
termina em frente.

Como ambos são formatos de arquivo 3D, enquanto o chemtool lida apenas com projeções 2D, importados
as moléculas são inicialmente lidas em um armazenamento temporário e exibidas em azul na tela.
Esta representação 3D pode então ser girada usando o mouse. Só depois de pressionar o botão Return
tecla do teclado é convertida na projeção 2D final que pode ser editada. Enquanto
tal importação 3D está em andamento, todas as funções normais de desenho e edição estão desabilitadas.

Com a importação de MDL molfile, os rótulos de átomos de carbono são automaticamente descartados. Para PDB
importação, a quantidade de rotulagem pode ser escolhida na caixa de diálogo de seleção de arquivo, que oferece
retenção de todos os rótulos, apenas aqueles de átomos não-hidrogênio, ou apenas os não-numéricos
parte dos rótulos.

Se o programa babel estiver instalado - seja a versão original escrita por Pat Walters ou
o esforço OpenBabel mais recente - o chemtool oferecerá automaticamente uma opção de menu para
importar de qualquer um dos formatos de arquivo suportados.

determinando soma Fórmula e molecular peso:
A distribuição contém um programa auxiliar, cht(1), por Radek Liboska (Praga) para calcular
a fórmula da soma e o peso molecular (exato) de um arquivo de desenho do chemtool. Isso é também
disponível no chemtool para calcular esses dados para a estrutura atual ou um
fragmento marcado dele. cht pode ser induzido em erro por ligações duplicadas (chemtool não remove
ligações sobrepostas, como podem resultar de sistemas de anéis de fusão, automaticamente) e
pelo símbolo de 'anel aromático', então você deve evitá-los e verificar a plausibilidade do
fórmula de soma gerada sempre que possível.

desenho funções não disponível dentro Ferramenta Química:
Para recursos não suportados atualmente pelo chemtool, como funções gerais de desenho de linha,
obtendo o pacote de desenho XFig de Brian Smith xfig é altamente recomendado. Sobre o único
coisa que não oferece é suporte para tipos de linha 'químicos' e ângulos de desenho - que é
por que chemtool foi escrito como uma espécie de programa complementar. (Provavelmente haverá mais
as opções de desenho mais urgentemente necessárias adicionadas ao chemtool ao longo do tempo, mas duplicando o
mais recursos de uso geral de xfig parece um tanto sem sentido.)

Use chemtool online usando serviços onworks.net