Este é o comando clustalw que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
clustalw - Alinhamento múltiplo de sequências de ácido nucleico e proteínas
SINOPSE
cluster [-no arquivo] arquivo.ext [OPÇÕES]
cluster [-Socorro | -ajuda completa]
DESCRIÇÃO
Clustal W é um programa de alinhamento múltiplo de propósito geral para DNA ou proteínas.
O programa realiza o alinhamento simultâneo de muitas sequências de nucleotídeos ou aminoácidos. Isto
é normalmente executado de forma interativa, fornecendo um menu e uma ajuda online. Se você preferir usar
em modo de linha de comando (lote), você terá que dar várias opções, sendo o mínimo
-no arquivo.
OPÇÕES
DADOS (sequências)
-infile =arquivo.ext
Sequências de entrada.
-profile1 =arquivo.ext e -profile2 =arquivo.ext
Perfis (alinhamento antigo)
VERBOS (Faz coisas)
-opções
Liste os parâmetros da linha de comando.
-Socorro or -Verifica
Descreva os parâmetros da linha de comando.
-ajuda completa
Produza conteúdo de ajuda completo.
-alinhar
Faça o alinhamento múltiplo completo.
-árvore
Calcule a árvore NJ.
-pim
Matriz de porcentagem de identidade de saída (durante o cálculo da árvore).
-bootstrap=n
Bootstrap uma árvore NJ (n= número de bootstraps; def. = 1000).
-converter
Produza as sequências de entrada em um formato de arquivo diferente.
PARÂMETROS (definir coisas)
Geral definições:
-interativo
Leia a linha de comando e entre nos menus interativos normais.
-árvore rápida
Use o algoritmo FAST para a árvore do guia de alinhamento.
-tipo =
PROTEÍNA or DNA sequências.
-negativo
Alinhamento de proteínas com valores negativos na matriz.
-outfile =
Nome do arquivo de alinhamento de sequência.
-output =
GCG, GDE, FILIP, PIR or NEXUS.
-outputorder =
INPUT or ALINHADA
-caso
MAIS BAIXO or UPPER (apenas para saída GDE).
-seqnos =
OFF or ON (apenas para saída Clustal).
-seqnos_range =
OFF or ON (NOVO: para todos os formatos de saída).
-range =m,n
Intervalo de sequência para começar a escrever m para m+n.
-maxseqlen =n
Comprimento máximo permitido da sequência de entrada.
-quieto
Reduza a saída do console ao mínimo.
-stats =lima
Registrar algumas estatísticas de alinhamento para lima.
pomposidade Emparelhados Alinhamentos:
-ktuple =n
Tamanho da palavra.
-topdiags =n
Número dos melhores diagnósticos.
-window =n
Janela em torno dos melhores diags.
-pairgap =n
Penalidade de lacuna.
-Ponto
POR CENTO or ABSOLUTO.
Devagar Emparelhados Alinhamentos:
-pwmatrix =
: Matriz de peso de proteína =FLOR, PAM, GONNET, ID or nome do arquivo
-pwdnamatrix =
Matriz de peso de DNA =FLORIUB, FLORCLUSTALW ou FLORnome do arquivo.
-pwgapopen =f
Penalidade de abertura de lacuna.
-pwgapext =f
Penalidade de extensão da lacuna.
Múltiplo Alinhamentos:
-newtree =
Arquivo para nova árvore guia.
-usetree =
Arquivo para a árvore do guia antigo.
-matriz =
Matriz de peso de proteína =FLOR, PAM, GONNET, ID or nome do arquivo.
-dnamatrix =
Matriz de peso de DNA =UIB, CLUSTALW or nome do arquivo.
-gapopen =f
Penalidade de abertura de lacuna.
-gapext =f
Penalidade de extensão da lacuna.
-engata
Sem caneta de separação final.
-gapdist =n
Caneta de separação de lacunas. faixa.
-nenhuma lacuna
Lacunas específicas do resíduo.
-nohgap
Lacunas hidrofílicas desligadas.
-hgapresidues =
Listar res hidrofílicos.
-maxdiv =n
Identidade percentual para atraso.
-tipo =
PROTEÍNA or DNA
-transweight =f
Ponderação de transições.
-iteração =
NENHUM or ÁRVORE or ALINHAMENTO.
-numiter =n
Número máximo de iterações a serem executadas.
Perfil Alinhamentos:
-perfil
Mesclar dois alinhamentos por alinhamento de perfil.
-newtree1 =
Arquivo para a nova árvore de guia do profile1.
-newtree2 =
Arquivo para a nova árvore de guia do profile2.
-usetree1 =
Arquivo para a árvore do guia antigo para o profile1.
-usetree2 =
Arquivo para a árvore do guia antigo para o profile2.
Seqüência para Perfil Alinhamentos:
-seqüências
Adicione sequencialmente sequências de profile2 ao alinhamento de profile1.
-newtree =
Arquivo para nova árvore guia.
-usetree =
Arquivo para a árvore do guia antigo.
Estrutura Alinhamentos:
-nosecstr1
Não use máscara de penalidade de folga de estrutura secundária para o perfil 1.
-nosecstr2
Não use máscara de penalidade de folga de estrutura secundária para o perfil 2.
-secstrout =ESTRUTURA or MASK or AMBOS or NENHUM
Saída em arquivo de alinhamento.
-helixgap =n
Penalidade de lacuna para resíduos do núcleo da hélice.
-strandgap =n
Penalidade de lacuna para resíduos do núcleo do filamento.
loopgap =n
Penalidade de lacuna para regiões de loop.
-terminalgap =n
Penalidade de lacuna para terminais de estrutura.
-helixendin =n
Número de resíduos dentro da hélice a serem tratados como terminais.
-helixendout =n
Número de resíduos fora da hélice a serem tratados como terminais.
-strandendin =n
Número de resíduos dentro da fita a serem tratados como terminais.
-strandendout =n
Número de resíduos fora da fita a serem tratados como terminais.
Árvores:
-outputtree =nj OR philip OR dist OR nexo
-seed =n
Número da semente para bootstraps.
-kimura
Use a correção de Kimura.
-tossgaps
Ignore posições com lacunas.
-bootlabels =nó
Posição dos valores de bootstrap na exibição em árvore.
-clustering =
NJ ou UPGMA.
Use o clustalw online usando os serviços onworks.net
