cmtk-convertx - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

convertx - Converte entre formatos de arquivo de imagem e tipos de dados.

SINOPSE

convertx [opções] arquivo de saída

DESCRIÇÃO

Esta ferramenta converte entre formatos de arquivo de imagem e tipos de dados de pixel. Também pode ser aplicado
operações de imagem simples e de uso geral no processo. Um número arbitrário de operações
pode ser especificado na linha de comando, que será aplicado exatamente na ordem fornecida.

OPÇÕES

Global Kit de ferramentas Opções (estes e guarante que os mesmos estão compartilhado by todos os CMTK Ferramentas)
--Socorro
Grave uma lista de opções básicas de linha de comando na saída padrão.

--ajuda-tudo
Escreva uma lista completa de opções de linha de comando básicas e avançadas na saída padrão.

--wiki
Escreva uma lista de opções de linha de comando para a saída padrão na marcação MediaWiki.

--cara
Grave o código-fonte da página de manual na marcação 'nroff' para a saída padrão.

--versão
Grave a versão do kit de ferramentas na saída padrão.

--eco
Grave a linha de comando atual na saída padrão.

--nível detalhado
Defina o nível de verbosidade.

--verbose, -v
Aumentar o nível de detalhamento em 1 (obsoleto; com suporte para compatibilidade com versões anteriores).

--tópicos
Defina o número máximo de threads paralelos (para threads POSIX e OpenMP).

Imagem / Transformação banco de dados
--db
Caminho para o banco de dados de imagem / transformação que deve ser atualizado com o recém-criado
imagem. [Predefinição: NENHUM]

Entrada Imagem Controles
--set-preenchimento
Definir valor de preenchimento: todos os pixels na imagem de entrada que têm este valor serão ignorados
em todas as operações subsequentes.

--unset-preenchimento
Valor de preenchimento não definido: para todas as operações subsequentes, todos os pixels serão tratados
de acordo com seu valor.

--rótulos
Especifique que os valores da imagem devem ser tratados como rótulos discretos. Isso vai resultar
no código de intenção apropriado a ser definido nos arquivos de saída no formato NIfTI.

--cinza
Especifique que os valores da imagem devem ser tratados como níveis contínuos de cinza. Isso vai
redefina o código de intenção em arquivos lidos no formato NIfTI.

Data Formato Conversão
--Caracteres
8 bits, inteiro assinado

--byte
8 bits, inteiro sem sinal

--baixo
16 bits, inteiro assinado

--horizontal
16 bits, inteiro sem sinal

--int
Inteiro assinado de 32 bits

- uint
Inteiro sem sinal de 32 bits

--flutuador
Ponto flutuante de 32 bits

--Duplo
Ponto flutuante de 64 bits

Valor Mapeamentos
--map-valores
Aplique a função de mapeamento aos valores de pixel. O mapeamento é definido como
'VAL0 [, VAL1, ...] [: NEWVAL]' para mapear os valores VAL0, VAL1, etc. para o novo valor NEWVAL. Se
NEWVAL não é fornecido, os valores são configurados para preenchimento.

--map-valores-somente
Aplique a função de mapeamento aos valores de pixel e substitua os pixels não mapeados por preenchimento.
Várias dessas regras de mapeamento podem ser concatenadas como RULE0 + RULE1 [+ ...]; tudo
regras concatenadas serão aplicadas simultaneamente. O mapeamento é definido como
'VAL0 [, VAL1, ...] [: NEWVAL]' para mapear os valores VAL0, VAL1, etc. para o novo valor NEWVAL. Se
NEWVAL não é fornecido, os valores são configurados para preenchimento. Várias dessas regras de mapeamento podem ser
concatenado como RULE0 + RULE1 [+ ...]; todas as regras concatenadas serão aplicadas
simultaneamente.

--replace-preenchimento
Substitua os dados de pixel preenchidos com o valor fornecido.

--replace-inf-nan
Substitua todos os pixels infinitos e não numéricos por determinado valor.

Imagem Flipping
--flip-x
Virar (espelho) ao longo da direção x

--flip-y
Virar (espelho) ao longo da direção y

--flip-z
Virar (espelho) ao longo da direção z

Imagem Mascaramento e Limiar
--mascarar
Nome do arquivo de máscara binária: elimine todos os pixels da imagem onde a máscara é 0. Pixels mascarados
NÃO será definido como zero, mas será substituído pelo preenchimento atualmente definido
valor. Use '--set-padding 0' antes de '--mask' para forçar a configuração para zero.

--máscara-inversa
O nome do arquivo de máscara binária inversa elimina todos os pixels da imagem onde a máscara NÃO é 0. Veja
também notas sobre o preenchimento em '--mask' acima.

--thresh-abaixo
Defina todos os valores abaixo do limite para o valor limite.

--thresh-acima
Defina todos os valores acima do limite para o valor limite.

--thresh-abaixo-de-preenchimento
Defina todos os valores abaixo do limite para o valor de preenchimento.

--thresh-acima-to-padding
Defina todos os valores acima do limite para o valor de preenchimento.

--binarize-thresh
Defina todos os valores abaixo do limite para 0, todos os valores iguais ou acima de 1.

--otsu-thresh
Binarize a imagem para 0/1 usando o limite calculado com o método de Otsu. O argumento é um número
de caixas de histograma para cálculo de limite.

--otsu-thresh-nbins
Binarização usando o método de Otsu com número definido pelo usuário de caixas de histograma para
cálculo de limiar.

--histograma de ameixa
Imagem de limiar por 'poda de histograma de intensidade', ou seja, para determinado argumento n
[bins do histograma] determinam os limites de modo que a fração 1 / n da mais alta e
os voxels mais baixos são limitados.

--prune-histograma-alto
Como '--prune-histograms', mas remove apenas intensidades altas.

--prune-histograma-baixo
Como '--prune-histograms', mas remove apenas intensidades baixas.

Intensidade Transformações
--escala para intervalo
Escale as intensidades da imagem para variar 'de: a', por exemplo, '0: 255' antes da conversão para byte
dados.

--Equalização do histograma
Aplique a equalização do histograma.

--histograma-equalização-nbins
Aplicar equalização de histograma com número de caixas.

--match-histogramas
Transforme as intensidades para coincidir com a distribuição na imagem fornecida como argumento
para este comando.

--match-mean-sdev
Intensidades de escala para coincidir com a distribuição média e padrão de intensidades no
imagem fornecida como argumento para este comando.

Morfológico Operações
--reverter
Reverter uma máscara binária, ou seja, trocar o primeiro plano e o plano de fundo.

--corroer
Operador de erosão morfológica (por pixels)

--dilatar
Operador de dilatação morfológica (por pixels)

--erode-distancia
Operador de erosão morfológica (por distância). Frequentemente preferível para dados anisotrópicos.

--erode-distance-multilabel
Operador de erosão morfológica (por distância) para mapas multi-rótulo. O resultado será
seja byte, unsigned short ou unsigned int data, dependendo do índice do
maior etiqueta usada na entrada.

--dilatar-distância
Operador de dilatação morfológica (por distância). Oftern preferível para anisotrópico
dados.

--componentes conectados
Criar mapa de componentes conectados com regiões numeradas, diminuindo o tamanho do componente

--limite-mapa
Criar mapa de fronteira

--mapa multi-fronteira
Crie um mapa de limite com vários valores

--mapa de distância
Calcule o mapa de distância euclidiana sem sinal. A imagem de entrada é interpretada como máscara binária.

--mapa-distância-assinado
Calcular mapa de distância euclidiana com sinal (interno = negativo, externo = positivo)

filtros Operações
--filtro-mediano
Filtro de mediana. Esta operação usa o raio do filtro em pixels como parâmetro. UMA
único inteiro define o raio do kernel em todas as três dimensões. Três vírgulas-
inteiros separados definem raios separados para as três dimensões.

--filtro médio
Filtro médio regional. Esta operação leva o raio do filtro em pixels como o
parâmetro. Um único inteiro define o raio do kernel em todas as três dimensões. Três
inteiros separados por vírgula definem raios separados para as três dimensões.

--filtro rápido-mean
Filtro de média regional (implementação de tempo linear rápido). Esta operação leva o
raio do filtro em pixels como o parâmetro. Um único inteiro define o raio do kernel
em todas as três dimensões. Três inteiros separados por vírgulas definem raios separados para o
três dimensões.

--filtro de variância
Filtro de variação regional. Esta operação leva o raio do filtro em pixels como o
parâmetro. Um único inteiro define o raio do kernel em todas as três dimensões. Três
inteiros separados por vírgula definem raios separados para as três dimensões.

--filtro de variação rápida
Filtro de variância regional rápido (tempo linear). Esta operação leva o raio do filtro
em pixels como o parâmetro. Um único inteiro define o raio do kernel em todos os três
dimensões. Três inteiros separados por vírgulas definem raios separados para os três
dimensões.

- filtro de terceiro momento
Filtro regional de terceiro momento. Esta operação leva o raio do filtro em pixels como o
parâmetro. Um único inteiro define o raio do kernel em todas as três dimensões. Três
inteiros separados por vírgula definem raios separados para as três dimensões.

- filtro de desvio padrão
Filtro de desvio padrão regional. Esta operação pega o raio do filtro em pixels
como o parâmetro. Um único inteiro define o raio do kernel em todas as três dimensões.
Três inteiros separados por vírgula definem raios separados para as três dimensões.

--filtro de suavidade
Filtro regional de 'suavidade'. Esta operação leva o raio do filtro em pixels como o
parâmetro. Um único inteiro define o raio do kernel em todas as três dimensões. Três
inteiros separados por vírgula definem raios separados para as três dimensões.

--gaussiano-filtro-sigma
Filtrar imagem com kernel gaussiano. Esta operação leva um único valor real
parâmetro, que especifica o coeficiente do kernel sigma em unidades mundiais [por exemplo, mm] como
o parâmetro.

--gaussian-filtro-fwhm
Filtrar imagem com kernel gaussiano. Esta operação leva um único valor real
parâmetro, que especifica a largura total do kernel na metade do máximo em unidades mundiais
[por exemplo, mm].

--laplace-filtro
Filtre a imagem com o kernel Laplaciano de aprimoramento de bordas.

Grade Operações
- downsample-select
Reduzir a resolução da imagem por seleção de pixel usando fatores por eixo 'Fx, Fy, Fz' ou usando um único
fator 'Fxyz'

- downsample-average
Reduza a resolução da imagem calculando a média usando fatores por eixo 'Fx, Fy, Fz' ou usando um único
fator 'Fxyz'

--redimensionamento
Faça uma nova amostra da imagem para pixels quase isotrópicos enquanto preserva o campo de visão da imagem.
Aceita um argumento, a resolução alvo em unidades mundiais [por exemplo, mm]

--reamostragem exata
Faça uma nova amostra da imagem para pixels exatamente isotrópicos de determinada resolução, combinando o
campo de visão da imagem o mais próximo possível. Aceita um argumento, a resolução alvo
em unidades mundiais [por exemplo, mm]

--cortar por índice
Cortar a imagem em uma região especificada por um conjunto de seis coordenadas de índice de grade fornecidas como
comma-separated integers x0,y0,z0,x1,y1,z1

--corte por limite
Corte a imagem para a região determinada por meio de um determinado limite. A imagem resultante irá
contém todos os pixels maiores do que o parâmetro fornecido.

--crop-by-threshold-write-region
Corte a imagem na região determinada por meio de um determinado limite e grave a região de corte na
saída padrão.

--crop-by-threshold-write-xform
Cortar imagem para região determinada por meio de um determinado limite e corte de gravação
transformação para saída padrão.

AUTORES

Torsten Rohlfing, com contribuições de Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff e Yaroslav Halchenko

Use cmtk-convertx online usando serviços onworks.net