cmtk - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

cmtk - o kit de ferramentas de morfometria computacional

SINOPSE

cmtk [opções]

DESCRIÇÃO

Este script auxiliar fornece um acesso unificado a todas as ferramentas de linha de comando fornecidas pelo CMTK.
Especifique o comando CMTK a ser executado e suas opções. Ver cmtk- (1) página de manual ou
saída de cmtk --Socorro para opções específicas

COMANDOS

um segmento
Registre uma imagem de destino em um atlas, usando afinidade seguida por B-spline não rígido
registro e, em seguida, reformate o mapa do rótulo do atlas para a imagem de destino.

asegment_sri24
Registre uma imagem alvo para um canal selecionado do atlas do cérebro humano SRI24, então
reformate um dos mapas de etiqueta do atlas para a imagem de destino. Nota: presume-se que o
a imagem-alvo é removida do crânio, ou seja, contém apenas o cérebro.

afino_médio
Esta ferramenta calcula a média de uma sequência de coordenadas afins fornecidas pelo usuário
transformações.

média_imagens
Esta ferramenta calcula a média pixelwiase, variância, desvio padrão, pontuação z ou
imagens de entropia de uma lista de imagens de intensidade fornecidas pelo usuário.

Average_labels
Média de imagens de etiquetas co-registradas usando volumes parciais

avg_adm
Calcular imagens de intensidade média de formato médio e mapas de deformação usando um ativo
modelo de deformação.

concat_affin
Esta ferramenta calcula a concatenação explícita de múltiplas coordenadas afins
transformações, cada uma das quais pode ser opcionalmente invertida.

convert_warp
Esta ferramenta converte a coordenada de deformação em formato livre B-spline não rígida
transformações entre diferentes representações (por exemplo, absoluto vs. relativo
vetores). Também cria transformações fracionárias.

converter x
Esta ferramenta converte entre formatos de arquivo de imagem e tipos de dados de pixel. Também pode ser aplicado
operações de imagem simples e de uso geral no processo. Um número arbitrário de
operações podem ser especificadas na linha de comando, que serão aplicadas exatamente no
ordem dada.

ferramenta de banco de dados
Esta ferramenta modifica e consulta o banco de dados de imagens e transformações entre
Eles.

dcm2imagem
Combine conjuntos de fatias DICOM para pilhas de imagens 3D

descreve
Esta ferramenta imprime uma descrição detalhada dos arquivos de entrada como imagem (ns) ou
transformação (ões).

intestino
Este programa corrige artefatos de faixa em pilhas de imagens adquiridas que podem resultar de
diferenças de escala de intensidade entre fatias.

detect_adni_phantom
Esta ferramenta detecta a localização de todos os pontos de referência esféricos em uma imagem 3D do
Fantasma de imagem estrutural Magphan EMR051 (também conhecido como ADNI Phantom).

detect_esferas_matched_filter
Esta ferramenta detecta objetos esféricos em imagens tridimensionais.

dof2mat
Converta a transformação afim de representação de graus de liberdade para a forma de matriz

dwi_mask_bad_slices
Esta ferramenta lê um conjunto de imagens de RM ponderadas por difusão 3D e encontra cortes ruins. Uma má
fatia em uma imagem de difusão é detectada como aquela cuja intensidade média está fora de um
intervalo especificado em torno da média das médias de todas as fatias correspondentes do
restantes imagens de difusão.

epiunwarp
Corrija a distorção induzida pela não homogeneidade do campo B0 em Imagens Planares de Eco (por exemplo,
imagens ponderadas por difusão) usando duas imagens adquiridas com codificação de fase oposta
direções.

imagem fib2
Os resultados de rastreamento de fibra da ferramenta de rastreamento de fibra UNC são lidos da entrada padrão
e todos os pontos de fibra são desenhados em uma imagem 3D. O resultado é escrito em um dos
formatos de arquivo de imagem suportados.

formulário fibx
Um arquivo com resultados de rastreamento de fibra da ferramenta UNC Fiber Tracking é lido de
Entrada padrão e uma ou mais transformações de coordenadas (concatenadas) são aplicadas
para todas as coordenadas do ponto de fibra. O resultado é gravado na saída padrão, novamente em
Formato de arquivo de fibra UNC.

filme Esta ferramenta divide uma imagem de entrada intercalada nas imagens de passagem, co-registra-as,
e reconstrói uma imagem com correção de movimento

filtro
Esta ferramenta aplica operadores de filtragem espacial, incluindo sensíveis a notas
opersadores, baseados em grãos Gaussianos seletivos.

fit_affin_dfield
Ajustar uma transformação afim linear a uma transformação não rígida, seja uma B-spline
deformação de forma livre ou um campo de deformação não paramétrico.

fit_affin_xform
Ajustar uma transformação afim linear a uma lista de concatenados, opcionalmente invertidos,
transformações.

fit_affine_xform_landmarks
Ajuste uma transformação afim linear a um conjunto de pontos de referência correspondentes.

fit_spline_dfield
Ajustar uma transformação não rígida paramétrica (deformação de forma livre B-spline) a um
campo de deformação

fit_spline_xform
Ajustar uma transformação não rígida paramétrica (deformação de forma livre B-spline) a uma lista
de transformações concatenadas, opcionalmente invertidas.

fver

correspondência geográfica
Esta ferramenta lê duas ou mais imagens e testa se suas dimensões de grade, pixel
tamanhos e transformações de imagem para espaço correspondem. Opcionalmente, todas as imagens são
reorientado na orientação padrão antes de realizar o teste. Se todas as imagens corresponderem,
a ferramenta retorna com o código de saída 0, caso contrário, retorna com o código de saída 2. No caso de
um erro (por exemplo, uma das imagens não pode ser lida), o código de saída é 1.

glm Modelagem estatística de intensidades de pixel em imagens múltiplas usando um Linear Geral
Modelo.

hum Segmente uma imagem em classes c usando o algoritmo EM para misturas gaussianas com
anteriores opcionais.

forma grega
ESTA FERRAMENTA ESTÁ DESCONTINUADA. USE O streamxform EM VEZ.

groupwise_affin
Esta ferramenta registra uma população de imagens de entrada simultaneamente, sem um modelo,
usando o algoritmo de 'congelamento' ou uma medida de similaridade de grupo com base em um
aproximação contínua de informação mútua ('RMI').

groupwise_init
Calcule o alinhamento inicial afim para um grupo de imagens de entrada, que pode ser usado como um
entrada para registro groupwise

groupwise_warp
Esta ferramenta registra de forma não rígida uma população de imagens de entrada simultaneamente, sem um
modelo, usando o algoritmo de 'congelamento' ou uma medida de similaridade em grupo
baseado em uma aproximação contínua de informação mútua ('RMI').

Husdorff
Esta ferramenta calcula a distância de Hausdorff entre duas imagens de rótulo.

Histograma
Crie um histograma de intensidades de imagem e escreva como um arquivo de texto separado por tabulação para
saída padrão

imagemmatemática
Execute operações em imagens usando notação postfix baseada em pilha.

fatias_ruins intercaladas
Esta ferramenta lê uma série temporal de imagens 3D e detecta outliers.

iterative_shape_averaging

jdb Esta ferramenta divide uma imagem de entrada intercalada nas imagens de passagem, co-registra-as,
e reconstrói uma imagem com correção de movimento

selecionar nível
Segmentação do tipo de conjunto de níveis de primeiro plano / plano de fundo usando variação regional mínima
energia

lmsba
Esta ferramenta combina múltiplas segmentações multiclasse de co-registrado e
atlas reformatados usando a média baseada em forma ponderada localmente.

Isba Esta ferramenta combina múltiplas segmentações binárias de co-registrados e reformatados
atlas usando a média baseada em forma ponderada localmente.

votar
Esta ferramenta combina múltiplas segmentações para atlas co-registrados e reformatados
usando votação com peso local.

make_initial_ffine
Calcule a transformação afim inicial alinhando centros de massa ou eixos principais

mat2dof
Converta a matriz de transformação em graus de liberdade

Mcaffine
Registro de imagem afim multicanal usando baseado em histograma ou baseado em covariância
medidas de entropia conjunta

Mcwarp
Registro de imagem B-spline não rígida multicanal usando baseado em histograma ou
medidas de entropia conjunta baseadas em covariância

mk_adni_phantom
Gerar imagem do fantoma de calibração de imagem estrutural ADNI (também conhecido como Magphan
EMR051).

mk_analyze_hdr
Faça o arquivo de cabeçalho de acordo com o formato Analzye 7.5 com base em parâmetros fornecidos pelo usuário para
geometria, tipo de dados, orientação, etc.

mk_nifti_hdr
Faça o arquivo de cabeçalho de acordo com o formato de arquivo NIFTI baseado em parâmetros fornecidos pelo usuário para
geometria, tipo de dados, orientação, etc.

mk_phantom_3d
Gere imagens fantasmas digitais 3D usando uma seleção de comandos de desenho

Mrbias
Este programa corrige artefatos de inomogeneidade de intensidade em imagens de RM usando um viés
campo estimado via minimização de entropia.

sobreposição
Calcule medidas de sobreposição entre duas ou mais imagens

sonda
Esta ferramenta imprime valores de pixel ou rótulos simbólicos em uma lista de imagens fornecidas pelo usuário
coordenadas.

pxsearch
Esta ferramenta lê um arquivo de imagem, bem como uma lista de coordenadas de pixel do padrão
entrada. Para cada pixel, uma vizinhança local na imagem é pesquisada para o
valor máximo. A localização do máximo é então gravada na saída padrão.

reformatar
Ferramenta de reformatação de volume estendido para calcular imagens reformatadas e mapas Jacobianos de
sequências arbitrárias de transformações concatenadas

inscrição
Este programa realiza o registro de imagens rígidas e afins usando multi-resolução
otimização de medidas de similaridade de imagem baseadas em voxel.

registrox
Este programa realiza o registro de imagens rígidas e afins usando multi-resolução
otimização de medidas de similaridade de imagem baseadas em voxel.

regredir
Regressão linear (e polinomial de ordem superior) de imagens e campos de deformação.

reorientar
Converta entre as orientações da imagem, ou seja, reordene fisicamente a matriz de pixels e adapte
informações de orientação anatômica armazenadas

sba Segmentações médias (campos de rótulo) usando a Transformada de Distância Euclidiana. Tudo
as imagens de entrada devem estar no mesmo espaço. EDT é calculado neste espaço também. Ver
http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 para obter detalhes do algoritmo subjacente.

sbai Segmentações médias (campos de rótulo) usando a Transformada de Distância Euclidiana. Esse
a ferramenta realiza interpolação de junta e cálculo da média interpolando a partir do EDT. Esse
requer que as entradas sejam transformações do mesmo fixo para (não necessariamente)
diferentes imagens em movimento. O cálculo do EDT é feito no espaço de cada imagem em movimento.
See http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 para detalhes do subjacente
algoritmo.

seqüência
Analisa a sequência de valores numéricos, que é lida da entrada padrão

semelhança
Calcule medidas de similaridade, como diferença de intensidade ou sobreposições de rótulos entre
duas imagens.

divisão
Divida a imagem do volume em sub-imagens, ou seja, para separar as imagens intercaladas em passagens

estatística
Cálculos estatísticos sobre as intensidades dos pixels da imagem, ou seja, médias e padrões
desvios

stream_pixels
Esta ferramenta lê uma ou mais imagens e grava todos os seus pixels na saída padrão em
forma binária. Opcionalmente, cada imagem pode ser reorientada para uma especificação anatômica
orientação e / ou convertido para um tipo de dados diferente. Isso é útil para tubulação
dados de imagem por meio de um pipeline, por exemplo, o kit de ferramentas Camino DTI.

streamxform
Uma lista em formato ASCII de coordenadas de ponto é lida a partir da entrada padrão e um usuário
a sequência fornecida de transformações de coordenadas (cada uma opcionalmente invertida) é aplicada
para eles. Os pontos transformados são então gravados na saída padrão.

simpl
Calcule o plano de simetria aproximado de uma imagem para determinar, por exemplo, o
plano sagital médio em imagens do cérebro humano. Várias formas de saída são suportadas,
por exemplo, escrever a imagem de entrada com o plano de simetria desenhado nela, ou a entrada
imagem realinhada ao longo do plano de simetria.

simplex
Calcule o plano de simetria aproximado de uma imagem para determinar, por exemplo, o
plano sagital médio em imagens do cérebro humano. Várias formas de saída são suportadas,
por exemplo, escrever a imagem de entrada com o plano de simetria desenhado nela, ou a entrada
imagem realinhada ao longo do plano de simetria.

teste
Testes Pixelwise de significância estatística. Calcule também correlações e pontuações z

não dividido
Junte pilhas de imagens separadas em um único volume de imagem intercalada

unwarp_image_phantom
Esta ferramenta calcula uma transformação polinomial ou B-spline de forma livre
deformação para desfazer a distorção de uma imagem. A transformação é baseada no esperado e detectado
pontos de referência em uma imagem de um fantoma estrutural adquirido no mesmo scanner. Use o
Ferramenta 'detect_adni_phantom' para detectar pontos de referência do Phantom ADNI em uma imagem e
gere um arquivo de descrição fantasma adequado para uso com esta ferramenta.

vol2csv
Esta ferramenta calcula os volumes de regiões em uma imagem de rótulo. Opcionalmente aceita
mapas de densidade (por exemplo, para tecidos diferentes) e calcula e imprime o por região
conteúdo para cada um. Além disso, a ferramenta pode aceitar um mapa opcional de 'volume de pixels' para a conta
para variações locais de volume de pixel, por exemplo, devido à distorção espacial.

volume_injeção
Reconstrução de um volume de alta resolução de vários co-registrados (baixa resolução)
imagens usando injeção de volume para a frente

volume_reconstrução
Reconstrução de volume iterativa a partir de imagens co-registradas usando interpolação inversa
ou remoção de manchas

vtkxform
Um arquivo VTK em formato ASCII é lido da entrada padrão e uma coordenada fornecida pelo usuário
a transformação (opcionalmente invertida) é aplicada às coordenadas do vértice. A VTK
o arquivo com pontos transformados é então gravado na saída padrão.

deformar Este programa executa o registro de imagens não rígidas usando a otimização de multi-resolução
de medidas de similaridade de imagem baseadas em voxel e um B-spline de multi-resolução
modelo de transformação.

warp2ps
Escreva o campo de deformação como grade deformada no formato PostScript para visualização e
ilustração

warpx
Este programa executa o registro de imagens não rígidas usando a otimização de multi-resolução
de medidas de similaridade de imagem baseadas em voxel e um B-spline de multi-resolução
modelo de transformação.

xform2dfield
Converta transformação paramétrica rígida ou não rígida em campo de deformação, amostrado em
localizações de pixel de uma determinada imagem de referência

xform2itk
Esta ferramenta converte as transformações de coordenadas do formato CMTK para o formato ITK e, em
o processo, também correto para diferenças nas convenções de coordenadas de imagem

xform2escalar
Esta ferramenta extrai medidas escalares de transformações e campos de deformação,
amostrado em locais de grade e grava os resultados em uma imagem. Exemplos de suporte
medidas escalares são: componente x, y, z da transformação, magnitude do
transformação e determinantes Jacobianos.

AUTORES

Torsten Rohlfing, com contribuições de Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff e Yaroslav Halchenko

Use cmtk online usando serviços onworks.net