cmtk-reformatx - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

reformatx - reformatador de volume

SINOPSE

reformatx [opções] --floating floatingImg target x0 [x1 ...]
OU reformatar [opções] destino [x0 x1 ...] {-j, - jacobian} xx0 [xx1 ...]
OU ONDE x0 ... xN e xx0 ... xxN é [{-i, - inverso}] transformação ##. (Se o primeiro
transformação na sequência é invertida, então '--inverse' deve ser precedido por '-',
ou seja, use '- --inverse xform.path').

DESCRIÇÃO

Ferramenta de reformatação de volume estendido para calcular imagens reformatadas e mapas Jacobianos de
sequências arbitrárias de transformações concatenadas

OPÇÕES

Global Kit de ferramentas Opções (estes e guarante que os mesmos estão compartilhado by todos os CMTK Ferramentas)
--Socorro
Grave uma lista de opções básicas de linha de comando na saída padrão.

--ajuda-tudo
Escreva uma lista completa de opções de linha de comando básicas e avançadas na saída padrão.

--wiki
Escreva uma lista de opções de linha de comando para a saída padrão na marcação MediaWiki.

--cara
Grave o código-fonte da página de manual na marcação 'nroff' para a saída padrão.

--versão
Grave a versão do kit de ferramentas na saída padrão.

--eco
Grave a linha de comando atual na saída padrão.

--nível detalhado
Defina o nível de verbosidade.

--verbose, -v
Aumentar o nível de detalhamento em 1 (obsoleto; com suporte para compatibilidade com versões anteriores).

--tópicos
Defina o número máximo de threads paralelos (para threads POSIX e OpenMP).

--tipo de saída
Tipo de dados escalar para a imagem de saída. Valores suportados: "char", "byte", "short",
"ushort", "int", "uint", "float", "double" ou use um dos seguintes:

--Caracteres
8 bits, assinado

--byte
8 bits, sem sinal

--baixo
16 bits, assinado

--horizontal
16 bits, sem sinal

--int
32 bits assinados

- uint
32 bits sem sinal

--flutuador
Ponto flutuante de 32 bits

--Duplo
Ponto flutuante de 64 bits

--pago , -P
Valor de preenchimento para imagem de saída [Predefinição: 0]

Opções para Avião Reformatando
--interpolação
Método de interpolação de imagens. Valores com suporte: "linear", "nn", "cúbico", "pv", "sinc-
cosseno "," sinc-hamming ", em que o padrão é" linear ", ou use um dos seguintes:

--linear
Interpolação trilinear [Este is que o predefinição]

--nn Interpolação do vizinho mais próximo

--cúbico
Interpolação tricúbica

--pv Interpolação de volume parcial

--sinc-coseno
Interpolação Sinc com janela de cosseno

--sinc-hamming
Interpolação Sinc com janela Hamming

--sinc-janela-raio
Raio da janela para interpolação Sinc [Predefinição: 3]

--preserve-massa
Reformatação com preservação de massa: multiplique cada valor reformatado pelo Jacobiano
determinante da transformação aplicada.

Opções para Jacobiano Mapa Reformatando
--jacobian-correto-global
Mapas Jacobianos corretos para escala global.

--no-jacobian-correto-global
Não corrija os mapas Jacobianos para a escala global. [Este is que o predefinição]

Entrada Opções
--target-grid
Defina a grade de destino para reformatar como Nx, Ny, Nz: dX, dY, dZ [: Ox, Oy, Oz]
(escurece: pixel: deslocamento)

--mascarar, -m
Use dados de pixel de destino como máscara binária.

--cortar
Cortar imagem alvo: x0, y0, z0, x1, y1, z2

--target-offset , -O
Substitua o deslocamento da imagem alvo e defina como x, y, z mm

--target-offset-pixels
Substitua o deslocamento da imagem alvo e defina como dx, dy, dz pixels

--flutuando , -F
Formato e caminho da imagem flutuante. [Predefinição: NENHUM]

--pad-flutuante
Valor de preenchimento para a imagem flutuante [Predefinição: Desativado]

saída Opções
--arquivo de saída , -o
Formato e caminho da imagem de saída. [Predefinição: reformatar.nii ]

Imagem / Transformação banco de dados
--db
Caminho para o banco de dados de imagem / transformação que deve ser atualizado com o recém-criado
imagem. [Predefinição: NENHUM]

AUTORES

Torsten Rohlfing, com contribuições de Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff e Yaroslav Halchenko

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