cmtk-registrationx - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

registrox - registro rígido e afim

SINOPSE

registrox Imagem de referência FloatingImage

DESCRIÇÃO

Este programa realiza o registro de imagens rígidas e afins usando multi-resolução
otimização de medidas de similaridade de imagem baseadas em voxel.

OPÇÕES

Global Kit de ferramentas Opções (estes e guarante que os mesmos estão compartilhado by todos os CMTK Ferramentas)
--Socorro
Grave uma lista de opções básicas de linha de comando na saída padrão.

--ajuda-tudo
Escreva uma lista completa de opções de linha de comando básicas e avançadas na saída padrão.

--wiki
Escreva uma lista de opções de linha de comando para a saída padrão na marcação MediaWiki.

--cara
Grave o código-fonte da página de manual na marcação 'nroff' para a saída padrão.

--xml
Escreva a especificação da sintaxe da linha de comando na marcação XML (para integração do Slicer).

--versão
Grave a versão do kit de ferramentas na saída padrão.

--eco
Grave a linha de comando atual na saída padrão.

--nível detalhado
Defina o nível de verbosidade.

--verbose, -v
Aumentar o nível de detalhamento em 1 (obsoleto; com suporte para compatibilidade com versões anteriores).

--tópicos
Defina o número máximo de threads paralelos (para threads POSIX e OpenMP).

Automação Opções
--auto-multi-níveis
Otimização automática e geração de parâmetros de resolução para níveis [Predefinição:
0]

Operacional Configurações
--max-stepsize
Tamanho máximo do passo do otimizador, que determina a exploração do espaço de busca. [Predefinição: 8]

--min-stepsize
Tamanho mínimo da etapa do otimizador, que determina a precisão. [Predefinição: 0.1]

--fator de passo
Fator para redução do tamanho da etapa de pesquisa. Deve ser> 0.0 e <1.0 [Predefinição: 0.5]

--delta-f-limiar
Limite opcional para encerrar a otimização (nível) se houver mudança relativa de destino
função cai abaixo deste valor. [Predefinição: 0]

Imagem resolução parâmetros
--amostragem , -s
Amostragem de imagem (melhor resolução de imagem reamostrada) [Predefinição: 1]

--mais grosseiro
Limite superior para amostragem de imagem na hierarquia de multiresolução [Predefinição: -1]

--omit-dados originais
Não use dados originais em resolução total, omita o estágio final em multiresolução
hierarquia, reduzindo assim o tempo de computação.

Transformação parâmetros
--dofs [, , ...]
Adicione o número de graus de liberdade. Pode ser 3 (tradução), 6 (rígido: tradução
e rotação), 7 (escala rígida mais escala global), 9 (escalas rígidas mais anisotrópicas), 12
(rígida mais escalas mais tesouras), 3003 (translação mais cisalhamento), 3033 (translação,
cisalhamento e escala) ou 3303 (rígido mais tesoura, mas sem escala). Esta opção pode ser
repetido, caso em que os DOFs são usados ​​para sucessivas execuções de otimização na ordem
que eles aparecem.

--dofs-final [, , ...]
Adicione o número de graus de liberdade apenas para o nível final [pode ser repetido]

--simétrico
Use o registro simétrico funcional para estimar simultaneamente o avanço e o inverso
transformação. Isso aumenta o tempo de ragistration substancialmente, mas produz um resultado
que é invariante sob a troca de imagens fixas e móveis. Também pode ser mais
robusto e / ou mais preciso do que o registro somente direto.

- restrito no plano
Restringir a transformação afim para estar no plano para planos perpendiculares a um determinado
eixo de coordenadas. Valores suportados: "xy", "xz", "yz", "none", onde o padrão é
"nenhum" ou use um dos seguintes:

--xy Transformação restrita ao plano para o plano 'xy' (perpendicular a z
eixo de coordenadas).

--xz Transformação restrita ao plano para o plano 'xz' (perpendicular a y
eixo de coordenadas).

--yz Transformação restrita ao plano para o plano 'yz' (perpendicular a x
eixo de coordenadas).

--Nenhum
A transformação afim completa 3D é calculada. [Este is que o predefinição]

--iniciar
Selecione o inicializador para a transformação afim. Valores suportados: "none", "fov",
"com", "pax", "físico", em que o padrão é "fov", ou use um dos seguintes:

--Nenhum
Use a transformação de entrada ou a transformação de identidade se nenhuma foi fornecida.

--fov
Alinhe os centros do campo de visão (ou regiões de corte) usando uma tradução. [Este is
que o predefinição]

--com
Alinhe centros de massa usando uma translação.

--pax
Alinhe imagens por rotação usando eixos principais e translação usando centros de
massa.

--fisica
Alinhe imagens por rotação usando vetores de direção armazenados nas imagens de entrada e
tradução usando origens de imagem.

--inicial
Inicializar a transformação a partir do caminho fornecido [Predefinição: NENHUM]

--inicial-é-inverso
Inverta a transformação inicial antes de inicializar o registro

Imagem dados,
--registration-métrica
Métrica de registro para estimativa de movimento por registro imagem a imagem. Suportado
valores: "nmi", "mi", "cr", "rms", "msd", "ncc", onde o padrão é "nmi", ou use
um dos seguintes:

--nmi
Métrica de informação mútua normalizada [Este is que o predefinição]

--mi Métrica de informações mútuas padrão

--cr Métrica de razão de correlação

--rms
Root of Mean Squaresa métrica (esta é a raiz quadrada de MSD)

--msd
Métrica de diferença média quadrática

--ncc
Métrica de correlação cruzada normalizada

Flutuante Imagem Interpolação Opções
--interpolação
Método de interpolação para amostragem de imagem flutuante: Valores suportados: "mais próximo-
vizinho "," linear "," cúbico "," cosseno-sinc "," volume parcial "," automático ", onde o
o padrão é "automático" ou use um dos seguintes:

--vizinho mais próximo
Interpolação do vizinho mais próximo (para dados de intensidade e rótulo)

--linear
Interpolação trilinear

--cúbico
Interpolação tricúbica

--cosseno-sinc
Interpolação sinc com janela de cosseno (mais precisa, mas mais lenta)

--volume parcial
Interpolação de volume parcial (para dados de rótulo)

--automático
Selecione a interpolação automaticamente com base no tipo de dados: linear para nível de cinza
dados, vizinho mais próximo para os dados do rótulo. [Este is que o predefinição]

--match-histogramas
Corresponda o histograma da imagem flutuante ao histograma da imagem de referência.

--force-fora-valor
Força os valores fora do campo de visão para este valor, em vez de eliminar o pixel incompleto
pares [Predefinição: Desativado]

Referência Imagem Pré-processando
--class-ref
Classe de dados: cinza (padrão) ou rótulo [Predefinição: NENHUM]

--pad-ref
Valor de preenchimento [Predefinição: Desativado]

--thresh-min-ref
Limite mínimo de truncamento de valor [Predefinição: Desativado]

--thresh-max-ref
Limite máximo de truncamento de valor [Predefinição: Desativado]

--prune-histograma-ref
Número de caixas para poda baseada em histograma [Predefinição: Desativado]

--histograma-equalização-ref
Aplicar equalização de histograma

--mediana-filtro-raio-ref
Aplicar filtro de mediana com determinado raio [Predefinição: 0]

--sobel-filtro-ref
Aplicar filtro de detecção de bordas Sobel

--crop-index-ref
Região de recorte em coordenadas de índice de pixel [analisado como% d,% d,% d,% d,% d,% d para
i0,j0,k0,i1,j1,k1] [Predefinição: NENHUM]

--crop-mundo-ref
Região de cultivo em coordenadas mundiais [analisada como% f,% f,% f,% f,% f,% f para
x0,y0,z0,x1,y1,z1] [Predefinição: NENHUM]

--crop-thresh-ref
Corte automático com base no limite [Predefinição: Desativado]

Flutuante Imagem Pré-processando
--class-flt
Classe de dados: cinza (padrão) ou rótulo [Predefinição: NENHUM]

--pad-flt
Valor de preenchimento [Predefinição: Desativado]

--thresh-min-flt
Limite mínimo de truncamento de valor [Predefinição: Desativado]

--thresh-max-flt
Limite máximo de truncamento de valor [Predefinição: Desativado]

--prune-histograma-flt
Número de caixas para poda baseada em histograma [Predefinição: Desativado]

--histograma-equalização-flt
Aplicar equalização de histograma

--mediana-filtro-raio-flt
Aplicar filtro de mediana com determinado raio [Predefinição: 0]

--sobel-filtro-flt
Aplicar filtro de detecção de bordas Sobel

--crop-index-flt
Região de recorte em coordenadas de índice de pixel [analisado como% d,% d,% d,% d,% d,% d para
i0,j0,k0,i1,j1,k1] [Predefinição: NENHUM]

--crop-mundo-flt
Região de cultivo em coordenadas mundiais [analisada como% f,% f,% f,% f,% f,% f para
x0,y0,z0,x1,y1,z1] [Predefinição: NENHUM]

--crop-thresh-flt
Corte automático com base no limite [Predefinição: Desativado]

saída parâmetros
--resultado , -o
Caminho de saída para a transformação final [Predefinição: NENHUM]

--write-matriz
Caminho de saída para a transformação final em formato de matriz [Predefinição: NENHUM]

--write-parâmetros
Caminho de saída para a transformação final em formato de lista de parâmetros simples [Predefinição: NENHUM]

--write-protocolo
Nome do arquivo de saída do protocolo de otimização [Predefinição: NENHUM]

- tempo de escrita
Nome do arquivo de saída de estatísticas de tempo de computação [Predefinição: NENHUM]

importação Resultados para dentro Fatiador
--write-itk
Caminho de saída para a transformação final no formato ITK [Predefinição: NENHUM]

--write-reformatado
Grava a imagem flutuante reformatada. [Predefinição: NENHUM]

Imagem / Transformação banco de dados
--db
Caminho para o banco de dados de imagem / transformação que deve ser atualizado com o novo
registro e / ou imagem reformatada. [Predefinição: NENHUM]

AUTORES

Torsten Rohlfing, com contribuições de Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff e Yaroslav Halchenko

Use cmtk-registrationx online usando serviços onworks.net