combineMUMs - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

mummer - pacote para alinhamento de sequência de múltiplos genomas

SINOPSE

anotar
combinar MUMs
dnadiff [opções]ou [opções]-d<deltaarquivo>
tandems exatos
lacunas
visão do mapa [opções]<coordenadasarquivo>[UTRcoordenadas][CDScoordenadas]
mgaps [-d][-f][-eu][-s]
mamãe [opções]
enredo mummer [opções]<correspondênciaarquivo>
Nucmer [opções]
nucmer2xfig
promotor [opções]
partida repetida [opções]
run-mummer1 <rápidoreferência><rápidoconsulta>[-r]
run-mummer3 <rápidoreferência><multi-fastaconsulta>
mostrar-alinha [opções]<refID><qryID>

A entrada é a saída .delta do programa "nucmer" ou "promer" passado no
linha de comando.

A saída é para stdout e consiste em todos os alinhamentos entre a consulta e a referência
sequências identificadas na linha de comando.

NOTA: Nenhuma classificação é feita por padrão, portanto, os alinhamentos serão ordenados como encontrados em
a entrada.
coordenadas de show [opções]
mostrar-snps [opções]
exibição de ladrilhos [opções]

DESCRIÇÃO

OPÇÕES

Todas as ferramentas (exceto para lacunas) obedecem às opções -h, --help, -V e --version como se fossem
Espero. Essa ajuda é excelente e torna essas páginas do manual basicamente obsoletas.
combinar MUMs Combina MUMs em estendendo partidas fora das pontas e entre MUMs.
é um arquivo fasta da sequência de referência. é um multi
arquivo fasta das sequências comparadas com a referência

-D Somente saída para padronizar as posições de diferença
e personagens
-n Permitir correspondências apenas entre nucleotídeos, ou seja, ACGTs
-N num Break partidas em ou mais não ACGTs consecutivos
-q tag Usada para rotular a correspondência de consulta
-r tag Usada para corresponder à referência do rótulo
-S Saída de todas as diferenças nas cordas
-t A consulta do rótulo corresponde ao cabeçalho da consulta fasta
-v num Define o nível detalhado para saída extra
-W arquivo Redefine o nome de arquivo de saída padrão witherrors.gaps
-x Não produz arquivos .cover
-e Defina o corte de taxa de erro para e (por exemplo, 0.02 é dois por cento)
dnadiff Execute uma análise comparativa de dois conjuntos de sequência usando nucmer e seus associados
utilitários com parâmetros recomendados. Consulte a documentação do MUMmer para obter mais detalhes
descrição da saída. Produz os seguintes arquivos de saída:

.report - Resumo de alinhamentos, diferenças e SNPs
.delta - Saída de alinhamento de nucmero padrão
.1delta - alinhamento 1 para 1 do filtro delta -1
.mdelta - Alinhamento M-para-M do filtro delta -m
.1coords - coordenadas 1 para 1 de show-coords -THrcl .1delta
.mcoords - Coordenadas M-para-M de show-coords -THrcl .mdelta
.snps - SNPs de show-snps -rlTHC .1delta
.rdiff - pontos de interrupção de referência classificados de show-diff -rH .mdelta
.qdiff - pontos de interrupção qry classificados de show-diff -qH .mdelta
.unref - IDs e comprimentos de referência não alinhados (se aplicável)
.unqry - IDs e comprimentos de consulta desalinhados (se aplicável)

OBRIGATÓRIO:
referência Define o nome de arquivo multi-FASTA de referência de entrada
consulta Define o nome de arquivo multi-FASTA da consulta de entrada
or
Arquivo delta Arquivo de alinhamento .delta não filtrado do nucmer

OPÇÕES:
-d | delta Fornece arquivo delta pré-computado para análise
-h
--help Exibe informações de ajuda e sai
-p | prefix Define o prefixo dos arquivos de saída (padrão "out")
-V
--version Exibe as informações da versão e sai

visão do mapa
-h
--help Exibe informações de ajuda e sai
-m | mag Defina a ampliação na qual a figura é renderizada,
esta é uma opção para fig2dev que é usado para gerar
os arquivos PDF e PS (padrão 1.0)
-n | num Define o número de arquivos de saída usados ​​para particionar o
saída, isso é para evitar a geração de arquivos que são muito
grande para exibir (padrão 10)
-p | prefix Define o prefixo do arquivo de saída
(padrão "PROMER_graph ou NUCMER_graph")
-v
--verbose Registro detalhado dos arquivos processados
-V
--version Exibe as informações da versão e sai
-x1 coord Define o limite de coordenada inferior da tela
-x2 coord Define o limite de coordenada superior da tela
-g | ref Se o arquivo de entrada for fornecido por 'mgaps', defina o
ID da sequência de referência (como aparece na primeira coluna
do arquivo de coords UTR / CDS)
-I Exibe o nome das sequências de consulta
-Ir Exibe o nome dos genes de referência
mamãe Encontre e envie (para saída padrão) as posições e o comprimento de todos os tamanhos suficientemente longos
correspondências máximas de uma substring em e

-mum calcula correspondências máximas que são únicas em ambas as sequências
-mumcand mesmo que -mumreference
-mumreference calcula correspondências máximas que são exclusivas em
a sequência de referência, mas não necessariamente na sequência de consulta
(Padrão)
-maxmatch calcula todas as correspondências máximas, independentemente de sua exclusividade
-n corresponde apenas aos caracteres a, c, g ou t
eles podem estar em letras maiúsculas ou minúsculas
-Defino o comprimento mínimo de uma partida
se não for definido, o valor padrão é 20
-b computa correspondências de complemento direto e reverso
-r apenas calcula correspondências de complemento reverso
-s mostra as substrings correspondentes
-c relata a posição da consulta de uma correspondência de complemento reverso
em relação à sequência de consulta original
-F força o formato de saída de 4 colunas, independentemente do número de
entradas de sequência de referência
-L mostra o comprimento das sequências de consulta na linha do cabeçalho
Nuncim
nucmer gera alinhamentos de nucleotídeos entre duas entradas mutli-FASTA
arquivos. Dois arquivos de saída são gerados. As listas de arquivos de saída .cluster
clusters de correspondências entre cada sequência. O arquivo .delta lista o
distância entre inserções e exclusões que produzem pontuação máxima
alinhamentos entre cada sequência.

OBRIGATÓRIO:
Referência Define o nome de arquivo multi-FASTA de referência de entrada
Consulta Define o nome de arquivo multi-FASTA da consulta de entrada

--mum Usa correspondências de âncora que são exclusivas em ambas as referências
e consulta
--mumcand O mesmo que --mumreference
--mumreference Usa correspondências de âncora que são exclusivas na referência
mas não necessariamente exclusivo na consulta (comportamento padrão)
--maxmatch Usa todas as correspondências de âncora, independentemente de sua exclusividade

-b | breaklen Definir a distância que uma extensão de alinhamento tentará
estender regiões de pontuação ruim antes de desistir (padrão 200)
-c | mincluster Define o comprimento mínimo de um cluster de correspondências (padrão 65)
- [no] delta Alterna a criação do arquivo delta (padrão --delta)
--depend Imprime as informações de dependência e sai
-d | diagfactor Define o fator de separação de diferença diagonal de agrupamento
(padrão 0.12)
- [no] extend Alterna a etapa de extensão do cluster (padrão --extend)
-f
--forward Use apenas a vertente direta das sequências de consulta
-g | maxgap Define a lacuna máxima entre duas correspondências adjacentes em um
cluster (padrão 90)
-h
--help Exibe informações de ajuda e sai
-l | minmatch Define o comprimento mínimo de uma única correspondência (padrão 20)
-o
--coords Gera automaticamente as coordenadas originais do NUCmer1.1
arquivo de saída usando o programa 'show-coords'
- [não] otimizar Alternar otimização de pontuação de alinhamento, ou seja, se um alinhamento
a extensão chega ao fim de uma sequência, ela irá retroceder
para otimizar a pontuação de alinhamento em vez de encerrar o
alinhamento no final da sequência (padrão --optimize)
-p | prefix Define o prefixo dos arquivos de saída (padrão "out")
-r
--reverse Usa apenas o complemento reverso das sequências de consulta
- [não] simplificar Simplificar alinhamentos removendo clusters sombreados. Vez
esta opção desligada se alinhar uma sequência a si mesma para olhar
para repetições (padrão - simplificar)

promotor
promer gera alinhamentos de aminoácidos entre duas entradas de DNA mutli-FASTA
arquivos. Dois arquivos de saída são gerados. As listas de arquivos de saída .cluster
clusters de correspondências entre cada sequência. O arquivo .delta lista o
distância entre inserções e exclusões que produzem pontuação máxima
alinhamentos entre cada sequência. A entrada do DNA é traduzida em todos os 6
ler quadros para gerar a saída, mas as coordenadas de saída
referencie a entrada de DNA original.

OBRIGATÓRIO:
Referência Define o arquivo multi-FASTA DNA de referência de entrada
Consulta Define o arquivo multi-FASTA DNA da consulta de entrada

--mum Usa correspondências de âncora que são exclusivas em ambas as referências
e consulta
--mumcand O mesmo que --mumreference
--mumreference Usa correspondências de âncora que são exclusivas na referência
mas não necessariamente exclusivo na consulta (comportamento padrão)
--maxmatch Usa todas as correspondências de âncora, independentemente de sua exclusividade

-b | breaklen Definir a distância que uma extensão de alinhamento tentará
estender regiões de pontuação ruim antes de desistir, medido em
aminoácidos (padrão 60)
-c | mincluster Define o comprimento mínimo de um cluster de correspondências, medido em
aminoácidos (padrão 20)
- [no] delta Alterna a criação do arquivo delta (padrão --delta)
--depend Imprime as informações de dependência e sai
-d | diagfactor Define o fator de separação de diferença diagonal de agrupamento
(padrão, 11)
- [no] extend Alterna a etapa de extensão do cluster (padrão --extend)
-g | maxgap Define a lacuna máxima entre duas correspondências adjacentes em um
cluster, medido em aminoácidos (padrão 30)
-l | minmatch Define o comprimento mínimo de uma única correspondência, medido em aminoácidos
ácidos (padrão 6)
-m | masklen Define o lenth de mascaramento máximo do bookend, medido em amino
ácidos (padrão 8)
-o
--coords Gera automaticamente o PROmer1.1 ".coords" original
arquivo de saída usando o programa "show-coords"
- [não] otimizar Alternar otimização de pontuação de alinhamento, ou seja, se um alinhamento
a extensão chega ao fim de uma sequência, ela irá retroceder
para otimizar a pontuação de alinhamento em vez de encerrar o
alinhamento no final da sequência (padrão --optimize)

-p | prefix Define o prefixo dos arquivos de saída (padrão "out")
-x | matriz Define o número da matriz de alinhamento para 1 [BLOSUM 45],
2 [BLOSUM 62] ou 3 [BLOSUM 80] (padrão 2)
partida repetida Encontre todas as correspondências exatas máximas em
-E Use a pesquisa exaustiva (lenta) para encontrar correspondências
-f Fio de avanço apenas, não usa complemento reverso
-n # Define o comprimento mínimo da correspondência exata para #
-t Apenas produz repetições em tandem
-V # Defina o nível de impressão detalhada (depuração) para #
mostrar-alinha
-h Exibir informações de ajuda
-q Classifica os alinhamentos pela coordenada de início da consulta
-r Classifica os alinhamentos pela coordenada inicial de referência
-w int Define a largura da tela - o padrão é 60
-x int Defina o tipo de matriz - o padrão é 2 (BLOSUM 62),
outras opções incluem 1 (BLOSUM 45) e 3 (BLOSUM 80)
nota: só tem efeito nos alinhamentos de aminoácidos
coordenadas de show
-b Mescla alinhamentos sobrepostos, independentemente do diretório de correspondência
ou frame e não exibe nenhuma informação de identidade.
-B Muda a saída para o formato btab
-c Inclui informações de porcentagem de cobertura na saída
-d Exibe a direção de alinhamento no adicional
Colunas FRM (padrão para promer)
-g Opção obsoleta. Use 'filtro delta' em vez disso
-h Exibir informações de ajuda
-H Não imprime o cabeçalho de saída
-Eu float Definir a porcentagem mínima de identidade para exibir
-k Knockout (não exibir) alinhamentos que se sobrepõem
outro alinhamento em um quadro diferente em mais de 50%
de seu comprimento E têm uma similaridade percentual menor
ou são menos de 75% do tamanho do outro alinhamento
(apenas promotor)
-l Inclui as informações de comprimento de sequência na saída
-L long Definir comprimento mínimo de alinhamento para exibir
-o Anota alinhamentos máximos entre duas sequências, ie
sobreposições entre as sequências de referência e consulta
-q Classifica as linhas de saída por IDs de consulta e coordenadas
-r Classifica as linhas de saída por IDs de referência e coordenadas
-T Muda a saída para o formato delimitado por tabulação

A entrada é a saída .delta do programa "nucmer" ou "promer" passado no
linha de comando.

A saída é para stdout e consiste em uma lista de coordenadas, porcentagem de identidade e outras
informações úteis sobre os dados de alinhamento contidos no arquivo .delta usado como
entrada.

NOTA: Nenhuma classificação é feita por padrão, portanto, os alinhamentos serão ordenados conforme encontrados
no entrada.
mostrar-snps
-C Não relatar SNPs de alinhamentos com um ambíguo
mapeamento, ou seja, apenas relatar SNPs onde o [R] e [Q]
colunas são iguais a 0 e não geram essas colunas
-h Exibir informações de ajuda
-H Não imprime o cabeçalho de saída
-Eu não relato indels
-l Inclui informações de comprimento de sequência na saída
-q Classifica as linhas de saída por IDs de consulta e posições SNP
-r Classifica as linhas de saída por IDs de referência e posições SNP
-S Especifique quais alinhamentos relatar passando
linhas 'show-coords' para stdin
-T Muda para o formato delimitado por tabulação
-x int Inclui x caracteres do contexto SNP circundante no
saída, padrão 0

A entrada é a saída .delta do programa nucmer ou promer transmitido no comando
linha.

A saída é para stdout e consiste em uma lista de SNPs (ou substituições de aminoácidos para
promotor) com posições e outras informações úteis. A saída será classificada com -r por padrão
e a coluna [BUFF] sempre se referirá à sequência cujas posições foram classificadas.
Este valor especifica a distância deste SNP para a incompatibilidade mais próxima (fim do alinhamento,
indel, SNP, etc) no mesmo alinhamento, enquanto a coluna [DIST] especifica a distância
deste SNP até o final da sequência mais próximo. SNPs para os quais as colunas [R] e [Q] são
maior que 0 deve ser avaliado com cuidado, pois essas colunas especificam o número de
outros alinhamentos que se sobrepõem a esta posição. Use -C para garantir que os SNPs sejam relatados apenas a partir de
regiões de alinhamento exclusivas.

exibição de ladrilhos
-a Descreva o caminho do ladrilho imprimindo o delimitado por tabulação
Coordenadas da região de alinhamento para saída padrão
-c Assume que as sequências de referência são circulares e permite
contigs lado a lado para abranger a origem
-g int Define a lacuna máxima entre alinhamentos agrupados [-1, INT_MAX]
Um valor de -1 representará infinito
(Número padrão = 1000)
(padrão do promer = -1)
-i float Define a porcentagem mínima de identidade para bloco [0.0, 100.0]
(Número padrão = 90.0)
(padrão do promer = 55.0)
-l int Define o comprimento mínimo contig para o relatório [-1, INT_MAX]
Um valor de -1 representará infinito
(padrão comum = 1)
-p arquivo Produz uma pseudo molécula dos contigs de consulta para 'arquivo'
-R Lidar com contigs repetitivos, colocando-os aleatoriamente
em um de seus locais de cópia (implica -V 0)
-t arquivo Produz uma lista contig de estilo TIGR de cada sequência de consulta
que corresponda suficientemente à referência (não circular)
-u arquivo Exibe as coordenadas da região de alinhamento delimitadas por tabulação
dos contigs inutilizáveis ​​para 'arquivo'
-v float Define a cobertura mínima de contig para lado a lado [0.0, 100.0]
(nucmer default = 95.0) soma dos alinhamentos individuais
(padrão do prometedor = 50.0) extensão da região sintênica
-V float Definir diferença de cobertura mínima de contig [0.0, 100.0]
ou seja, a diferença necessária para determinar um alinhamento
é 'melhor' do que outro alinhamento
(nucmer default = 10.0) soma dos alinhamentos individuais
(padrão do prometedor = 30.0) extensão da região sintênica
-x Descreve o caminho dos ladrilhos, imprimindo o contig XML
vinculando informações ao stdout

A entrada é a saída .delta do programa nucmer, executado em dados de sequência muito semelhantes, ou
a saída .delta do programa promer, executado em dados de sequência divergentes.

A saída é para stdout e consiste na localização prevista de cada consulta de alinhamento
contig conforme mapeado para as sequências de referência. Essas coordenadas fazem referência à extensão de
todo o contig da consulta, mesmo quando apenas uma certa porcentagem do contig foi realmente
alinhado (a menos que a opção -a seja usada). As colunas são, começar na ref, terminar na ref, distância para
próximo contig, comprimento deste contig, cobertura de alinhamento, identidade, orientação e ID
respectivamente.

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