convert_project - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

convert_project - converte tipos de arquivos de montagem e sequenciamento

DESCRIÇÃO

Este programa faz parte do pacote MIRA assembler. É usado para converter o arquivo do projeto
tipos em outros tipos. Por favor, verifique a documentação abaixo para mais detalhes
informações sobre convert_project.

SINOPSE

convert_project
[-f ] [-t [-t ...]] [-aChimMsuZ] [-AcflnNoqrtvxXyz
{...}] {infile} {outfile} [ ...]

OPÇÕES

-f
carregue este tipo de arquivos de projeto, onde fromtype é:

caf uma montagem completa ou sequências únicas do CAF

maf uma montagem completa ou sequências únicas do CAF

sequências fasta de um arquivo FASTA

sequências fastq de um arquivo FASTQ

sequências gbf de um arquivo GBF

sequências phd de um arquivo PHD

fofnexp
sequências em arquivos EXP a partir de arquivos de nomes de arquivos

-t
escrever as sequências / montagem para este tipo (várias menções de -t são autorizadas):

sequências ace ou montagem completa para ACE

sequências caf ou montagem completa para CAF

sequências maf ou montagem completa para MAF

montagem completa sam para SAM

samnbb como acima, mas deixando de fora a referência (backbones) nos conjuntos de mapeamento

sequências gbf ou consenso para GBF

consenso gff3 para GFF3

Informações de cobertura do conjunto da peruca para o arquivo wiggle

gcwig montagem gc informações de conteúdo para mexer no arquivo

sequências fasta ou consenso para arquivo FASTA (qualidades para

.qual)

sequências fastq ou consenso para arquivo FASTQ

sequências exp ou montagem completa para arquivos EXP em

diretórios. Conjuntos completos são adequados para importação gap4 como montagem direcionada.
Nota: usar caf2gap para importar para gap4 é recomendado embora

texto montagem completa para alinhamento de texto (somente quando -f is

caf, maf ou gbf)

conjunto completo de html para HTML (somente quando -f é caf, maf ou

gbf)

tcs montagem completa para tcs

hsnp ao redor de tags SNP (SROc, SAOc, SIOc) para HTML (somente quando -f é caf, maf ou
gbf)

análise asnp de tags SNP (apenas quando -f é caf, maf ou gbf)

arquivo de estatísticas cstats contig como do MIRA (somente quando a fonte contém contigs)

crlist contig arquivo de lista de leitura como do MIRA (somente quando a fonte contém contigs)

mascarado
lê onde o vetor de sequenciamento é mascarado (com X) para o arquivo FASTA (qualidades para
.qual)

sequências scaf ou montagem completa em sequências únicas CAF

-a Anexar aos arquivos de destino em vez de reescrever

-A
String com parâmetros MIRA a serem analisados ​​Útil ao definir parâmetros que afetam
consenso chamando como -CO: mrpg etc. Por exemplo: -a "454_SETTINGS -CO: mrpg = 3 "

-b Dados cegos Substitui todas as bases em leituras / contigs por um 'c'

-C Executar hard clip para leituras Ao ler formatos que definem pontos de recorte,

salve apenas a parte não cortada no arquivo de resultado.

Aplica-se apenas a arquivos / formatos que não contêm

contig.

-d Excluir colunas de lacuna apenas Quando a saída for contigs: exclua colunas que são

totalmente lacunas (como depois de ter excluído leituras durante a edição em gap4 ou similar)

Quando a saída é lida: exclua as lacunas nas leituras

-F Filtro para ler grupos Caso de uso especial, ainda não use.

-m Faça contigs (apenas para -t = caf ou maf) Encase leituras únicas como singlets contig em
o arquivo CAF / MAF.

-n
quando fornecido, seleciona apenas leituras ou contigs fornecidos pelo nome naquele arquivo.

-i quando -n é usado, inverte a seleção

-o Compensação de qualidade fastq (apenas para -f = 'fastq') Compensação de valores de qualidade em FASTQ
Arquivo. O padrão de 0 tenta reconhecer automaticamente.

-Q
Defina a qualidade padrão para bases em tipos de arquivo sem valores de qualidade Além disso, faça
não pare se os arquivos de qualidade esperada estiverem faltando (por exemplo, '.fasta')

-R
Renomear contigs / singlets / leituras com a string de nome fornecida para a qual um contador é
anexado. Bug conhecido: criará nomes duplicados se a entrada

contém contigs / singlets, bem como leituras livres, ou seja, leituras não em contigs nem
camisolas.

-S
(nome) Esquema para renomear leituras, importante para extremidades emparelhadas Apenas 'solexa' é
atualmente suportado.

O seguinte interruptores trabalho só quando entrada (CAF or MAF) contém contig.
Cuidado: CAF e MAf também podem conter apenas leituras.

-M Não extraia contigs (ou seu consenso), mas a sequência das leituras que eles são
composto de.

-N
como -n, mas classifica a saída de acordo com a ordem fornecida no arquivo.

-r [cCqf]
Recalcule os valores de consenso e / ou consenso de qualidade e / ou tags de recursos SNP.
'c' recalcular qualidades contras e contras (com IUPAC) 'C' recalcular qualidades contras e contras
(forçando não-IUPAC) 'q' recalc as qualidades de consenso apenas 'f' recalc os recursos SNP
Nota: apenas o último de cCq é relevante, f funciona como um

alternar e pode ser combinado com cQq (por exemplo, "-r C -r f ")

Nota: se o CAF / MAF contém várias cepas, recálculo de contras e contras
qualidades é forçado, você

pode apenas influenciar se os IUPACs são usados ​​ou não.

-s dividir a saída em vários arquivos em vez de criar um único arquivo

-u 'fillUp strain genomes' Preencha os buracos no genoma de uma linhagem (N ou @) com
sequência de um consenso de outras cepas Tem efeito apenas com -r e -t gbf ou
fasta / q em FASTA / Q: as bases preenchidas estão em minúsculas no GBF: as bases preenchidas são
em maiúsculas

-q
Define a qualidade mínima que uma base de consenso de uma cepa deve ter, bases de consenso
abaixo, será 'N' Padrão: 0 usado apenas com -r e -f é caf / maf e -t is
(rápido

ou gbf)

-v Imprimir o número da versão e sair

-x
Contig mínimo ou comprimento de leitura Ao carregar, descarte todos os contigs / leituras com um
comprimento menor que este valor. Padrão: 0 (= desligado) Nota: não se aplica a leituras
em contigs!

-X
Semelhante a -x mas se aplica apenas a leituras e depois ao comprimento recortado.

-y
Cobertura média mínima de contigs Ao carregar, descarte todos os contigs com uma média
cobertura inferior a este valor. Padrão: 1

-z
Número mínimo de leituras em contig Ao carregar, descartar todos os contigs com um número
de leituras menos do que este valor. Padrão: 0 (= desligado)

-l
na saída como texto ou HTML: número de bases mostrado em uma linha de alinhamento. Predefinição:
60.

-c
quando gerado como texto ou HTML: caractere usado para preencher lacunas nas extremidades. Padrão: '' (em branco)

Aliases: caf2html, exp2fasta, ... etc. Qualquer combinação de " 2 "
pode ser usado como nome de programa (também usando links) de modo que convert_project automaticamente
conjuntos -f e -t adequadamente.

EXEMPLOS

convert_project origem.maf destino.sam

convert_project source.caf dest.fasta peruca ace

convert_project -x 2000 -y 10 fonte.caf destino.caf

caf2html -l 100 -c. source.caf dest

Use convert_project online usando serviços onworks.net