Este é o comando CoverCount que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
CoverCount - contando a cobertura de leituras mapeadas em cada local em todo
genoma de referência
DESCRIÇÃO
CoverCount Versão 1.5.0-p1
Este programa calcula a cobertura de leituras mapeadas em cada local em
o genoma de referência. Ele gera um arquivo binário para cada cromossomo concatenando o
níveis de cobertura como números inteiros de 4 bytes.
Uso
CoverCount [opções] -i -o
Argumentos necessários:
-i
Nome do arquivo de entrada no formato SAM ou BAM.
-o
Prefixo dos arquivos de saída. Cada arquivo de saída contém números inteiros de quatro bytes
Argumentos opcionais:
--maxMOp Número máximo de operações 'M' permitidas em uma string CIGAR.
10 por padrão. Ambos 'X' e '=' são tratados como 'M' e as operações adjacentes 'M' são
fundido na string CIGAR.
CoverCount Versão 1.5.0-p1
Este programa calcula a cobertura de leituras mapeadas em cada local em
o genoma de referência. Ele gera um arquivo binário para cada cromossomo concatenando o
níveis de cobertura como números inteiros de 4 bytes.
Uso
CoverCount [opções] -i -o
Argumentos necessários:
-i
Nome do arquivo de entrada no formato SAM ou BAM.
-o
Prefixo dos arquivos de saída. Cada arquivo de saída contém números inteiros de quatro bytes
Argumentos opcionais:
--maxMOp Número máximo de operações 'M' permitidas em uma string CIGAR.
10 por padrão. Ambos 'X' e '=' são tratados como 'M' e as operações adjacentes 'M' são
fundido na string CIGAR.
Use CoverCount online usando serviços onworks.net
