efetch - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

efetch - recupera entradas de bancos de dados de seqüência.

SINOPSE

buscar -opções [base de dados:]

DESCRIÇÃO

No final dos anos 90, o efetch era uma ferramenta muito popular para recuperar entradas do
a sequência de bioinformática pública mais comum e bancos de dados de motivos.

BASES DE DADOS

SWissprot / SP, PIR, WOrmpep / WP, EMbl, GEnbank / GB, ProDom, ProSite

OPÇÕES:

-a Pesquisa com número de adesão

-f Saída de formato Fasta

-q Saída apenas de sequência (uma linha)

-s <#> Comece na posição #

-e <#> Pare na posição #

-o Mais opções e informações ...

-D Especifique o diretório do banco de dados

-H Exibir dados do cabeçalho do índice

-p Exibir nomes de entrada no caminho de pesquisa

-r Sequência de impressão em formato 'bruto'

-m Buscar em um minibanco de dados misto

-M Saída de miniformato

-b NÃO inverta a ordem dos bytes (SunOS, IRIX invertem, Alpha não)

-d Especifique o arquivo de banco de dados (evite isso)

-i Especifique o arquivo de índice (evite isso)

-l Especifique a tabela de consulta de divisão (evite isso)

-B Especifique o banco de dados (arcaico)

-A Retorne apenas o nome de entrada para o número de acesso

-n Dê à sequência este nome

-x Não exija que a consulta corresponda exatamente ao nome da entrada (evite)

-w Para Wormpep: busque também a entrada SwissProt de referência cruzada

-h mostra este texto de ajuda

MEIO AMBIENTE

SWDIR = diretório SwissProt - banco de dados e arquivos de índice EMBL PIRDIR = PIR
-- " -- WORMDIR = Wormpep -- " -- EMBLDIR = EMBL -- " -- GBDIR =
Genbank -- " -- PRODOMDIR = ProDom -- " -- PROSITEDIR = ProSite -- " -- DBDIR
= Próprio do usuário -- " -- (formato fasta)

Arquivo de banco de dados SEQDB (padrão SwissProt)

Tabela de consulta de divisão DIVTABL do arquivo de índice SEQDBIDX

Ex. setenv DBDIR / pubseq / seqlibs / embl /

Observe que os seqs de consenso da família Prodom podem ser obtidos por PD: _ #

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