emmae - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

emma - Alinhamento de sequência múltipla (wrapper ClustalW)

SINOPSE

emma -seqüência sequência [-somente dend alternancia] -dend alternancia -dendfile no arquivo [-lento alternancia]
-pwmatriz Lista -pwdnamatriz Lista -matriz do usuário variável -pairwisedatafile no arquivo
-matriz Lista -usermatrix variável -dnamatriz Lista -umamatriz variável
-mamatrixfile no arquivo -pwgapopen flutuar -pwgapextend flutuar -ktup número inteiro -gapw número inteiro
-topdiags número inteiro -janela número inteiro -no por cento booleano [-gapopen flutuar]
[-gapextend flutuar] [-endgaps booleano] [-gapdist número inteiro] -norgap booleano
-hgapres corda -nohgap booleano [-maxdiv número inteiro] -outseq seqoutset
-dendooutfile arquivo de saída

emma -Socorro

DESCRIÇÃO

emma é um programa de linha de comando da EMBOSS (“the European Molecular Biology Open Software
Suíte"). Faz parte do (s) grupo (s) de comando "Alinhamento: Vários".

OPÇÕES

Entrada seção
-seqüência sequência

-somente dend alternancia
Valor padrão: N

-dend alternancia
Valor padrão: N

-dendfile no arquivo

-lento alternancia
A distância é calculada entre cada par de sequências e estas são usadas para
construir o dendrograma que orienta o alinhamento múltiplo final. As pontuações são
calculado a partir de alinhamentos de pares separados. Eles podem ser calculados usando 2 métodos:
programação dinâmica (lenta mas precisa) ou pelo método de Wilbur e Lipman
(extremamente rápido, mas aproximado). O método lento e preciso é bom para sequências curtas
mas será MUITO LENTO para muitas sequências longas (por exemplo,> 100) (por exemplo,> 1000 resíduos).
Valor padrão: Y

Emparelhados alinhar opções
-pwmatriz Lista
A tabela de pontuação que descreve a semelhança de cada aminoácido entre si.
Existem três séries 'embutidas' de matrizes de peso oferecidas. Cada um consiste em vários
matrizes que funcionam de maneira diferente em diferentes distâncias evolutivas. Para ver o exato
detalhes, leia a documentação. De maneira grosseira, armazenamos várias matrizes na memória,
abrangendo toda a gama de distâncias de aminoácidos (de sequências quase idênticas a
altamente divergentes). Para sequências muito semelhantes, é melhor usar um peso estrito
matriz que só dá uma pontuação alta às identidades e ao conservador mais favorecido
substituições. Para sequências mais divergentes, é apropriado usar 'mais suave'
matrizes que atribuem uma pontuação elevada a muitas outras substituições frequentes. 1) BLOSUM
(Henikoff). Essas matrizes parecem ser as melhores disponíveis para a realização de banco de dados
similaridade (pesquisas de homologia). As matrizes utilizadas são: Blosum80, 62, 45 e 30. 2) PAM
(Dayhoff). Estes têm sido amplamente usados ​​desde o final dos anos 70. Usamos o PAM
120, 160, 250 e 350 matrizes. 3) GONNET. Essas matrizes foram derivadas usando quase
o mesmo procedimento do Dayhoff (acima), mas estão muito mais atualizados e são
com base em um conjunto de dados muito maior. Eles parecem ser mais sensíveis do que o Dayhoff
Series. Usamos as matrizes GONNET 40, 80, 120, 160, 250 e 350. Nós também fornecemos um
matriz de identidade que dá uma pontuação de 1.0 a dois aminoácidos idênticos e uma pontuação de
zero caso contrário. Esta matriz não é muito útil. Valor padrão: b

-pwdnamatriz Lista
A tabela de pontuação que descreve as pontuações atribuídas a correspondências e incompatibilidades
(incluindo códigos de ambigüidade IUB). Valor padrão: i

-matriz do usuário variável

-pairwisedatafile no arquivo

Matriz opções
-matriz Lista
Isso fornece um menu onde é oferecida uma escolha de matrizes de peso. O padrão para
proteínas é a série PAM derivada de Gonnet e colegas. Nota, uma série é usada!
A matriz real que é usada depende de quão semelhantes as sequências a serem alinhadas
esta etapa de alinhamento são. Diferentes matrizes funcionam de maneira diferente em cada evolução
distância. Existem três séries 'embutidas' de matrizes de peso oferecidas. Cada um consiste
de várias matrizes que funcionam de forma diferente em diferentes distâncias evolutivas. Ver
os detalhes exatos, leia a documentação. De maneira grosseira, armazenamos várias matrizes em
memória, abrangendo toda a gama de distâncias de aminoácidos (de quase idêntico
sequências altamente divergentes). Para sequências muito semelhantes, é melhor usar um
matriz de peso estrita que só dá uma pontuação alta às identidades e aos mais favorecidos
substituições conservativas. Para sequências mais divergentes, é apropriado usar
matrizes 'mais suaves' que dão uma pontuação alta a muitas outras substituições frequentes. 1)
BLOSUM (Henikoff). Essas matrizes parecem ser as melhores disponíveis para a realização
semelhança da base de dados (pesquisas de homologia). As matrizes utilizadas são: Blosum80, 62, 45 e
30. 2) PAM (Dayhoff). Estes têm sido amplamente usados ​​desde o final dos anos 70. Nós
use as matrizes PAM 120, 160, 250 e 350. 3) GONNET. Essas matrizes foram derivadas
usando quase o mesmo procedimento do Dayhoff (acima), mas estão muito mais até
data e são baseados em um conjunto de dados muito maior. Eles parecem ser mais sensíveis do que o
Série Dayhoff. Usamos as matrizes GONNET 40, 80, 120, 160, 250 e 350. Nós também
fornecer uma matriz de identidade que dá uma pontuação de 1.0 a dois aminoácidos idênticos e
caso contrário, uma pontuação de zero. Esta matriz não é muito útil. Alternativamente, você pode ler
em seu próprio (apenas uma matriz, não uma série). Valor padrão: b

-usermatrix variável

-dnamatriz Lista
Isso fornece um menu onde uma única matriz (não uma série) pode ser selecionada. Valor padrão:
i

-umamatriz variável

-mamatrixfile no arquivo

Adicional seção
Devagar alinhar opções
-pwgapopen flutuar
A penalidade por abrir uma lacuna nos alinhamentos de pares. Valor padrão: 10.0

-pwgapextend flutuar
A penalidade por estender uma lacuna em 1 resíduo nos alinhamentos aos pares. Predefinição
valor: 0.1

pomposidade alinhar opções
-ktup número inteiro
Este é o tamanho do fragmento exatamente correspondente que é usado. AUMENTO para velocidade (máx = 2
para proteínas; 4 para DNA), DIMINUI para sensibilidade. Para sequências mais longas (por exemplo,> 1000
resíduos) pode ser necessário aumentar o padrão. Valor padrão: @ ($ (acdprotein)? 1: 2)

-gapw número inteiro
Esta é uma penalidade para cada lacuna nos alinhamentos rápidos. Tem pouco efeito no
velocidade ou sensibilidade, exceto para valores extremos. Valor padrão: @ ($ (acdprotein)? 3: 5)

-topdiags número inteiro
O número de combinações de k-tupla em cada diagonal (em um gráfico de matriz de ponto imaginário) é
calculado. Apenas os melhores (com a maioria das correspondências) são usados ​​no alinhamento. Esse
parâmetro especifica quantos. Diminuir para velocidade; aumentar a sensibilidade. Predefinição
valor: @ ($ (acdprotein)? 5: 4)

-janela número inteiro
Este é o número de diagonais em torno de cada uma das 'melhores' diagonais que serão usadas.
Diminuir para velocidade; aumentar a sensibilidade. Valor padrão: @ ($ (acdprotein)? 5: 4)

-no por cento booleano
Valor padrão: N

lacuna opções
-gapopen flutuar
A penalidade por abrir uma lacuna no alinhamento. Aumentando a penalidade de abertura de gap
tornará as lacunas menos frequentes. Valor padrão: 10.0

-gapextend flutuar
A penalidade por estender uma lacuna em 1 resíduo. Aumentando a penalidade de extensão da lacuna
irá diminuir as lacunas. Os gaps terminais não são penalizados. Valor padrão: 5.0

-endgaps booleano
Separação da lacuna final: trata as lacunas finais apenas como lacunas internas para fins de
evitando lacunas muito próximas (definido pela 'distância de separação da lacuna'). Se você ligar isso
off, as lacunas finais serão ignoradas para este propósito. Isso é útil quando você deseja alinhar
fragmentos onde as lacunas finais não são biologicamente significativas. Valor padrão: Y

-gapdist número inteiro
Distância de separação de lacunas: tenta diminuir as chances de lacunas estarem muito perto de cada uma
de outros. Lacunas menores que essa distância são penalizadas mais do que outras lacunas.
Isso não evita lacunas fechadas; torna-os menos frequentes, promovendo um tipo de bloco
aparência do alinhamento. Valor padrão: 8

-norgap booleano
Penalidades específicas de resíduos: penalidades de lacunas específicas de aminoácidos que reduzem ou aumentam
as penalidades de abertura de lacuna em cada posição no alinhamento ou sequência. Como um
exemplo, as posições que são ricas em glicina são mais propensas a ter uma lacuna adjacente
do que posições ricas em valina. Valor padrão: N

-hgapres corda
Este é um conjunto de resíduos 'considerados' como hidrofílicos. É usado quando
introdução de penalidades de gap hidrofílico. Valor padrão: GPSNDQEKR

-nohgap booleano
Penalidades por gap hidrofílico: usado para aumentar as chances de um gap dentro de uma corrida (5 ou
mais resíduos) de aminoácidos hidrofílicos; estes são provavelmente loop ou bobina aleatória
regiões onde as lacunas são mais comuns. Os resíduos que são "considerados" como
hidrofílicos são definidos por '-hgapres'. Valor padrão: N

-maxdiv número inteiro
Essa mudança atrasa o alinhamento das sequências relacionadas mais distantemente até depois
as sequências mais estreitamente relacionadas foram alinhadas. A configuração mostra a porcentagem
nível de identidade necessário para atrasar a adição de uma sequência; sequências que são menos
idêntico a este nível para qualquer outra sequência será alinhado mais tarde. Valor padrão:
30

saída seção
-outseq seqoutset

-dendooutfile arquivo de saída

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