Este é o comando exonerate-server que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
exonerate-server - um servidor de comparação de sequência para exonerate
SINOPSE
exonerar servidor [ opções ] <índice caminho>
DESCRIÇÃO
exonerar servidor é um servidor multithread para o programa de alinhamento de seqüência de exoneração.
Ele usa um conjunto de sequências e um arquivo de índice correspondente para permitir a rapidez de grandes conjuntos de dados.
VISÃO GERAL
Em primeiro lugar, um .esd o arquivo deve ser feito a partir dos arquivos de sequência. o .esd arquivo é um Exonerar
Arquivo de conjunto de dados de sequência e pode ser usado para agrupar qualquer conjunto de sequências em que cada
sequências contendo identificadores únicos. Isso é feito usando o fasta2esd utilidade.
fasta2esd genoma.fasta genoma.esd
Em seguida, um .esi meu arquivo pode ser feito a partir do .esd Arquivo. o .esi arquivo é uma sequência Exonerar
Arquivo de índice e contém um índice ou conjunto de índices correspondentes a um conjunto de dados específico.
Isso é feito usando o esd2esi utilidade.
esd2esi genoma.esd genoma.esi
Uma vez que o .esi arquivo foi gerado, o exonerate-server pode ser iniciado.
exonerar servidor genoma.esi
Enquanto o servidor está em execução, exonerar pode ser usado para consultar o servidor, substituindo o
sequências de destino na linha de comando com o nome do servidor e o número da porta. o
o número da porta padrão para o exonerate-server é 12886.
exonerar consulta.fasta localhost: 12886
OPÇÕES
Algumas das opções de linha de comando para o exonerate-server são as mesmas que para o
exonera o cliente, e estes são documentados na página do manual para exonere. A
outras opções que são específicas para exonerar servidor estão documentados aqui.
--porta
Especifique a porta na qual o servidor deve escutar. Por padrão, exonerar servidor
irá escutar na porta 12886, mas portas alternativas podem ser especificadas com esta opção.
--entrada <índice arquivo>
Especifique o arquivo de índice a ser usado quando o servidor for iniciado. Esta opção é
obrigatório. O arquivo de índice é um .esi arquivo gerado pelo esd2esi utilidade.
--pré-carregar
Por padrão, os índices contidos no .esi arquivo, e as sequências referenciadas em
o correspondente .esd os arquivos são carregados na memória quando o servidor é iniciado.
Isso é necessário para alcançar um desempenho rápido que, de outra forma, seria prejudicado por
acessos de disco frequentes. Esta opção permite que o índice e a sequência de pré-carregamento sejam
desligado, o que permite que o servidor rode muito mais lentamente, mas com mais rapidez
inicialização e uma pegada de memória menor. Não é aconselhável desligar o pré-carregamento
a menos que esteja testando ou depurando o servidor.
--maxconnections
O servidor é multithread. Esta opção define o número de processos do cliente que
têm permissão para se conectar ao servidor simultaneamente. Para um bom desempenho,
não deve ser definido para mais do que o número de CPUs na máquina na qual o
o servidor está em execução.
--verbosidade
Defina o nível de detalhamento do servidor. Se for zero, o servidor ficará em silêncio,
e quanto maior o número, mais mensagens são relatadas pelo servidor sobre o que
está acontecendo.
INTERFACE
Esta seção documenta a interface de comunicação entre
o cliente e o servidor. A interface é documentada para pessoas que desejam escrever
seu próprio servidor personalizado para sentar atrás de exonerar - para o uso normal de exonerar, ele
não é necessário saber disso.
A interface funciona com o cliente enviando linhas de comando simples e o servidor enviando
linhas de resposta simples em um soquete. Todos os comandos e respostas são linhas simples de ASCII
texto, por isso é possível usar telnet como um cliente para testar um servidor.
Qualquer comando é uma única linha de texto, mas uma resposta pode conter muitas linhas de texto. o
as respostas são na forma de :
Qualquer resposta pode incluir linhas com a tag Atenção: or erro: Este Atenção: e erro: Tag
são ecoados pelo cliente, e o cliente sairá após receber qualquer erro: resposta.
Quando o servidor está retornando uma resposta multilinha, a primeira linha deve mostrar o número de
linhas em toda a resposta como: contagem de linha: Para exemplos, veja as respostas do ter
hsps comandos na sessão de exemplo abaixo.
O cliente só abrirá uma única conexão com qualquer servidor, embora um multithreaded
O servidor é obviamente necessário para permitir que vários clientes se conectem simultaneamente.
comandos e responde usava in para que o interface.
Comando: versão
Responder: versão
Comando: saída
Responder: (sem resposta - o servidor fecha a conexão)
Comando: banco de dados
Responder: dbinfo:
A banco de dados comando retorna informações sobre o banco de dados carregado no servidor.
Os campos retornados são:
ou DNA ou proteína
com máscara suave ou sem máscara
o número de sequências no banco de dados
o comprimento da sequência mais longa no banco de dados
o comprimento total de todas as sequências no banco de dados
Comando: pesquisa
Responder: lookup:
O comando lookup é usado para mapear um identificador externo para um interno
identificador.
Comando: ter info
Responder: seqinfo: [ ]
O comando get info retorna informações sobre uma sequência no banco de dados. o
os campos retornados são:
o comprimento da sequência
uma soma de verificação de formato gcg (veja abaixo)
o id externo (por exemplo, do cabeçalho fasta)
uma linha de descrição para a sequência (também do fasta
cabeçalho), este campo é opcional e pode ser omitido.
Comando: ter seq
Responder: seq:
O comando get seq retorna uma sequência inteira em uma linha.
Comando: ter subseqüente
Responder: subseq:
O comando get subseq retorna parte de uma sequência. O início da sequência é
posição zero. por exemplo. get subseq 0 0 10 retornará as primeiras 10 bases do
primeira seqüência no banco de dados.
Comando: conjunto pergunta
Responder: ok:
O comando seq query é usado para enviar uma sequência de consulta ao servidor. Isto
retorna o comprimento da sequência e uma soma de verificação gcg
Comando: recomp
Responder: ok: vertente
O comando revcomp query faz com que o servidor complemente a consulta. Esse
é economizar a largura de banda de enviar a consulta duas vezes.
O comando revcomp target é dizer ao servidor para tratar o banco de dados como seu
complemento reverso. O cliente só envia este comando ao pesquisar um
banco de dados traduzido, portanto, não precisa ser implementado para a maioria dos tipos de pesquisa.
Comando: conjunto param
Responder: ok:
O comando set parameter envia parâmetros da linha de comando exonerar para
o servidor. Todos esses comandos podem ser ignorados pelo cliente por um
implementação, mas não pode ser ignorada para um desempenho ideal.
Comando: ter hsps
Responder: hspset: { }
Ou: hspset: vazio
O comando get hsps é o principal comando para obter conjuntos de hsps. O servidor
pode retornar vários hspsets. Os campos retornados são:
A id interna da sequência de destino para esses conjuntos HSP.
A posição inicial da consulta hsp
A posição inicial do alvo hsp
O comprimento hsp
Os últimos três campos representam um HSP e podem ser repetidos muitas vezes em um
hspset: linha de resposta.
A simples exemplo cliente servidor diálogo.
%telnet localhost 12886
Tentando 127.0.0.1 ...
Conectado a localhost.localdomain.
O caractere de escape é '^]'.
% versão
versão: exonerate-server 2.0.0
%dbinfo
dbinfo: dna softmasked 100000 1701 38113579
% de pesquisa AA159529.1
pesquisa: 88065
% obter informações 88065
seqinfo: 62 2028 AA159529.1 zo72g05.s1 Stratagene pancreas (# 937208) Homo sapiens cDNA
% obter seq 88065
seq: NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
% obter subseq 88065 10 20
subseqüente: TTTTCTGCTGNATCCTCTTC
% definir consulta NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
certo: 62 2028
% obtém hsp
contagem de linha: 15
hspset: 12423 1 349 41
hspset: 44900 1 356 47
hspset: 61781 1 358 41 36 392 26
hspset: 70065 1 349 41 36 383 26
hspset: 88065 1 1 61
hspset: 91032 1 357 41 36 391 26
hspset: 91442 1 350 41 36 384 26
hspset: 92971 1 348 41 36 382 26
hspset: 94311 1 375 41
hspset: 95381 1 346 41 36 380 26
hspset: 96808 10 385 32 36 410 26
hspset: 88449 18 11 22
hspset: 91036 6 6 56
hspset: 93736 36 400 26
% revcomp consulta
ok: consulta vertente revcomp
% obtém hsp
contagem de linha: 6
hspset: 12564 0 64 26 20 83 41
hspset: 61780 0 266 61
hspset: 29148 0 116 61
hspset: 25849 15 445 22
hspset: 93938 26 265 34
% saída
Conexão fechada por host estrangeiro.
MEIO AMBIENTE
Ainda não documentado.
EXEMPLOS
1. Exemplo de criação de um índice traduzido e execução de uma pesquisa rápida de protein2genome usando
exonerar servidor
fasta2esd human.genomic.fasta human.genomic.esd esd2esi --translate sim human.genomic.esd
humano.genômico.trans.esi exonerar servidor --porta 1234 human.genomic.trans.esi exonerar
pep.fasta localhost: 1234 --model p2g --seedrepeat 3 --geneseed 250
VERSÃO
Esta documentação acompanha a versão 2.2.0 do pacote exonerate.
Use exonerate-server online usando serviços onworks.net
