Este é o comando fasta2frag que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
fasta2frag - splits a solteiro rápido seqüência para dentro vários sobreposição fragmentos.
DESCRIÇÃO
Este programa faz parte do pacote MIRA assembler. O objetivo do fasta2frag é
fragmentos de sequências em subseqüências menores e sobrepostas. Pode ser usado para simular
sequências de espingarda. Ele pode criar subsequências em ambas as direções (/ padrão) e também
sequências emparelhadas. Por favor, verifique a documentação abaixo para mais detalhes
informações sobre fasta2frag.
SINOPSE
fasta2frag no arquivo arquivo de saída
OPÇÕES
-l int Comprimento dos fragmentos (padrão = 3000)
-i Incremento int do local de início do fragmento (padrão = 2500)
-p int Extremidade emparelhada (padrão = 0 desativado, 1 ativado)
-P int No modo final emparelhado, inverta uma das leituras (0 está desativado, o padrão = 1 está ativado)
-s sequenciamento Strobe int (padrão = 0 desativado, 1 ativado)
-q int Qualidade padrão quando não há dados de qualidade presentes (padrão = 30)
-r int Reverter cada enésimo fragmento (padrão = 2)
-c int Circular os fragmentos de modo que formem um anel
(padrão = 0 está desligado, 1 estaria ligado)
-qualdivisor
int Divide os valores de qualidade por este (padrão = 1)
-minqual
int Mas dê a ele pelo menos este qual (padrão = 0)
-inserir_tamanho
int emparelhado final: inserir tamanho (padrão = 3000)
-inserir_stdev int
extremidade emparelhada: dev padrão (padrão = 900) isso não está funcionando no momento
-pareado corda
esquema de nomenclatura para emparelhados: sanger, 454 (padrão) ou solexa
-minuto
int min. número de mutações / seq. erros (def = 0)
-maxmut
int max. número de mutações / seq. erros (def = 0)
- estroboscópio
número interno de bases lidas durante o strobe em
-estroboscópio
número interno de bases durante o desligamento do strobe
-startoffset
início interno na posição de deslocamento
-sufixo de nome
nome do sufixo da string com string
Use fasta2frag online usando serviços onworks.net
