feature_drawp - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

feature_draw.pl - Renderize um arquivo de recurso Bio :: Graphics

SINOPSE

feature_draw.pl [options] file.txt [file2.txt ...]> rendering.png
feature_draw.pl [options] file.txt [file2.txt ...] | exibição -

DESCRIÇÃO

O script feature_draw.pl é uma interface fina em torno do módulo Bio :: Graphics. Isto
aceita uma lista de arquivos contendo coordenadas de recurso de sequência (proteína, nucleotídeo) de
os arquivos listados na linha de comando ou na entrada padrão, os renderiza e produz um
Arquivo PNG na saída padrão.

Opções
Este script usa opções longas no estilo GNU. Isso permite que você especifique a largura da imagem
opção, por exemplo, com qualquer uma das seguintes formas alternativas:

--width = 800
--largura 800
-largura 800
-w 800

--largura
Isso define a largura da imagem, em pixels. O padrão é 800 pixels.

--faixa
Isso define o intervalo da região exibida, em pares de bases do início ao fim. Qualquer um de
os seguintes formatos são aceitos:

--intervalo 1..1000
- faixa de 1,1000
--intervalo 1-1000

Intervalos negativos são permitidos.

Característica Arquivos Formato

Este script aceita e processa anotações de sequência em um formato simples delimitado por tabulação ou
no formato GFF.

O formato de arquivo do recurso possui uma seção de configuração e uma seção de dados. A configuração
seção configura o tamanho e as propriedades gerais da imagem, e a seção de dados fornece
os próprios dados do recurso.

Configuração Seção
Se não for fornecido, este script gera uma seção de configuração padrão razoável para
você, então você não precisa fornecer uma seção de configuração para obter uma imagem razoável.
No entanto, para ajustar a aparência da imagem, você provavelmente desejará ajustar o
configuração. Aqui está um trecho da seção de configuração:

# arquivo de exemplo
[geral]
bases = -1000..21000
altura = 12

[HUSA]
glifo = segmentos
bgcolor = amarelo
conector = tracejado
altura = 5

[FGENES]
glifo = transcrito2
bgcolor = verde
descrição = 1

A seção de configuração é dividida em um conjunto de seções, cada uma rotulada com um
[Título da seção]. A seção [geral] especifica opções globais para a imagem inteira.
Outras seções se aplicam a determinados tipos de recursos. No exemplo acima, a configuração
na seção [EST] se aplica a recursos rotulados como ESTs, enquanto a configuração no
A seção [FGENES] se aplica a recursos rotulados como previsões do gene FGENES
programa de previsão.

Dentro de cada seção há uma série de pares nome = valor, onde o nome é o nome de um
opção para definir. Você pode colocar um espaço em branco ao redor do sinal = para torná-lo mais legível, ou mesmo
use dois pontos (:) se preferir. Os seguintes nomes de opções são reconhecidos:

Exemplo de valor de opção
------ ----- -------

bases mínimas e máximas do intervalo de sequência (bp) 1200..60000
largura largura da imagem (pixels) 600
altura Altura de cada elemento gráfico (pixels) 10
Estilo de glifo de cada transcrição de elemento gráfico (veja abaixo)
fgcolor Cor de primeiro plano de cada elemento amarelo
bgcolor Cor de fundo de cada elemento azul
largura da linha Largura das linhas 3
etiqueta Imprime o nome do recurso 1
descrição Se deve imprimir a descrição do recurso 0
os elementos de colisão não podem colidir 1
ticks Imprime marcas de escala nas setas 1
conector Tipo de conector de grupo (tracejado, chapéu ou sólido) tracejado

As opções "bases" e "largura" são relevantes apenas na seção [geral]. Eles são
substituído pelas opções de linha de comando com nomes semelhantes.

O restante das opções pode ser localizado em qualquer seção, mas se presente no
A seção [geral] definirá os padrões para as outras.

As cores são nomes de cores em inglês ou cores #RRGGBB no estilo da Web (consulte um livro sobre HTML
para uma explicação). Os valores verdadeiro / falso são 1 para verdadeiro e 0 para falso. Intervalos numéricos podem
ser expresso no formato start..end com dois pontos ou como start-end com um hífen.

A opção "glifo" controla como os recursos são renderizados. Os seguintes glifos são
implementado:

Descrição do nome
---- -----------

box Um retângulo preenchido, não direcional.
elipse Um oval.
arrow Uma flecha; pode ser unidirecional ou
bidirecional. Também é capaz de exibir
uma escala com marcas maiores e menores, e pode
ser orientado horizontalmente ou verticalmente.
segmentos Um conjunto de retângulos preenchidos conectados por um sólido
linhas. Usado para recursos interrompidos, como
alinhamentos com lacunas e grupos de exões.
transcrição Semelhante aos segmentos, mas a linha de conexão é
uma forma de "chapéu" e a direção de
a transcrição é indicada por uma pequena seta.
transcript2 Semelhante à transcrição, mas a direção de
a transcrição é indicada por um segmento terminal
em forma de flecha.
primers Duas setas apontando para dentro conectadas por uma linha. Usado para STSs.

A opção de relevo é a opção mais importante para controlar a aparência da imagem. Se definido
para falso (o número 0), então os recursos podem se sobrepor. Se definido como verdadeiro (o
número 1), então os recursos se moverão verticalmente para evitar a colisão. Se não for especificado,
bump é ativado se o número de qualquer tipo de recurso de sequência for maior que 50.

Data Seção
A seção de dados pode seguir ou prosseguir na seção de configuração. As duas seções podem
também ser misturados. A seção de dados é uma guia ou arquivo delimitado por espaços em branco que você pode
exportar de um aplicativo de planilha ou arquivo de processador de texto (certifique-se de salvar como texto
só!)

Aqui está um exemplo de seção de dados:

Cosmid B0511. 516-619 Cosmid B0511. 3185-3294 Cosmid
B0511. 10946-11208 Cosmid B0511. 13126-13511 Cosmid
B0511. 66-208 Cosmid B0511. 6354-6499 Cosmídeo B0511
. 13955-14115 EST yk595e6.5 + 3187-3294 EST yk846e07.3 -
11015-11208 EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800 EST yk53c10.5 +
16032-16105 SwissProt PECANEX + 13153-13656 Peixe sueco FGENESH "Gene
1 "- 1-205,518-616,661-735,3187-3365,3436-3846 Domínio transmembrana
FGENESH "Gene 2" - 16626-17396,17451-17597 Quinase e domínios de sushi

Cada linha do arquivo contém cinco colunas. As colunas são:

Descrição da coluna #
-------------------

1 tipo de recurso
2 nome de recurso
Praia 3
4 coordenadas
5 descrição

Tipo de recurso
O tipo de recurso deve corresponder a um dos títulos de [tipo de recurso] no
seção de configuração. Caso contrário, as opções [gerais] serão aplicadas ao
recurso ao renderizá-lo. O nome do recurso é um nome para o recurso. Use um "." ou
"-" se isso não for relevante. Se o nome contiver espaço em branco, coloque simples ou duplo
aspas ("") em torno do nome.

Strand
A vertente indica em qual vertente o recurso está ativado. É um de "+" para o atacante
vertente, "-" para a vertente reversa ou "." para recursos que não estão retidos.

Coordenadas
A coluna de coordenadas é um conjunto de um ou mais intervalos que o recurso ocupa.
Os intervalos são escritos usando ".." como em start..stop, ou com hífens, como em start-stop.
Para recursos compostos por vários intervalos, & em; por exemplo, transcrições que
tem vários exões & em; você pode colocar os intervalos na mesma linha separados por
vírgulas ou espaços, ou coloque os intervalos em linhas individuais e use apenas o mesmo recurso
nome e tipo para agrupá-los. No exemplo acima, os recursos do Cosmid B0511 usam o
estilo de linha individual, enquanto os recursos do FGENESH usam todas as faixas em uma linha
estilo.

Descrição
A última coluna contém algum texto descritivo. Se a opção de descrição for definida como
verdade, este texto será impresso abaixo do recurso na renderização.

Finalmente, é possível agrupar recursos relacionados. Um exemplo são os ESTs
yk53c10.5 e yk53c10.3, que estão relacionados por serem lidos nas duas extremidades do clone
yk53c10. Para indicar essa relação, gere uma seção semelhante a esta:

EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800

O grupo é indicado por uma linha que contém apenas duas colunas contendo o elemento
tipo e um nome exclusivo para o grupo. Siga esta linha com todos os recursos que formam o
grupo, mas deixe a primeira coluna (o tipo de recurso) em branco. O grupo será renderizado por
desenhar uma linha tracejada entre todos os membros do grupo. Você pode mudar isso por
especificando uma opção de conector diferente na seção de configuração para este recurso
tipo.

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