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PROGRAMA:

NOME

mafft - programa de alinhamento múltiplo para sequências de aminoácidos ou nucleotídeos

SINOPSE

mafft [opções] entrada [> saída]

assim entrada [> saída]

Ginsi entrada [> saída]

Einsi entrada [> saída]

fftnsi entrada [> saída]

obrigado entrada [> saída]

nwns entrada [> saída]

nwnsi entrada [> saída]

perfil mafft group1 group2 [> saída]

entrada, group1 e group2 deve estar no formato FASTA.

DESCRIÇÃO

MAFFT é um programa de alinhamento de seqüência múltipla para sistemas operacionais do tipo Unix. Oferece
uma variedade de métodos de alinhamento múltiplos.

Orientado para a precisão métodos:
· L-INS-i (provavelmente mais preciso; recomendado para <200 sequências; refinamento iterativo
método que incorpora informações de alinhamento de pares locais):

mafft - par local --maxiterar 1000 entrada [> saída]

assim entrada [> saída]

· G-INS-i (adequado para sequências de comprimentos semelhantes; recomendado para <200 sequências;
método de refinamento iterativo que incorpora informações de alinhamento global de pares):

mafft --globalpair --maxiterar 1000 entrada [> saída]

Ginsi entrada [> saída]

· E-INS-i (adequado para sequências contendo grandes regiões não alinhadas; recomendado para
<200 sequências):

mafft --ep 0 --genafpair --maxiterar 1000 entrada [> saída]

Einsi entrada [> saída]

Para E-INS-i, o --ep 0 opção é recomendada para permitir grandes lacunas.

Orientado para a velocidade métodos:
· FFT-NS-i (método de refinamento iterativo; apenas dois ciclos):

mafft --retree 2 --maxiterar 2 entrada [> saída]

fftnsi entrada [> saída]

· FFT-NS-i (método de refinamento iterativo; máx. 1000 iterações):

mafft --retree 2 --maxiterar 1000 entrada [> saída]

· FFT-NS-2 (rápido; método progressivo):

mafft --retree 2 --maxiterar 0 entrada [> saída]

obrigado entrada [> saída]

· FFT-NS-1 (muito rápido; recomendado para> 2000 sequências; método progressivo com um
árvore guia):

mafft --retree 1 --maxiterar 0 entrada [> saída]

· NW-NS-i (método de refinamento iterativo sem aproximação de FFT; apenas dois ciclos):

mafft --retree 2 --maxiterar 2 --nofft entrada [> saída]

nwnsi entrada [> saída]

· NW-NS-2 (rápido; método progressivo sem a aproximação FFT):

mafft --retree 2 --maxiterar 0 --nofft entrada [> saída]

nwns entrada [> saída]

· NW-NS-PartTree-1 (recomendado para ~ 10,000 a ~ 50,000 sequências; método progressivo
com o algoritmo PartTree):

mafft --retree 1 --maxiterar 0 --nofft --parttree entrada [> saída]

Grupo a Grupo alinhamentos

perfil mafft group1 group2 [> saída]

ou:

mafft --maxiterar 1000 --semente group1 --semente group2 / dev / null [> saída]

OPÇÕES

Algoritmo
--auto
Seleciona automaticamente uma estratégia apropriada de L-INS-i, FFT-NS-i e FFT-NS-2,
de acordo com o tamanho dos dados. Padrão: desligado (sempre FFT-NS-2)

--6merpar
A distância é calculada com base no número de 6mers compartilhados. Padrão: ligado

--globalpair
Todos os alinhamentos de pares são calculados com o algoritmo Needleman-Wunsch. Mais
preciso, mas mais lento do que --6merpair. Adequado para um conjunto de globalmente alinháveis
sequências. Aplicável a até ~ 200 sequências. Uma combinação com --maxiterate 1000
é recomendado (G-INS-i). Padrão: desligado (distância de 6 m é usada)

- par local
Todos os alinhamentos de pares são calculados com o algoritmo Smith-Waterman. Mais preciso
mas mais lento do que --6merpair. Adequado para um conjunto de sequências alinhadas localmente.
Aplicável a até ~ 200 sequências. Uma combinação com --maxiterate 1000 é
recomendado (L-INS-i). Padrão: desligado (distância de 6 m é usada)

--genafpair
Todos os alinhamentos de pares são calculados com um algoritmo local com o
custo de gap afim (Altschul 1998). Mais preciso, mas mais lento do que -6merpair. Adequado
quando grandes lacunas internas são esperadas. Aplicável a até ~ 200 sequências. UMA
combinação com --maxiterate 1000 é recomendada (E-INS-i). Padrão: desligado (6mer
distância é usada)

--fastapair
Todos os alinhamentos de pares são calculados com FASTA (Pearson e Lipman 1988). FASTA é
obrigatório. Padrão: desligado (distância de 6 m é usada)

--peso número
Fator de ponderação para o termo de consistência calculado a partir de alinhamentos de pares. Válido
quando qualquer um de --globalpair, --localpair, --genafpair, --fastapair ou --blastpair é
selecionado. Padrão: 2.7

--retree número
A árvore guia é construída número vezes no estágio progressivo. Válido com distância de 6mer.
Padrão: 2

--maxiterar número
número ciclos de refinamento iterativo são executados. Padrão: 0

--fft
Use a aproximação FFT no alinhamento grupo a grupo. Padrão: ligado

--nofft
Não use a aproximação FFT no alinhamento grupo a grupo. Padrão: desligado

--não há pontuação
A pontuação de alinhamento não é verificada no estágio de refinamento iterativo. Padrão: desligado (pontuação
está checado)

--memsave
Use o algoritmo Myers-Miller (1988). Padrão: ativado automaticamente quando o
o comprimento do alinhamento excede 10,000 (aa / nt).

--parttree
Use um método rápido de construção de árvore (PartTree, Katoh e Toh 2007) com a distância de 6 m.
Recomendado para um grande número (> ~ 10,000) de sequências de entrada. Padrão: desligado

--dpparttree
O algoritmo PartTree é usado com distâncias baseadas em DP. Um pouco mais preciso e
mais lento que --parttree. Recomendado para um grande número (> ~ 10,000) de sequências são
entrada. Padrão: desligado

--fastaparttree
O algoritmo PartTree é usado com distâncias baseadas em FASTA. Um pouco mais preciso
e mais lento do que --parttree. Recomendado para um grande número (> ~ 10,000) de sequências
são entradas. FASTA é obrigatório. Padrão: desligado

--partesize número
O número de partições no algoritmo PartTree. Padrão: 50

--Tamanho do grupo número
Não faça um alinhamento maior do que número sequências. Válido apenas com - * parttree
opções. Padrão: o número de sequências de entrada

Parâmetro
--op número
Penalidade de abertura de lacuna no alinhamento grupo a grupo. Padrão: 1.53

--ep número
Valor de deslocamento, que funciona como penalidade de extensão de lacuna, para alinhamento de grupo a grupo.
Padrão: 0.123

--lop número
Penalidade de abertura de espaço no alinhamento local de pares. Válido quando o --localpair ou
A opção --genafpair é selecionada. Padrão: -2.00

--lep número
Valor de deslocamento no alinhamento local de pares. Válido quando o --localpair ou --genafpair
opção é selecionada. Padrão: 0.1

--lex número
Penalidade de extensão da lacuna no alinhamento local de pares. Válido quando o --localpair ou
A opção --genafpair é selecionada. Padrão: -0.1

--LOP número
Penalidade de abertura de espaço para pular o alinhamento. Válido quando a opção --genafpair é
selecionado. Padrão: -6.00

--LEXP número
Penalidade de extensão de espaço para pular o alinhamento. Válido quando a opção --genafpair é
selecionado. Padrão: 0.00

--bl número
FLOR número matriz (Henikoff e Henikoff 1992). número= 30, 45, 62 ou 80.
Padrão: 62

--jtt número
JTT PAM número (Jones et al. 1992) é usada a matriz. número> 0. Padrão: BLOSUM62

--tm número
PAM Transmembrana número (Jones et al. 1994) é usada a matriz. número> 0. Predefinição:
BLOSUM62

--amatrix arquivo matricial
Use uma matriz de pontuação AA definida pelo usuário. O formato de arquivo matricial é o mesmo de
EXPLOSÃO. Ignorado quando as sequências de nucleotídeos são inseridas. Padrão: BLOSUM62

--fmodelo
Incorpore as informações de composição AA / nuc na matriz de pontuação. Padrão: desligado

saída
--clustalout
Formato de saída: formato clustal. Padrão: desligado (formato fasta)

--ordem de entrada
Ordem de saída: igual à entrada. Padrão: ligado

--reordenar
Ordem de saída: alinhado. Padrão: desligado (ordem de entrada)

--treeout
A árvore do guia é enviada para o entradaarquivo .tree. Padrão: desligado

--quieto
Não relate o progresso. Padrão: desligado

Entrada
--nuc
Suponha que as sequências sejam nucleotídeos. Padrão: automático

--amino
Suponha que as sequências sejam de aminoácidos. Padrão: automático

--semente alinhamento1 [--semente alinhamento2 --semente alinhamento3 ...]
Alinhamentos de sementes dados em alinhamento_n (formato fasta) são alinhados com sequências em
entrada. O alinhamento dentro de cada semente é preservado.

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