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PROGRAMA:

NOME

fox - determinação da estrutura ab-initio a partir de dados de difração

SINOPSE

raposa [opções] [arquivo.xml]

DESCRIÇÃO

A raposa O programa (Objetos Livres para Cristalografia) foi feito para o cristal ab initio
solução de estrutura a partir de dados de difração. Seus recursos mais interessantes para ab initio
determinação da estrutura são:

* descrição versátil do conteúdo do cristal;

* correção automática para posições especiais e átomos compartilhados entre poliedros;

* a capacidade de usar simultaneamente vários padrões de pó;

* algoritmos de otimização global inteligente;

* uma interface gráfica com uma visão da estrutura de cristal 3D e atualizações ao vivo durante o
processo de otimização.

OPÇÕES

Este programa pode ser executado com ou sem opções de linha de comando ou arquivo de entrada (file.xml).
Segue a sintaxe de linha de comando GNU usual, com longas opções começando com dois travessões
(`- '). Um resumo das opções está incluído abaixo. Para uma descrição completa, veja a raposa
wiki http://objcryst.sourceforge.net/Fox/Manual

--Socorro Mostra o resumo das opções.

--loadfouriergrd mapa.grd
Carregar e exibir o mapa Fourier 'map.grd' com a (primeira) estrutura de cristal

--loadfourierdsn6 mapa.DN6
Carregar e exibir um mapa de Fourier DSN6 com (primeira) estrutura de cristal

--nogui
Executar sem GUI, inicia automaticamente a otimização - o nogui pode ser acompanhado por
as seguintes opções:

-n 10000
Execute para 10000 testes no máximo (padrão: 1000000)

--nbrun 5
Faça 5 execuções, randomizando antes de cada execução (padrão: 1), use -1 para executar indefinidamente

-o saída.xml
Saída em 'out.xml'

--Aleatória
Randomizar configuração inicial

- silencioso
Produz (quase) nenhuma saída de texto

--custo final 0.15
Execute a otimização até o custo <0.15

--cif2padrão 1.5406 170 5000 .1
Simular padrão para cristal de entrada, comprimento de onda = 1.5406 até 170 ° com 500 pontos
uma largura de pico de 0.1 °

EXEMPLOS

Raposa silicone.xml
Carregue o arquivo 'silicon.xml' e inicie a GUI.

Raposa Cimetidina-pó.xml --nogui --Aleatória -n 1000000 -o melhor.xml
Carregar o arquivo 'ktartrate.xml', randomizar e, em seguida, fazer 1 otimização de 1 milhão de tentativas,
e salve a melhor estrutura em 'best.xml'.

Raposa Cimetidina-pó.xml --nogui --Aleatória -n 10000000 --nbrun 10 -o melhor.xml
Carregar o arquivo 'Cimetidine-powder.xml', em seguida, faça 10 execuções (começando de um
estrutura) de 10 milhões de tentativas (cada execução salva um arquivo xml) e salva o melhor
estrutura em 'best.xml'.

Raposa Cimetidina-pó.xml --nogui - silencioso --Aleatória -n 10000000 --nbrun 10 --custo final
200000 -o melhor.xml
Carregue o arquivo 'Cimetidine-powder.xml' e faça 10 execuções silenciosas de 10 milhões de tentativas
(cada execução salva um arquivo xml) e salva a melhor estrutura em 'best.xml'. Para cada
executado, a otimização é interrompida se o custo ficar abaixo de 200000.

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