freecontact - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

freecontact - preditor de contato rápido de proteínas

SINOPSE

freecontact [OPÇÃO]

freecontact --parprof [evfold | psicov | psicov-sd] <direction.aln> contacts.out

/ usr / share / freecontact / a2m2aln --query '^ RASH_HUMAN / (\ d +)' <align.fa | contato livre
--parprof evfold> contacts.out

freecontact --ali =ALIFILE --apply-gapth =BOOL --clustpc =NUM --density =NUM --cov20 =BOOL
--estimate-ivcov =BOOL --gapth =NUM --icme-timeout =NUM --input-format =[plano | xml]
--mincontsep =NUM --output-format =[evfold | pfrmat_rr | bioxsd] --pseudocnt =NUM
--pscount-weight =NUM --rho =NUM --threads =NUM --veczw =BOOL

freecontact --help --debug --quiet --version

DESCRIÇÃO

O FreeContact é um preditor de contato de resíduo de proteína otimizado para velocidade. FreeContact pode
funcionar como uma queda acelerada para os preditores de contato publicados EVfold-mfDCA de
DS. Marks et al. (2011) [1], e PSICOV de D. Jones et al. (2011) [2].

O FreeContact é acelerado por uma combinação de instruções vetoriais, vários threads e
implementação mais rápida de peças-chave. Dependendo do alinhamento, acelerações de 8 vezes ou mais
são possíveis.

Um alinhamento suficientemente grande é necessário para resultados significativos. No mínimo, um
alinhamento com uma contagem de sequência efetiva (após ponderação) maior que o comprimento do
seqüência de consulta deve ser usada. Alinhamentos com dezenas de milhares de sequências (efetivas)
são considerados uma boa entrada.

britadeira(1) ou hhblits(1) pode ser usado para gerar os alinhamentos, por exemplo.

[1] PLoS Um. 2011;6(12): e28766. doi: 10.1371 / journal.pone.0028766. Epub 2011, 7 de dezembro.
Estrutura da proteína 3D calculada a partir da variação da sequência evolutiva. Marks DS, Colwell LJ,
Sheridan R, Hopf TA, Pagnani A, Zecchina R, Sander C.

[2] Bioinformática. 2012 de janeiro de 15;28(2): 184-90. Epub 2011, 17 de novembro. PSICOV: preciso
predição de contato estrutural usando estimativa de covariância inversa esparsa em grandes múltiplos
alinhamentos de sequência. Jones DT, Buchan DW, Cozzetto D, Pontil M.

Entrada
Os seguintes formatos são suportados:

plano
O seguinte formato de arquivo de entrada simples é usado:

# querystart = 5
# query = QUERYwithinsertionSEQUENCEWITHNOGAPSORINSERTIONS
CONSULTA SEQUÊNCIA SEM GAPSORINSERÇÕES
-ALINHADA --- SEQUÊNCIA - COM LACUNAS -----
OUTRO ALINHADO ------------ SEQUÊNCIA

As linhas de cabeçalho '#' são opcionais. As linhas de cabeçalho são usadas para calcular o resíduo de contato
números e para pesquisar os respectivos resíduos de consulta para determinados formatos de saída.

Se nenhuma consulta for definida, a primeira sequência no alinhamento é usada como consulta
seqüência. A sequência da consulta não deve conter lacunas no alinhamento.

Todas as linhas de alinhamento devem ter o mesmo comprimento e podem conter apenas
[A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z-]. [B] é mapeado para [D], [Z] é mapeado para [E], [JOUX] são
mapeado para [X]. [X] corresponde apenas a si mesmo para todo o programa.

Os alinhamentos de entrada A2M podem ser convertidos para o formato acima usando
/ usr / share / freecontact / a2m2aln. a2m2aln pode ser usado para canalizar o alinhamento diretamente
em freecontact.

xml Documento XML com umhttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
elemento, definido no esquema FreeContact [4] derivado de BioXSD [5].

Exemplo: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml.

saída
O formato de saída EVfold-mfDCA ou PSICOV original é usado por padrão quando o respectivo
o perfil do parâmetro é selecionado.

sempre (EVfold-mfDCA)
5 K 6 L 0.332129 3.59798
| | | | | + norma corrigida (CN) pontuação de contato
| | | | + pontuação de informação mútua (MI)
| | | + contato com o código de resíduo de aminoácido
| | + número do resíduo de contato
| + contato com o código de resíduo de aminoácido
+ número do resíduo de contato

Os contatos são classificados pelo número do resíduo.

pfrmat_rr (PSICOV)
Formato de predição de separação resíduo-resíduo CASP (PFRMAT RR) [3]:

55 67 0 8 10.840280
| | | | + pontuação do contato
| | + - + intervalo [Å] da distância Cb-Cb prevista para o par de resíduos
| | (C-alfa para glicinas)
| | Esses dois campos são invariáveis ​​na saída.
| + número do resíduo de contato
+ número do resíduo de contato

Os contatos são classificados em pontuação, em ordem decrescente.

[3]http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi? page = format>

bioxsd
Documento XML com umhttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
elemento, definido no esquema FreeContact [4] derivado de BioXSD [5].

Exemplo: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.evfold.50.xml.

Nota: como BioXSD está em desenvolvimento ativo em colaboração com FreeContact, o
O esquema FreeContact pode, na verdade, ser derivado de uma versão ainda não disponível em [5].

[4]

[5]http://bioxsd.org>

A saída pode não listar todos os contatos possíveis.

REFERÊNCIAS

Submetido. FreeContact: previsão de contato direto resíduo-resíduo rápida e livre.
Kaján L, Sustik MA, Marks DS, Hopf TA, Kalaš M, Rost B.

OPÇÕES

-a [--threads] arg
Tópicos a serem usados ​​[0-). 0 significa tantos quantos núcleos.

--apply-gapth argumento
Quando verdadeiro, exclui colunas e linhas de resíduos com uma frequência de lacuna ponderada> --gapth
da matriz de covariância [Boolean].

-c [--clustpc] arg
Porcentagem de agrupamento BLOSUM [0-100].

--cov20 argumento
Se verdadeiro, deixe um aminoácido fora da matriz de covariância, tornando-o não sobredeterminado
[Boleano].

-d [--density] arg
Densidade da matriz de precisão do alvo [0-1]. Definir 0 para não controlar a densidade.

--depurar
Ative a depuração.

--estimate-ivcov argumento
Use estimativa de matriz de covariância inversa em vez de inversão de matriz [Boolean].

-f [--ali] arg (= -)
Arquivo de alinhamento [caminho]. Se '-', entrada padrão. Predefinição: '-'.

-g [--gapth] arg
Limite de frequência de intervalo ponderado (0-1].

-h [--help]
Produza esta mensagem de ajuda.

-i [--input-format] arg (= simples)
Formato de entrada [plano | xml].

--icme-timeout arg (= 1800)
Tempo limite de estimativa da matriz de covariância inversa em segundos [0-). Aplicado a cada iversão
ligue de forma independente. Se ocorrer um tempo limite, o programa sai com status 2.

--mincontsep argumento
Separação de pares de resíduos de contato em sequência mínima dada em aminoácidos como
(ji> = arg). 1 para resíduos adjacentes. [1-).

-o [--output-format] arg
Formato de saída [evfold | pfrmat_rr | bioxsd].

--parprof arg (= padrão)
Perfil de parâmetro (opcional) [default | evfold | psicov]. O perfil padrão é sempre.

Os argumentos da linha de comando podem ser usados ​​para substituir os valores do perfil.

sempre
Aciona o modo de compatibilidade EVfold-mfDCA [1].

psicov
Aciona o modo de compatibilidade PSICOV [2].

psicov-sd
Dispara o modo padrão sensível PSICOV [2]: padrão fixo rho, sem controle de densidade.

-w [--pscount-weight] arg
Peso da pseudocontagem [0-1].

-p [--pseudocnt] arg
Pseudoconta [0-).

--pep
Imprima os parâmetros efetivos no erro padrão. Use esta opção para ver quais parâmetros
contato livre(1) é executado em detalhes. Isso é especialmente útil quando o --parprof
opção é usada em combinação com outras opções.

--rho argumento
Valor inicial do parâmetro de regularização Glasso [0-). Se negativo, escolha o valor
automaticamente.

--quiet arg (= 0)
Imprima nada além de mensagens de erro no erro padrão. Não afeta --depurar.

--veczw argumento
Use a ponderação de sequência vetorizada quando disponível [Boolean].

--versão
Versão para impressão.

SAIR STATUS

0 Sem erro - sucesso.

1 Erro não especificado.

2 Um tempo limite (veja --icme-timeout) ocorreu.

EXEMPLOS

/ usr / share / freecontact / a2m2aln --query '^ RASH_HUMAN / (\ d +)' <'/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.fa' | \
freecontact --parprof evfold> PF00071_v25_1000.evfold

freecontact --parprof evfold -i xml -o bioxsd <'/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml'> PF00071_v25_1000.evfold.xml

freecontact --parprof psicov </usr/share/doc/freecontact/examples/demo_1000.aln> demo_1000.psicov

NOTAS

Para obter o desempenho ideal, use o software de álgebra linear sintonizado automaticamente (ATLAS)
biblioteca compilado on que o máquina onde freecontact é executado.

Use freecontact online usando serviços onworks.net