fsl-5.0-core - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

fsl - ferramentas de análise para imagens de FMRI, MRI e DTI cerebrais

DESCRIÇÃO

FSL é um kit de ferramentas abrangente para a análise de dados de imagens médicas do cérebro. Isto
fornece ferramentas para pré-processamento de dados, extração de cérebro, registro de imagens, bem como um
amplo espectro de análises estatísticas. FSL fornece uma GUI fácil de usar.

FSL requer uma série de variáveis ​​de ambiente a serem definidas corretamente. Para alcançar isto,
por favor, fonte o script de configuração de /etc/fsl/5.0/fsl.sh. Uma maneira de fazer isso
automaticamente é adicionar uma linha contendo

. /etc/fsl/5.0/fsl.sh

para o arquivo .bashrc em um diretório inicial do usuário (ou um arquivo correspondente para outros shells
do que bash). Pode ser necessário criar esse arquivo primeiro.

Alternativamente, o pacote Debian instala links simbólicos para todas as ferramentas FSL em / usr / bin que
tome cuidado ao carregar a configuração apropriada automaticamente. Os nomes dos links simbólicos são
prefixado com o correspondente FSL versão para evitar conflitos de nome de arquivo e permitir
várias versões para coexistir no mesmo sistema. Por exemplo, o fatiador comando é
disponível como fsl5.0-sliceer. Por favor, note que para usar FSL ferramentas através desses links simbólicos, é
não necessário para realizar o procedimento de configuração descrito acima. No entanto, esta conveniência
recurso é específico do Debian. Scripts que empregam comandos FSL e devem ser compartilhados
com outros deve contar com nomes de comando não prefixados e a variável de ambiente FSL
configuração.

A FSL interface do usuário às vezes se refere a um FSLDIR. Em sistemas Debian, isso é
/usr/share/fsl/5.0 para FSL versão 5.0.

FSL documentação e ajuda online são fornecidas pelo fsl-5.0-doc pacote.

Perguntas sobre o uso de FSL ou teoria relacionada pode ser postada no FSL correspondência
Lista (Vejo http://www.jiscmail.ac.uk/lists/fsl.html).

PARALELIZAÇÃO

O FSL pode ser configurado para enviar trabalhos a um Sun Gridengine (SGE) em execução. Embora não seja tudo
funcionalidade implementada em FSL suporta este tipo de paralelização, o mais exigente
ferramentas de processamento (por exemplo, POSSUM e FDT) fazem.

FSL deve ser capaz de usar SGE mesmo se a variável de ambiente SGE_ROOT não estiver definida, como em
o caso do pacote Debian do SGE. Para habilitar o processamento em lote, basta definir

FSLPARALLEL = 1

no shell onde o FSL está sendo executado. Isso pode ser ativado permanentemente em

/etc/fsl/5.0/fsl.sh

ou caso a caso.

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