Este é o comando fuzznuce que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador Windows online ou emulador MAC OS online
PROGRAMA:
NOME
fuzznuc - Pesquisa de padrões em sequências de nucleotídeos
SINOPSE
fuzznuc -seqüência sequência -padronizar de cinto de segurança -complemento booleano -arquivo de saída Denunciar
fuzznuc -Socorro
DESCRIÇÃO
fuzznuc é um programa de linha de comando da EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
Suite de software ”). Faz parte do (s) grupo (s) de comando "Nucleic: Motifs".
OPÇÕES
Entrada seção
-seqüência sequência
-padronizar de cinto de segurança
São usados os códigos padrão de uma letra IUPAC para os nucleotídeos. O símbolo 'n' é
usado para uma posição onde qualquer nucleotídeo é aceito. Ambiguidades são indicadas por
listando os nucleotídeos aceitáveis para uma determinada posição, entre parênteses quadrados '[
] '. Por exemplo: [ACG] significa A ou C ou G. Ambiguidades também são indicadas por
listando entre um par de chaves '{}' os nucleotídeos que não são aceitos
em uma determinada posição. Por exemplo: {AG} significa quaisquer nucleotídeos, exceto A e G. Cada
elemento em um padrão é separado de seu vizinho por um '-'. (Opcional em fuzznuc).
A repetição de um elemento do padrão pode ser indicada seguindo esse elemento
com um valor numérico ou um intervalo numérico entre parênteses. Exemplos: N(3)
corresponde a NNN, N (2,4) corresponde a NN ou NNN ou NNNN. Quando um padrão é
restrito ao final 5 'ou 3' de uma sequência, esse padrão começa com um
símbolo '<' ou respectivamente termina com um símbolo '>'. Um período termina o padrão.
(Opcional em fuzznuc). Por exemplo, [CG] (5) TG {A} N (1,5) C
Avançado seção
-complemento booleano
Valor padrão: N
saída seção
-arquivo de saída Denunciar
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