alho - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

alho - programa de visualização molecular

SINOPSE

alho [verdadeiro Alho opções] [X11 opções] [nome do arquivo]

DESCRIÇÃO

Esta página de manual documenta resumidamente alho, um programa de visualização molecular gratuito.
Documentação extensa em formato HTML e fontes podem ser encontradas em casa de alho,
<URL:http://garlic.mefos.hr/garlic/>. Localização física: Faculdade de Medicina, Universidade
de Osijek, Croácia, Europa. Pacotes pré-compilados para várias distribuições GNU / Linux
Estão disponíveis. Estes incluem Debian, SuSE, Mandriva, Linspire e vários outros
distros. A documentação HTML pode ser baixada e descompactada para uso local (recomendado
uso). Aqui você pode encontrar uma breve descrição do programa e a lista de comandos
opções de linha.

alho é um programa de visualização molecular originalmente escrito para investigação de
proteínas de membrana. Agora ele pode ser usado para visualizar e editar de forma simples todas as proteínas e
moléculas. Esta versão reconhece o formato PDB versão 2.1; veja o arquivo fonte pdb_atom.c
para obter detalhes sobre este formato.

OPÇÕES

As opções de linha de comando podem ser divididas em dois grupos: verdadeiro (específico) alho opções e X11
opções. As opções podem ser fornecidas em qualquer ordem. Todas as opções e valores padrão embutidos no código são
listados na tabela abaixo. Para cada parâmetro, o valor definido por meio da linha de comando é
usado, se disponível. Caso contrário, o valor definido em .garlicrc arquivo é usado. Se .garlicrc
arquivo não está disponível, ou não há entrada correspondente neste arquivo, o
o valor padrão é usado. A amostra .garlicrc arquivo incluído no pacote original contém
os valores são iguais aos padrões embutidos em código.

alho opções:
-h, --Socorro
Imprimir ajuda e sair.

-dentro, --versão
Versão para impressão e saída.

-r, --registro
Registre alho: informe ao autor que seu site possui alho instalado e que alguém
vai usar este programa. Ao se registrar, você está incentivando o autor a
continuar o desenvolvimento do alho. Você também pode ajudar o autor a garantir o suporte para
desenvolvimento adicional. Esta opção envia uma mensagem curta de e-mail, contendo apenas
o cabeçalho da mensagem de e-mail e a palavra 'Olá!', para[email protegido]>. Por favor
execute garlic -r se for usar este programa. Se você não está conectado a
a Internet, considere enviar uma mensagem curta de algum outro sistema.

-nosys Oculte o ícone do sistema de coordenadas (canto superior esquerdo).

-nenhum controle
Oculte a janela de controle (canto superior direito).

-estéreo
Exibir imagem estéreo.

-laje modo
Modo de laje padrão. Os modos de laje disponíveis são: desligado, plano (padrão), esfera,
meia esfera, cilindro e meio cilindro.

-desbotando modo
Modo de esmaecimento de cor padrão. Modos disponíveis: desligado, planar (padrão), esfera,
meia esfera, cilindro e meio cilindro.

-Como número
Estilo de desenho de átomo padrão (padrão embutido em código: 2).

-bs número
Estilo de desenho de títulos padrão (padrão embutido em código: 2).

-fs número
Número padrão de superfícies de esmaecimento de cor. Planos paralelos, esferas concêntricas ou
cilindros concêntricos podem ser usados ​​como superfícies esmaecidas. Três trigêmeos RGB são
atribuído a cada superfície. As superfícies são espaçadas uniformemente; pelo menos um e no máximo
oito devem ser definidos. Pelo menos três cores (esquerda, meio e direita) são
atribuído a cada átomo visível. Essas três cores são baseadas na posição de um
dado átomo em relação à (s) superfície (s) de desbotamento mais próxima (s) e nas cores atribuídas a
essas superfícies. As cores são combinadas usando ponderação linear.

-lc cor
Cor esquerda na i-ésima superfície; i está entre zero e sete. A string de cores
deve ser compatível com X11R5. Azul, por exemplo, pode ser definido como azul ou como
RGB: 0000/0000 / FFFF etc. Por exemplo -lc4 RGB: BBBB / 8888/4444 define a cor esquerda
na superfície cujo índice é igual a quatro.

-mc cor
Cor média na i-ésima superfície.

-rc cor
Cor certa na i-ésima superfície.

-computador, --print-config
Imprima os dados de configuração e saia.

-pcn Imprime os nomes dos cursores em stdout e sai.

-registro arquivo de log
Grave comandos e mensagens no arquivo de log. O arquivo será criado no atual
diretório de trabalho. Se isso não for possível, o arquivo de log será criado na casa dos usuários
diretório.

X11 opção:
-exibição Nome em Exibição
Servidor X para contato.

-geometria geometria
Geometria da janela (padrão: quase toda a tela).

-bg cor
Cor de fundo da janela principal (o padrão é preto).

-fg cor
Cor do primeiro plano da janela principal (padrão: branco).

-fn nome da fonte
Fonte do texto; (o padrão é 10x20).

-tbg cor
Cor de fundo do texto (o padrão é preto).

-tfg cor
Cor do texto (o padrão é branco).

-cursor nome do cursor
Nome do cursor; Vejo /usr/include/X11/cursorfont.h para nomes; remova o prefixo XC_.

Use o alho online usando serviços onworks.net