gmap - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gmap - Programa de Mapeamento e Alinhamento Genômico

SINOPSE

gmap [OPÇÕES...] <RÁPIDO arquivos...>, or gato | gmap [OPÇÕES ...]

OPÇÕES

Entrada opções (deve incluir -d or -g)
-D, --dir=anuário
Diretório do genoma. Padrão (conforme especificado por --com-gmapdb para o programa de configuração)
is / var / cache / gmap

-d, --db=STRING
Banco de dados do genoma. Se o argumento for '?' (com as aspas), este comando lista
bases de dados disponíveis.

-k, --km=INT
tamanho kmer para usar no banco de dados do genoma (valores permitidos: 16 ou menos). Se não
especificado, o programa encontrará o maior tamanho kmer disponível no genoma
banco de dados

--amostragem=INT
Amostragem para usar no banco de dados do genoma. Se não for especificado, o programa encontrará o
menor valor de amostragem disponível no banco de dados do genoma dentro do tamanho k-mer selecionado

-G, --genomefull
Use o genoma completo (todos os caracteres ASCII permitidos; construídos explicitamente durante a configuração), não
versão comprimida

-g, --gseg=nome do arquivo
Segmento genômico fornecido pelo usuário

-1, - selfalign
Alinha uma sequência contra si mesma no formato FASTA via stdin (Útil para obter
tradução de proteína de uma sequência de nucleotídeos)

-2, --pairalign
Alinhe duas sequências no formato FASTA via stdin, sendo a primeira genômica e a segunda
um sendo cDNA

--cmdline=STRING,FRAGMENTO
Alinhe essas duas sequências fornecidas na linha de comando, a primeira sendo genômica e
o segundo sendo cDNA

-q, --papel=INT/ INT
Processe apenas o i-ésimo de cada n sequências, por exemplo, 0/100 ou 99/100 (útil para
distribuição de trabalhos para uma fazenda de computadores).

--input-buffer-size=INT
Tamanho do buffer de entrada (o programa lê tantas sequências de uma vez para eficiência)
(padrão 1000)

Opções de computação

-B, --lote=INT
Modo em lote (padrão = 2)

Modo Offsets Positions Genome
0 veja nota mmap mmap
1 ver nota mmap e pré-carregar mmap
(padrão) 2 veja a nota mmap & preload mmap & preload
3 veja a nota alocar mmap e pré-carregar
4 ver nota alocar alocar
5 expandir alocar alocar

Nota: para uma única sequência, todas as estruturas de dados usam mmap
Se o mmap não estiver disponível e a alocação não for escolhida, então usará o fileio (muito lento)

Nota sobre --lote e offsets: a expansão dos offsets pode ser controlada
independentemente pelo --expand-offsets bandeira. o --lote=5 opção é equivalente a
--lote=4 mais --expand-offsets=1

--expand-offsets=INT
Se deve expandir os valores do índice de deslocamentos genômicos: 0 (não, padrão) ou 1 (sim).
A expansão fornece um alinhamento mais rápido, mas requer mais memória

--nosplicing
Desativa o splicing (útil para alinhar sequências genômicas em um genoma)

--min-intronlength=INT
Comprimento mínimo para um intron interno (padrão 9). Abaixo deste tamanho, uma lacuna genômica
será considerado uma exclusão em vez de um íntron.

-K, --comprimento do íntron=INT
Comprimento máximo para um intron interno (padrão 200000)

-w, --localsplicedista=INT
Comprimento máximo para locais de emenda conhecidos nas extremidades da sequência (padrão 2000000)

-L, --comprimento total=INT
Comprimento total máximo do intron (padrão 2400000)

-x, - margem da quimera=INT
Quantidade de sequência desalinhada que desencadeia a busca pela sequência restante
(padrão 30). Ativa o alinhamento de leituras quiméricas e pode ajudar com alguns
leituras não quiméricas. Para desligar, defina como zero.

--no-quimeras
Desativa a localização de quimeras. Mesmo efeito que - margem da quimera=0

-t, --nthreads=INT
Número de threads de trabalho

-c, --chrsubset=corda
Limitar a pesquisa a um determinado cromossomo

-z, --direção=STRING
direção do cDNA (sense_force, antisense_force, sense_filter, antisense_filter ou
auto (padrão))

-H, --trimendexons=INT
Corte os exons finais com menos do que o número fornecido de correspondências (em nt, padrão 9)

--modo canônico=INT
Recompensa para íntrons canônicos e semicanônicos 0 = recompensa baixa, 1 = recompensa alta
(padrão), 2 = recompensa baixa para sequências de alta identidade e recompensa alta caso contrário

--entre espécies
Use uma pesquisa mais sensível para emenda canônica, o que ajuda especialmente para
alinhamentos entre espécies e outros casos difíceis

--allow-close-indels=INT
Permitir uma inserção e exclusão próximas uma da outra (0 = não, 1 = sim (padrão), 2 = apenas
para alinhamentos de alta qualidade)

- microexon-spliceprob=FLOAT
Permitir microexões apenas se uma das probabilidades do local de união for maior do que esta
valor (padrão 0.95)

--cmetdir=STRING
Diretório para arquivos de índice de metilcitosina (criado usando cmetindex) (o padrão é
localização de arquivos de índice de genoma especificados usando -D, -V e -d)

--atoidir=STRING
Diretório para arquivos de índice de edição de RNA de A-para-I (criados usando atoiindex) (o padrão é
localização de arquivos de índice de genoma especificados usando -D, -V e -d)

--modo=STRING
Modo de alinhamento: padrão (padrão), cmet-stranded, cmet-nonstranded, atoi-stranded,
atoi-nonstranded, ttoc-stranded ou ttoc-nonstranded. Os modos não padrão requerem
você deve ter executado previamente os programas cmetindex ou atoiindex (que também cobrem
os modos ttoc) no genoma

-p, --prunelevel
Nível de poda: 0 = sem poda (padrão), 1 = seqs pobres, 2 = seqs repetitivas, 3 = seqs pobres e
repetitivo

Tipos de saída

-S, --resumo
Mostrar resumo de alinhamentos apenas

-A, --alinhar
Mostrar alinhamentos

-3, --contínuo
Mostra o alinhamento em três linhas contínuas

-4, --contínuo por exon
Mostra o alinhamento em três linhas por exon

-Z, --comprimir
Saída de impressão em formato compactado

-E, --éxons=STRING
Imprimir exons ("cdna" ou "genômico")

-P, --proteína_dna
Imprimir sequência de proteína (cDNA)

-Q, --proteína_gen
Imprimir sequência de proteína (genômica)

-f, --formato=INT
Outro formato de saída (observe também o -A e -S opções e outras opções listadas
em tipos de saída):
psl (ou 1) = formato PSL (BLAT),
gff3_gene (ou 2) = formato do gene GFF3,
formato gff3_match_cdna (ou 3) = GFF3 cDNA_match,
gff3_match_est (ou 4) = formato GFF3 EST_match,
splicesites (ou 6) = saída de splicesites (para arquivo de splicing GSNAP),
íntrons = saída de íntrons (para arquivo de splicing GSNAP),
map_exons (ou 7) = formato de mapa de exon IIT FASTA,
intervalos_mapa (ou 8) = formato de mapa de intervalo IIT FASTA,
coords (ou 9) = coords em formato de tabela,
formato sampe = SAM (configuração do bit parired_read no sinalizador),
samse = formato SAM (sem definir bit parired_read)

Opções de saída

-n, --npaths=INT
Número máximo de caminhos a serem mostrados (padrão 5). Se definido como 1, GMAP não reportará
alinhamentos quiméricos, já que implicam dois caminhos. Se você quiser um único alinhamento
mais alinhamentos quiméricos e, em seguida, defina como 0.

--pontuação subótima=INT
Relate apenas caminhos cuja pontuação esteja dentro desse valor do melhor caminho. Por padrão,
se esta opção não for fornecida,
o programa imprime todos os caminhos encontrados.

-O, - ordenado
Imprimir a saída na mesma ordem da entrada (relevante apenas se houver mais de um trabalhador
fio)

-5, --md5
Imprimir checksum MD5 para cada sequência de consulta

-o, --quimera-sobreposição
Sobrepor para mostrar, se houver, no ponto de interrupção quimera

--failsonly
Imprima apenas alinhamentos com falha, aqueles sem resultados

--nofails
Exclua a impressão de alinhamentos com falha

-V, --snpsdir=STRING
Diretório para arquivos de índice SNPs (criado usando snpindex) (o padrão é a localização de
arquivos de índice de genoma especificados usando -D e -d)

-v, --use-snps=STRING
Use banco de dados contendo SNPs conhecidos (em .iit, construído anteriormente usando
snpindex) para tolerância a SNPs

--saída dividida=STRING
Nome de base para saída de vários arquivos, separadamente para nomapping,
uniq, mult, (e quimera, se - margem da quimera é selecionado)

--falhou-entrada=STRING
Imprimir alinhamentos completamente falhados como entrada FASTA ou formato FASTQ para o dado
Arquivo. Se o --saída dividida sinalizador também é fornecido, este arquivo é gerado em adição
para a saída no arquivo .nomapping.

--append-saída
Quando --saída dividida or --falhou entrada for fornecido, este sinalizador irá anexar a saída ao
arquivos existentes. Caso contrário, o padrão é criar novos arquivos.

--output-buffer-size=INT
Tamanho do buffer, em consultas, para thread de saída (padrão 1000). Quando o número de
resultados a serem impressos excederem esse tamanho, os threads de trabalho são interrompidos até que o
o backlog foi apagado

-F, --comprimento total
Assuma proteína de comprimento total, começando com Met

-a, --cdsstart=INT
Traduzir códons de determinado nucleotídeo (baseado em 1)

-T, --truncar
Alinhamento truncado em torno da proteína de comprimento total, Met to Stop Implica -F bandeira.

-Y, --tolerante
Traduz cDNA com correções para frameshifts

Opções para saída GFF3

--gff3-adicionar-separadores=INT
Se deve adicionar um separador ### após cada sequência de consulta Valores: 0 (não), 1 (sim,
predefinição)

Opções para saída de SAM

--no-sam-headers
Não imprima cabeçalhos começando com '@'

--sam-use-0M
Insira 0M no CIGAR entre inserções adjacentes e exclusões exigidas por Picard,
mas pode causar erros em outras ferramentas

--force-xs-dir
Para alinhamentos de RNA-Seq, não permite XS: A :? quando a direção do sentido não é clara, e
substitui esse valor arbitrariamente por XS: A: +. Pode ser útil para alguns programas, como
como botões de punho, que não suportam XS: A:?. No entanto, se você usar este sinalizador, o
valor relatado de XS: A: + nesses casos não será significativo.

--md-minúsculas-snp
Na string MD, quando SNPs conhecidos são fornecidos pelo -v bandeira,
imprime nucleotídeos de diferença como minúsculas quando eles,
diferem da referência, mas correspondem a um alelo alternativo conhecido

--action-if-cigar-error
Ação a ser tomada se houver desacordo entre o comprimento do CIGAR e o comprimento da sequência
Valores permitidos: ignorar, aviso (padrão), abortar

--read-group-id=STRING
Valor a ser colocado no campo read-group id (RG-ID)

--read-nome do grupo=STRING
Valor a ser colocado no campo de nome do grupo de leitura (RG-SM)

--read-group-biblioteca=STRING
Valor a ser colocado no campo da biblioteca de grupo de leitura (RG-LB)

--read-group-plataforma=STRING
Valor a ser colocado no campo da biblioteca de grupo de leitura (RG-PL)

Opções para pontuações de qualidade

--protocolo de qualidade=STRING
Protocolo para pontuações de qualidade de entrada. Valores permitidos: illumina (ASCII 64-126)
(equivalente a -J 64 -j -31) sanger (ASCII 33-126) (equivalente a -J 33 -j 0)

O padrão é sanger (sem mudança de qualidade de impressão)
Os arquivos de saída do SAM devem ter pontuações de qualidade no protocolo sanger

Ou você pode especificar o turno de impressão com este sinalizador:

-j, --qualidade-impressão-shift=INT
Mude as pontuações de qualidade FASTQ por este valor na saída (o padrão é 0 para sanger
protocolo; para alterar a entrada Illumina para a saída Sanger, selecione -31)

Opções de arquivo de mapa externo

-M, --mapdir=anuário
Diretório de mapas

-m, --mapa=arquivo iit
Arquivo de mapa. Se o argumento for '?' (com as aspas),
isso lista os arquivos de mapa disponíveis.

-e, --mapexons
Mapeie cada exon separadamente

-b, --mapboth
Reportar resultados de ambas as vertentes do genoma

-u, - flanqueando=INT
Mostrar acertos de flanco (padrão 0)

--print-comentário
Mostrar linha de comentário para cada hit

Opções de saída de alinhamento

-N, --nolengths
Nenhum comprimento de íntron alinhado

-I, --invertmode=INT
Modo para alinhamentos à fita genômica (-): 0 = Não inverter o cDNA (padrão)
1 = Inverter cDNA e imprimir genômico (-) fita 2 = Inverter cDNA e imprimir genômico (+)
costa

-i, --introgap=INT
Nucleotídeos para mostrar em cada extremidade do íntron (padrão 3)

-l, --wraplength=INT
Comprimento do envoltório para alinhamento (padrão 50)

Opções de filtragem de saída

- cobertura mínima aparada=FLOAT
Não imprima alinhamentos com cobertura aparada menos este valor (padrão = 0.0, que
significa sem filtragem) Observe que alinhamentos quiméricos serão produzidos independentemente disso
filtro

--min-identidade=FLOAT
Não imprima alinhamentos com identidade menos este valor (padrão = 0.0, o que significa não
filtragem) Observe que alinhamentos quiméricos serão produzidos independentemente deste filtro
Opções de ajuda

--Verifica
Verifique as suposições do compilador

--versão
Mostrar versão

--Socorro Mostrar esta mensagem de ajuda

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