gmod_gff3_preprocessor.plp - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

$ 0 - Prepara um arquivo GFF3 para carregamento em massa em um banco de dados chado.

SINOPSE

% gmod_gff_preprocessor [opções] --gfffile

LINHA DE COMANDO OPÇÕES

--gfffile O arquivo que contém GFF3 (opcional, pode ler
de stdin)
--outfile O nome kernel que será usado para nomear os arquivos de resultado
--splitfile Divide os arquivos em partes mais gerenciáveis, fornecendo
um argumento para controlar a divisão
--onlysplit Divida os arquivos e, em seguida, saia (ou seja, não classifique)
--nosplit Não divide os arquivos (ou seja, apenas classifica)
--hasrefseq Defina isto se o arquivo contiver uma linha de sequência de referência
(Apenas necessário se não estiver dividindo arquivos)
--dbprofile Especifique um nome de perfil gmod.conf (caso contrário, use o padrão)
--inheritance_tiers Quantos níveis de herança você espera para este arquivo
ter (padrão: 3)

DESCRIÇÃO

splitfile - Apenas definir este sinalizador para 1 fará com que o arquivo seja dividido por referência
seqüência. Se você fornecer um argumento opcional, ele será dividido ainda mais de acordo com
Estas regras:

source = 1 Divide arquivos de acordo com o valor na coluna de origem
source = a, b, c Coloca linhas com fontes que correspondem (via expressão regular)
'a', 'b' ou 'c' em um arquivo separado
type = a, b, c Coloca linhas com tipos que correspondem a 'a', 'b' ou 'c' em a
arquivo separado

Por exemplo, se você quiser que todos os resultados de sua análise fiquem em um arquivo separado, você
poderia indicar '--splitfile type = match', e todos cDNA_match, EST_match e
Os recursos cross_genome_match iriam para arquivos separados (separados por sequência de referência).

inheritence_tiers - O número de níveis de herança que este arquivo possui. Por exemplo, se
o arquivo contém genes de "dogma central" (gene / mRNA / exon, polipeptídeo) e, em seguida, contém 3. Para cima
para 4 é suportado, mas quanto maior o número, mais lento será o desempenho. Se você não
sabe, 3 é um palpite razoável.

RÁPIDO seqüência
Se o arquivo GFF3 contiver sequência FASTA no final, a sequência será colocada em um
arquivo separado com a extensão '.fasta'. Este arquivo fasta pode ser carregado separadamente após
os arquivos GFF3 divididos e / ou classificados são carregados, usando o comando:

gmod_bulk_load_gff3.pl -g

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