gmx-cluster - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gmx-cluster - Estruturas de cluster

SINOPSE

cluster gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-dm [<.xpm>]] [-um [<.xpm>]] [-o [<.xpm>]] [-g [<.log>]]
[-dist [<.xvg>]] [-ev [<.xvg>]] [-conv. [<.xvg>]]
[-sz [<.xvg>]] [-tr [<.xpm>]] [-ntr [<.xvg>]]
[-clique [<.xvg>]] [-cl [<.xtc / .trr / ...>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-você ] [-[agora]
[-xvg ] [- [não] dista] [-nníveis ]
[-cortar ] [- [não] caber] [-máximo ] [-pular ]
[- [não] av] [-wcl ] [-nst ] [-rmsmin ]
[-método ] [-minstruir ] [- [não] binário]
[-M ] [-P ] [-semente ] [-nitro ]
[-n aleatório ] [-kT ] [- [não] pbc]

DESCRIÇÃO

gmx cacho pode agrupar estruturas usando vários métodos diferentes. Distâncias entre
estruturas podem ser determinadas a partir de uma trajetória ou lidas a partir de um .xpm arquivo de matriz com o
-dm opção. O desvio RMS após o ajuste ou o desvio RMS das distâncias de pares de átomos pode ser
usado para definir a distância entre as estruturas.

ligação única: adiciona uma estrutura a um cluster quando a sua distância a qualquer elemento do
cluster é menor que corte fora.

Jarvis Patrick: adicione uma estrutura a um cluster quando esta estrutura e uma estrutura no
cluster têm uns aos outros como vizinhos e têm pelo menos P vizinhos em comum. o
vizinhos de uma estrutura são as estruturas mais próximas M ou todas as estruturas dentro corte fora.

Monte Carlo: reordene a matriz RMSD usando Monte Carlo de forma que a ordem dos quadros
está usando os menores incrementos possíveis. Com isso é possível fazer um bom
animação indo de uma estrutura para outra com o maior possível (por exemplo) RMSD
entre eles, no entanto, as etapas intermediárias devem ser tão pequenas quanto possível. Formulários
poderia ser para visualizar um potencial de conjunto de força média de simulações ou um puxão
simulação. Obviamente, o usuário deve preparar bem a trajetória (por exemplo, não
molduras sobrepostas). O resultado final pode ser inspecionado visualmente olhando para a matriz
.xpm arquivo, que deve variar suavemente de baixo para cima.

diagonalização: diagonalize a matriz RMSD.

gromos: use o algoritmo conforme descrito em Daura et al. (Angew. Chem. Int. Ed. 1999, 38pp
236-240). Conte o número de vizinhos usando corte, pegue a estrutura com maior número de
vizinhos com todos os seus vizinhos como cluster e eliminá-lo do pool de clusters.
Repita para as estruturas restantes na piscina.

Quando o algoritmo de agrupamento atribui cada estrutura a exatamente um cluster (único
ligação, Jarvis Patrick e gromos) e um arquivo de trajetória é fornecido, a estrutura com
a menor distância média para as outras ou a estrutura média ou todas as estruturas para
cada cluster será gravado em um arquivo de trajetória. Ao escrever todas as estruturas, separe
arquivos numerados são feitos para cada cluster.

Dois arquivos de saída são sempre gravados:

· -o escreve os valores RMSD na metade superior esquerda da matriz e um gráfico
representação dos aglomerados na metade inferior direita Quando -minstruir = 1 o gráfico
a representação é preta quando duas estruturas estão no mesmo aglomerado. Quando -minstruir > 1
cores diferentes serão usadas para cada cluster.

· -g escreve informações sobre as opções usadas e uma lista detalhada de todos os clusters e
seus membros.

Além disso, vários arquivos de saída opcionais podem ser gravados:

· -dist grava a distribuição RMSD.

· -ev escreve os vetores próprios da diagonalização da matriz RMSD.

· -sz grava os tamanhos do cluster.

· -tr escreve uma matriz das transições de número entre pares de cluster.

· -ntr grava o número total de transições de ou para cada cluster.

· -clique escreve o número do cluster em função do tempo.

· -cl escreve na média (com opção -do) ou estrutura central de cada cluster ou gravações
arquivos numerados com membros de cluster para um conjunto selecionado de clusters (com opção -wcl,
depende -nst e -rmsmin) O centro de um cluster é a estrutura com o
menor RMSD médio de todas as outras estruturas do cluster.

OPÇÕES

Opções para especificar arquivos de entrada:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc) (Opcional)
Trajetória: xtc tr CPT gro g96 pdb tng

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (Opcional)
Estrutura + massa (db): tpr gro g96 pdb quebrar ent

-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Arquivo de índice

-dm [<.xpm>] (rmsd.xpm) (Opcional)
Arquivo de matriz compatível com X PixMap

Opções para especificar arquivos de saída:

-um [<.xpm>] (rmsd-raw.xpm)
Arquivo de matriz compatível com X PixMap

-o [<.xpm>] (rmsd-clust.xpm)
Arquivo de matriz compatível com X PixMap

-g [<.log>] (cluster.log)
Arquivo de log

-dist [<.xvg>] (rmsd-dist.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-ev [<.xvg>] (rmsd-eig.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-conv. [<.xvg>] (mc-conv.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-sz [<.xvg>] (tamanho do grupo.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-tr [<.xpm>] (clust-trans.xpm) (Opcional)
Arquivo de matriz compatível com X PixMap

-ntr [<.xvg>] (clust-trans.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-clique [<.xvg>] (id-clust.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-cl [<.xtc / .trr / ...>] (clusters.pdb) (Opcional)
Trajetória: xtc tr CPT gro g96 pdb tng

Outras opções:

-b (0)
Primeiro quadro (ps) para ler a trajetória

-e (0)
Último quadro (ps) para ler a trajetória

-DT (0)
Use o quadro apenas quando t MOD dt = primeira vez (ps)

-você (ps)
Unidade para valores de tempo: fs, ps, ns, us, ms, s

-[agora (no)
Ver saída .xvg, .xpm, .eps e .pdb arquivos

-xvg
formatação do gráfico xvg: xmgrace, xmgr, nenhum

- [não] dista (no)
Use RMSD de distâncias em vez de desvio RMS

-nníveis (40)
Discretiza a matriz RMSD neste número de níveis

-cortar (0.1)
RMSD cut-off (nm) para duas estruturas serem vizinhas

- [não] caber (sim)
Use o ajuste de mínimos quadrados antes do cálculo RMSD

-máximo (-1)
Nível máximo na matriz RMSD

-pular (1)
Analise apenas cada nr-ésimo quadro

- [não] av (no)
Escreva a estrutura média iso média para cada cluster

-wcl (0)
Escreva as estruturas para este número de clusters em arquivos numerados

-nst (1)
Apenas escreva todas as estruturas se mais do que este número de estruturas por cluster

-rmsmin (0)
diferença rms mínima com o resto do cluster para escrever estruturas

-método (ligação)
Método para determinação de cluster: linkage, jarvis-patrick, monte-carlo,
diagonalização, gromos

-minstruir (1)
Número mínimo de estruturas em cluster para colorir no .xpm lima

- [não] binário (no)
Trate a matriz RMSD como consistindo em 0 e 1, onde o cut-off é dado por
-cortar

-M (10)
Número de vizinhos mais próximos considerados para o algoritmo Jarvis-Patrick, 0 é o uso
corte fora

-P (3)
Número de vizinhos idênticos mais próximos necessários para formar um cluster

-semente (1993)
Semente de número aleatório para algoritmo de agrupamento de Monte Carlo: <= 0 significa gerar

-nitro (10000)
Número de iterações para MC

-n aleatório (0)
As primeiras iterações para MC podem ser feitas de forma completamente aleatória, para embaralhar os quadros

-kT (0.001)
Fator de ponderação de Boltzmann para otimização de Monte Carlo (zero vira para cima
passos)

- [não] pbc (sim)
Verificação PBC

Use gmx-cluster online usando serviços onworks.net