Este é o comando gmx-confrms que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador Windows online ou emulador MAC OS online
PROGRAMA:
NOME
gmx-confrms - Encaixa duas estruturas e calcula o RMSD
SINOPSE
gmx confirma [-f1 [<.tpr / .gro / ...>]] [-f2 [<.gro / .g96 / ...>]]
[-n1 [<.ndx>]] [-n2 [<.ndx>]] [-o [<.gro / .g96 / ...>]]
[-não [<.ndx>]] [-[agora] [-[ninguém] [- [não] mw] [- [não] pbc]
[- [não] caber] [- [sem] nome] [-[sem rótulo] [- [não] bfac]
DESCRIÇÃO
gmx confrma calcula o desvio quadrático médio da raiz (RMSD) de duas estruturas após
mínimos quadrados ajustando-se à segunda estrutura na primeira. As duas estruturas NÃO
precisa ter o mesmo número de átomos, apenas os dois grupos de índice usados para o ajuste precisam
ser idêntico. Com -nome apenas os nomes de átomos correspondentes dos grupos selecionados serão usados
para o cálculo de ajuste e RMSD. Isso pode ser útil ao comparar mutantes de uma proteína.
As estruturas sobrepostas são gravadas em arquivo. Em um .pdb arquivo as duas estruturas serão
escritos como modelos separados (use rasmol -nmrpdb) Também em um .pdb arquivo, fatores B calculados
a partir dos valores MSD atômicos podem ser escritos com -bfac.
OPÇÕES
Opções para especificar arquivos de entrada:
-f1 [<.tpr / .gro / ...>] (conf1.gro)
Estrutura + massa (db): tpr gro g96 pdb quebrar ent
-f2 [<.gro / .g96 / ...>] (conf2.gro)
Arquivo de estrutura: gro g96 pdb bre ent esp tpr
-n1 [<.ndx>] (ajuste1.ndx) (Opcional)
Arquivo de índice
-n2 [<.ndx>] (ajuste2.ndx) (Opcional)
Arquivo de índice
Opções para especificar arquivos de saída:
-o [<.gro / .g96 / ...>] (ajuste.pdb)
Arquivo de estrutura: gro g96 pdb bre ent esp
-não [<.ndx>] (correspondência.ndx) (Opcional)
Arquivo de índice
Outras opções:
-[agora (no)
Ver saída .xvg, .xpm, .eps e .pdb arquivos
-[ninguém (no)
Apenas escreva a estrutura ajustada para o arquivo
- [não] mw (sim)
Adaptação de massa ponderada e RMSD
- [não] pbc (no)
Tente fazer as moléculas inteiras novamente
- [não] caber (sim)
Faça a superposição de mínimos quadrados da estrutura alvo para a referência
- [sem] nome (no)
Compare apenas nomes de átomos correspondentes
-[sem rótulo (no)
Adicionados rótulos de cadeia A para a primeira e B para a segunda estrutura
- [não] bfac (no)
Fatores B de saída de valores MSD atômicos
Use gmx-confrms online usando serviços onworks.net
