gmx-convert-tpr - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gmx-convert-tpr - Cria um arquivo de entrada de execução modificado

SINOPSE

gmx converter-tpr [-s [<.tpr>]] [-f [<.trr / .cpt / ...>]] [-e [<.edr>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.tpr>]] [-ampliar ]
[-até ] [-npassos ] [-Tempo ]
[- [não] zeroq] [-[romance] [- [não] cont]
[-init_fep_state ]

DESCRIÇÃO

gmx converter-tpr pode editar arquivos de entrada de execução de quatro maneiras.

1. modificando o número de etapas em um arquivo de entrada de execução com opções -ampliar, -até or
-npassos (nsteps = -1 significa número ilimitado de etapas)

2. (OBSOLETO) criando um arquivo de entrada de execução para uma execução de continuação quando sua simulação tiver
travou devido, por exemplo, a um disco cheio ou ao fazer um arquivo de entrada de execução de continuação. Esta opção
está obsoleto, já que o mdrun agora grava e lê arquivos de ponto de verificação. Note que uma moldura com
coordenadas e velocidades é necessária. Quando a pressão e / ou temperatura Nose-Hoover
acoplamento é usado um arquivo de energia pode ser fornecido para obter uma continuação exata do
corrida original.

3. criando um arquivo .tpx para um subconjunto de seu arquivo tpx original, o que é útil quando
você deseja remover o solvente de seu arquivo .tpx, ou quando você deseja fazer, por exemplo, um puro
Arquivo Calpha .tpx. Observe que você pode precisar usar -npassos -1 (ou semelhante) para levar isso para
<span class="word" data-word="work." style="--word-index: 2; translate: none; rotate: none; scale: none; transform: translate(0px, 0px); opacity: 1;">work.</span> AVISO: isto .tpx lima is não totalmente funcional.

4. definindo as taxas de um grupo específico para zero. Isso é útil ao fazer
estimativas de energia usando o método LIE (Linear Interaction Energy).

OPÇÕES

Opções para especificar arquivos de entrada:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Arquivo de entrada de execução xdr portátil

-f [<.trr / .cpt / ...>] (traj.trr) (Opcional)
Trajetória de precisão total: tr CPT tng

-e [<.edr>] (ener.edr) (Opcional)
Arquivo de energia

-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Arquivo de índice

Opções para especificar arquivos de saída:

-o [<.tpr>] (tprout.tpr)
Arquivo de entrada de execução xdr portátil

Outras opções:

-ampliar (0)
Prolongue o tempo de execução por este valor (ps)

-até (0)
Prolongue o tempo de execução até este tempo de término (ps)

-npassos (0)
Altere o número de etapas

-Tempo (-1)
Continue a partir do quadro neste momento (ps) em vez do último quadro

- [não] zeroq (no)
Defina as taxas de um grupo (do índice) para zero

-[romance (sim)
Requer velocidades de trajetória

- [não] cont (sim)
Para a continuação exata, as restrições não devem ser aplicadas antes da primeira etapa

-init_fep_state (0)
estado fep para inicializar

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