gmx-helix - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gmx-helix - Calcula propriedades básicas de alfa hélices

SINOPSE

gmx hélice [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]]
[-cz [<.gro / .g96 / ...>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[agora] [-r0 ] [- [não] q] [- [não] F]
[- [não] db] [- [não] ev] [-ahxstart ] [-ahxend ]

DESCRIÇÃO

gmx hélice calcula todos os tipos de propriedades de hélice. Primeiro, o peptídeo é verificado para encontrar
a parte helicoidal mais longa, conforme determinado por ligações de hidrogênio e ângulos phi / psi. Esse pedaço é
encaixado em uma hélice ideal em torno do z-eixo e centrado em torno da origem. Então o
as seguintes propriedades são calculadas:

· Raio da hélice (arquivo raio.xvg) Este é apenas o desvio RMS em duas dimensões
para todos os átomos de Calpha. é calculado como sqrt ((sum_i (x ^ 2 (i) + y ^ 2 (i))) / N) onde N é
o número de átomos do backbone. Para uma hélice ideal, o raio é 0.23 nm.

· Twist (arquivo torção.xvg) O ângulo helicoidal médio por resíduo é calculado. Para um
alfa-hélice é 100 graus, para 3-10 hélices será menor e para 5-hélices
será maior.

· Aumento por resíduo (arquivo ascensão.xvg) O aumento helicoidal por resíduo é plotado como o
diferença em z-coordenar entre os átomos de Calpha. Para uma hélice ideal, isso é 0.15 nm.

· Comprimento total da hélice (arquivo len-ahx.xvg) O comprimento total da hélice em nm. Isto é
simplesmente o aumento médio (veja acima) vezes o número de resíduos helicoidais (veja abaixo).

· Helix dipolo, backbone apenas (arquivo dip-ahx.xvg).

· Desvio RMS da hélice ideal, calculado apenas para os átomos Calpha (arquivo
rms-ahx.xvg).

· Calfa média - ângulo diédrico calfa (arquivo phi-ahx.xvg).

· Ângulos médios phi e psi (arquivo phipsi.xvg).

· Elipticidade em 222 nm de acordo com Hirst e Brooks.

OPÇÕES

Opções para especificar arquivos de entrada:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Arquivo de entrada de execução xdr portátil

-n [<.ndx>] (índice.ndx)
Arquivo de índice

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trajetória: xtc tr CPT gro g96 pdb tng

Opções para especificar arquivos de saída:

-cz [<.gro / .g96 / ...>] (zconf.gro)
Arquivo de estrutura: gro g96 pdb bre ent esp

Outras opções:

-b (0)
Primeiro quadro (ps) para ler a trajetória

-e (0)
Último quadro (ps) para ler a trajetória

-DT (0)
Use o quadro apenas quando t MOD dt = primeira vez (ps)

-[agora (no)
Ver saída .xvg, .xpm, .eps e .pdb arquivos

-r0 (1)
O primeiro número de resíduo na sequência

- [não] q (no)
Verifique a cada etapa qual parte da sequência é helicoidal

- [não] F (sim)
Alterne o ajuste para uma hélice perfeita

- [não] db (no)
informações de impressão de depuração

- [não] ev (no)
Escreva um novo arquivo de 'trajetória' para ED

-ahxstart (0)
Primeiro resíduo na hélice

-ahxend (0)
Último resíduo na hélice

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