Este é o comando gmx-mdmat que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online Windows ou emulador online MAC OS
PROGRAMA:
NOME
gmx-mdmat - Calcula mapas de contato de resíduos
SINOPSE
gmx mdmat[-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-significar [<.xpm>]] [-quadros [<.xpm>]] [-não [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-xvg ]
[-t ] [-nníveis ]
DESCRIÇÃO
gmx mdmat faz matrizes de distância que consistem na menor distância entre os resíduos
pares. Com -quadros, essas matrizes de distância podem ser armazenadas a fim de ver as diferenças em
estrutura terciária em função do tempo. Se você escolher suas opções imprudentemente, isso pode
gerar um grande arquivo de saída. Por padrão, apenas uma matriz média sobre todo o
trajetória é produzida. Também uma contagem do número de diferentes contatos atômicos entre
resíduos ao longo de toda a trajetória podem ser feitos. A saída pode ser processada com gmx
xpm2ps para fazer um gráfico PostScript (tm).
OPÇÕES
Opções para especificar arquivos de entrada:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trajetória: xtc tr CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
Estrutura + massa (db): tpr gro g96 pdb quebrar ent
-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Arquivo de índice
Opções para especificar arquivos de saída:
-significar [<.xpm>] (dm.xpm)
Arquivo de matriz compatível com X PixMap
-quadros [<.xpm>] (dmf.xpm) (Opcional)
Arquivo de matriz compatível com X PixMap
-não [<.xvg>] (num.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr
Outras opções:
-b (0)
Primeiro quadro (ps) para ler a trajetória
-e (0)
Último quadro (ps) para ler a trajetória
-DT (0)
Use o quadro apenas quando t MOD dt = primeira vez (ps)
-xvg
formatação do gráfico xvg: xmgrace, xmgr, nenhum
-t (1.5)
distância truncada
-nníveis (40)
Discretize a distância neste número de níveis
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